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nrStar™ Functional LncRNA PCR 芯片(H/M)

  • 简介
  • 芯片特点
  • 数据库
  • 实验流程
  • 说明书

  • Arraystar  nrStarTM Functional LncRNA PCR芯片（H/M）可分别检测372个和185个已报道的与人或小鼠生物学功能或疾病相关的金标准lncRNA，为研究人员探索LncRNA功能及其生物标志物潜力提供了一个简单、准确和数据丰富的解决方案。


    产品列表

    芯片名称 货号 规格 描述
    nrStarTM Human Functional LncRNA PCR Array AS-NR-004-1 384-well/ plate 包含372个与人生物学功能和疾病紧密关联的已知功能lncRNA转录本
    nrStarTM Human Functional LncRNA PCR Array (Roche Light Cycler 480) AS-NR-004-1-R 384-well/ plate
    nrStarTM Mouse Functional LncRNA PCR Array AS-NR-004M-1 384-well (2*192) / plate 包含185个与小鼠生物学功能和疾病紧密关联的已知功能lncRNA转录本
    nrStarTM Mouse Functional LncRNA PCR Array (Roche Light Cycler 480) AS-NR-004M-1-R 384-well (2*192) / plate

    •全面收集已知的与生物学功能或疾病明确相关的LncRNA

    •功能性LncRNA和疾病相关lncRNA都经过详细分类、注释和交叉引用

    •所有引物均经过多种样品类型的验证，充分满足生物标记物鉴定的需要。

    •转录本特异性PCR引物可以明确且准确地检测每个LncRNA异构体。

    为确保 nrStarTM Functional LncRNA PCR Array的实验效果，推荐配套使用Arraystar rtStarTM First-Strand cDNA Synthesis Kit 及 Arraystar SYBR® Green Real-time qPCR Master Mix> 。


  • • 覆盖大量已知功能lncRNA：从新版的数据库和权威文献中收集与生物功能或人类疾病关联的LncRNAs。


    图1. 部分与疾病相关的lncRNA（来自Bartonicek et al. 2016）

    图2. 部分参与心脏功能通路的lncRNA(来自Devaux et al. 2015)


    • 详尽的lncRNA注释：这些与癌症、心血管疾病、神经退行性疾病等相关的lncRNA被详细分类、注释并交叉引用。

           表1.这些注释包括：

           基因组位置：[增强子、反义、基因间、内含子、双向……]

           靶基因mRNA

           作用机制：[信号传导、靶标诱捕、分子支架、分子向导、内源竞争性RNA、miRNA海绵、可变剪接 ……]

           生物功能：[细胞周期、细胞分化、甲基化、免疫、代谢……]

           疾病：[癌症、心血管疾病、神经退行性疾病、肾病、糖尿病、综合症……]


           注释举例1 - 癌症相关lncRNA NBAT-1

     

    图3. 绿色背景框图中展示了NBAT-1的注释信息


           注释举例2 - 心血管疾病相关lncRNA Mhrt


    图4. 蓝色背景框图中展示了Mhrt的注释信息


           注释案例3- 神经退行性疾病相关lncRNA BACE1-AS

     

    图5. 红色背景框图中展示了BACE1-AS的注释信息


    • 生物标志物筛选和验证利器：所有引物都经过优化，且在多种样本类型样本中进行了验证，充分满足生物标志物鉴定的需要。


     

    图6. PCR芯片中已报到的有生物标志物潜能和应用的lncRNA示例


    • 转录本特异性检测：通过靶向特异性的外显子或可变剪接点，芯片中的PCR引物准确有效的检测每个LncRNA转录本。

    • 可靠和精确的定量：通过使用外部对照（RNA spike-in、阳性PCR对照）、基因组DNA对照及6个内参管家基因，确保每一个lncRNA都被精确检测。计算摒弃了单个参考基因数据标准化方式，使用多个参考基因的平均值对数据进行标准化。

    • 简单便捷：384孔板，即拆即用。只需将反转好的cDNA与qPCR Master Mix混合，加入到384孔板，即可进行qPCR反应。所有流程可在4小时内完成。

  • Human Functional LncRNA List

    癌症:

