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单细胞测序技术服务 靶向lncRNA单细胞全转录组测序 单细胞全转录组测序 |
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生物分子凝聚体研究 HyPro靶RNA临近标记技术 |
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NGS测序技术服务 DRIPc-seq |
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NGS测序技术服务 环状DNA测序 |
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基因芯片技术服务 Small RNA修饰芯片 m6A单碱基分辨率芯片 mRNA&lncRNA表观转录组芯片 circRNA表观转录组芯片 |
NGS测序技术服务 RNA m6A甲基化测序（MeRIP Seq） |
LC-MS mRNA碱基修饰检测 tRNA碱基修饰检测 |
PCR技术服务 MeRIP-PCR技术服务 m6A绝对定量RT-PCR技术服务 m6A单碱基位点PCR（MazF酶切法）技术服务 |
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NGS测序技术服务 DNA甲酰基胞嘧啶(5fc)修饰测序 DNA 5hmC 测序（化学法） DNA甲基化测序 DNA羟甲基化测序 染色质免疫共沉淀测序 |
PCR技术服务 MeDIP-qPCR hMeDIP-qPCR ChIP-qPCR |
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蛋白相对定量 TMT标记定量技术 非标定量技术 |
蛋白修饰 TMT标记定量磷酸化 非标定量磷酸化 |
RNA/蛋白-蛋白相互作用 HyPro靶RNA临近标记技术 RNA-蛋白相互作用 蛋白-蛋白相互作用 |
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多种RNA形成R-Loop 调控基因表达R-loop是由转录的RNA链与打开的双链DNA其中一条模板链发生碱基互补配对，形成RNA-DNA杂合链，同时使未配对的另一条DNA链游离在外组成的三方结构 。它们分布广泛，占哺乳动物基因组的 5% 。R-loop经常出现在基因组的启动子和转录终止位点， 影响R-loop形成的结构因素包括高度的GC偏倚（GC skew，在TSS下游的非模板链上，G比C富集）、G四联体、DNA缺口和DNA/RNA修饰等。除了mRNA新生转录本外，lncRNA和circRNA均可形成R-Loop，在调节基因表达、DNA 复制以及 DNA 和组蛋白修饰方面发挥着重要作用，具有重要的生物学功能。
图1: R-loop的结构。
对于R-loop的检测通常采用DRIP-seq（DNA:RNA hybrid immunoprecipitation and sequencing），该技术使用S9.6抗体来富集DNA:RNA杂交体，通过对 R-loop的 DNA 链进行测序，在基因组水平上检测R-loops结构的分布。然而该技术缺乏R-loop的方向性（链特异性）信息和形成R-loop的RNA信息。为此，我们推出了新升级的R-loop高通量筛选平台DRIPc-seq（DNA:RNA Immunoprecipitation followed by cDNA conversion and sequencing）。DRIPc-seq平台在使用S9.6抗体来富集DNA:RNA杂交体后，对杂交体中的RNA进行链特异性建库和测序分析，不仅可以提供组织形成R-loop的RNA信息（比如mRNA或lncRNA）以及R-loop的方向性，还能够实现更精准的R-loop定位，并提供半定量信息。
精准定位：对R-loop中的RNA进行链特异性建库，实现更精准的R-loop定位。
更丰富有用的信息：不仅提供组织形成R-loop的RNA信息（比如mRNA或lncRNA）以及确定R-loop的方向性，还提供半定量信息。
严格的质控体系：设置阴性对照组和阳参，以控制文库质量。
稳定性高：实验操作稳定性高，减少实验操作带来的误差。
提供数据可视化，丰富的注释信息与文章发表级别的图谱。
1. 基因组DNA抽提
2. 超声片段化DNA
3. S9.6抗体免疫共沉淀
4. R-loop洗脱与cDNA第二链合成
5. DRIPc-seq文库构建
6. 高通量测序
7. 数据分析
8. 提供实验报告
1.R-loop peak注释表
2. R-loop peak 在不同基因特征上的分布。
图：饼图显示了R-loop peak在每个基因特征上的数目和比例。
3. R-loop peak 在不同基因特征上的富集度
图：R-loop peak在不同基因组特征上的数目富集度和长度富集度。红色柱子：peaks占总peaks数目的占比,表示实际某基因特征的peak占比；蓝色柱子：基因组特征区长度占所有基因特征区长度总和的占比，这个柱子可以等同于随机分配情况下某基因特征内的peak占比。
4.R-loop peak在Genebody上的分布
图：R-loop peak在Genebody周围的分布。X轴表示到TSS或TES的距离，Y轴表示peak区的数目。
