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单细胞测序技术服务 靶向单细胞测序（lncRNA&mRNA） 单细胞测序 |
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生物分子凝聚体研究 HyPro靶RNA临近标记技术 |
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NGS测序技术服务 R-loop 测序（DRIPc-seq） |
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NGS测序技术服务 环状DNA测序（eccDNA测序） |
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Ribo-seq Ribo seq（ribosome profiling） |
核糖体-新生肽链复合物(RNC) RNC联合 circRNA芯片 RNC联合 lncRNA芯片 RNC-seq |
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蛋白表达定量 Label free非标定量 TMT标记定量 PRM靶向定量 |
图 2 OOPS实验流程图
以下为OOPS-MS实验的标准技术路线：
紫外交联：紫外线（254 nm）照射细胞或组织样本，将RNA与其结合蛋白共价交联，可固定其相互作用；
细胞裂解和相分离：在变性条件下裂解样本，可最大程度维持复合物的完整性。有机相（酚-氯仿）与水相分离后，游离的RNA进入水相，游离的蛋白进入有机相，交联的“RNA-蛋白质”复合物则分布于两相的中间层；
“RNA-蛋白质”复合物的回收与酶解：收集中间层分布的“RNA-蛋白质”复合物；
蛋白质分离：用RNase消化RNA，释放和纯化RNA结合的蛋白；
下游分析：
蛋白质谱：做质谱鉴定与RNA结合的未知蛋白，或通过Western blot验证目标蛋白是否与RNA结合；
1.OOPS-MS特异性富集蛋白列表：
2.OOPS-MS鉴定不同样本特异性富集蛋白韦恩图：
3.OOPS-MS特异性富集蛋白GO功能分析：
细胞在诺考达唑处理前后的RNA蛋白动态互作分析
案例2：细菌中RNA蛋白互作组研究
在大肠杆菌中，OOPS成功解析了RNA与伴侣蛋白、代谢酶的相互作用网络[2]，为抗生素作用机制研究提供了新视角。
参考文献
[1] Villanueva, E., Smith, T., Queiroz, R.M.L. et al. Efficient recovery of the RNA-bound proteome and protein-bound transcriptome using phase separation (OOPS). Nat Protoc 15, 2568–2588 (2020). https://doi.org/10.1038/s41596-020-0344-2
[2] Queiroz, R.M.L., Smith, T., Villanueva, E. et al. Comprehensive identification of RNA–protein interactions in any organism using orthogonal organic phase separation (OOPS). Nat Biotechnol 37, 169–178 (2019). https://doi.org/10.1038/s41587-018-0001-2