    7SK, AA174084, AB073614, ABHD11-AS1, ACTA2-AS1, ADAMTS9-AS2, AF339813, AFAP1-AS1, AIRN-1, AIRN-2, AK095147, AP5M1, APOC1P1, ARA-1, ARA-2, ATG9B-1, ATG9B-2, BANCR, BCAR4-1, BCAR4-2, BGLT3, BLACAT1, BOK-AS1, C5orf66-AS1, CASC11-1, CASC11-2, CASC2-1, CASC2-2, CASC9, CBR3-AS1-1, CBR3-AS1-2, CCAT1, CCAT2, CCDC26, CCEPR, CRNDE, CTB-89H12.4, CTBP1-AS, DLEU1-1, DLEU1-2, DNM3OS-1, DNM3OS-2, DRAIC (LOC145837), DSCAM-AS1-1, DSCAM-AS1-2, EGFR-AS1, EGOT, ENST00000434223, ENST00000456816, ENST00000480739, EPB41L4A-AS1, EPB41L4A-AS2, EWSAT1, FALEC, FAS-AS1 (SAF), FER1L4, FEZF1-AS1, FGF14-AS2, FLG-AS1-1, FLG-AS1-2, FOXCUT, FTX, GACAT1-1, GACAT1-2, GACAT2, GACAT3, GAPLINC-1, GAPLINC-2, GAS5, GAS8-AS1, GATA6-AS1, GHET1, H19-1, H19-2, HAGLR, HAND2-AS1, HCP5, HIF1A-AS1, HIF1A-AS2, HNF1A-AS1, HOTAIR-1, HOTAIR-2, HOTAIR-3, HOTAIRM1-2, HOTTIP, HOXA-AS2 , HULC, KCNQ1OT1, KRASP1, KRT18P55, KRT7-AS, L1PA16, LINC00032, LINC00152-1, LINC00152-2, LINC00152-3, LINC00312, LINC00467, LINC00473, LINC00668, LINC00673, LINC00857, LINC00901 , LINC00951, Linc00963, LINC00970, LINC01133, LINC01315-1, LINC01315-2, LINC01630-1, LINC01630-2, LINC-PINT, Linc-POU3F3-1, Linc-POU3F3-2, lincRNA-p21, lincRNA-RoR, lncRNA-CTD903, lncRNA-HEIH, LOC100130476, LOC100507661 , LOC101054525 , LOC389332, LSINCT5, LUCAT1, LUNAR1, LUST, MACROD2-AS1-1, MACROD2-AS1-2, MEG3-1, MEG3-2, MER11C, MIAT, MINA, MIR100HG, MIR155HG, MIR17HG, MIR31HG, MT1JP, MYCNOS-1, MYCNOS-2, MYCNUT, NAMA-1, NAMA-2, NBAT-1, NDM29, NEAT1-1, NEAT1-2, NKILA, NPTN-IT1, OR3A4P, ORAOV1, PACERR, PANDAR, PARROT, PAX8-AS1-1, PAX8-AS1-2, PCA3-1, PCA3-2, PCAT-1, PCAT18, PCAT29, PCAT6-1, PCAT6-2, PCBP2-OT1, PCGEM1, PGM5-AS1-1, PGM5-AS1-2, PICSAR, PINC, POU6F2-AS2, PRNCR1, PSF inhibiting RNA, PTCSC1, PTCSC3, PTENP1, RGMB-AS1, RMEL3, RUNX1-IT1, SAMMSON , SBF2-AS1, SCHLAP1, SNHG1, SNHG15, SNHG16, SNHG20, SNHG5, SOX2OT, ST7-AS1, ST7-AS2-1, ST7-AS2-2, ST7-OT3, ST7-OT4, SUMO1P3, TARID, TCL6, TDRG1, TERC, TIE1-AS, TRERNA1, TRIM52-AS1-1, TRIM52-AS1-2, TUG1-1, TUG1-2, TUSC7 , TUSC8, U79277, uc.338, uc.73A(P), UCA1, UFC1 lincRNA , VLDLR-AS1, WSPAR, WT1-AS-1, WT1-AS-2, WT1-AS-3, X91348, Yiya, ZEB2-AS1, ZFAS1-1, ZNF582-AS1-1, ZNF582-AS1-2, ZNF582-AS1-3

    神经退行性疾病:

    17A, 51A, anti-NOS2A, ATXN8OS , BACE1-AS, BDNF-AS-1, BDNF-AS-2, CDKN2B-AS1, DGCR5, DLX6-AS1, DPY19L2P2-1, DPY19L2P2-2, GDNF-AS1 -1, H19-1, H19-2, HAR1A, HAR1B (HAR1R), HTT-AS, LINC00299, LINC00599, LINC01262, lincRNA-p21, MALAT1, MEG3-1, MEG3-2, MIAT, NAT-RAD18, NEAT1-1, NEAT1-2, PINK1-AS, PNKY, RMST, SCAANT1, SNHG1, SNHG3, SOX2OT, TUG1-1, TUG1-2, TUNA-1, TUNA-2, U1 spliceosomal lncRNA, UCH1LAS  

    心血管疾病:

    7SK, ALIEN, ATG9B-1, ATG9B-2, CARMEN-1, CDKN2B-AS1, EMX2OS, FENDRR, FGF10-AS1, GAS5, H19-1, H19-2, HAS2-AS1, HIF1A-AS1, HIF1A-AS2, HOTAIR-1, HOTAIR-2, HOTAIR-3, KCNQ1OT1, LINC00323, lincRNA-p21, LOC100129973, LOC100507537, MHRT, MIAT, MIR222HG, NONHSAT073641, NONHSAT112178, Novlnc35, Novlnc44, Novlnc76, NPPA-AS1, NRON, PANCR, PUNISHER, PVT1, SALRNA1, SENCR, SMILR, TERMINATOR, TIE1-AS, TUG1-1, TUG1-2, UCA1  

    肾病:

    ENST00000456816, GAS5, H19-1, H19-2, HIF1A-AS1, HIF1A-AS2, HOTAIR-1, HOTAIR-2, HOTAIR-3, KCNQ1OT1, LOC389332, MEG3-1, MEG3-2, PVT1, RP11-354P17.15-001, TapSAKI, X91348

    糖尿病:

    CDKN2B-AS1, HI-LNC25-1, HYMAI, IGF2-AS-1, LINC00271, MEG3-1, MEG3-2, NONRATT021972, PDZRN3-AS1, PVT1  

    免疫系统:

    GATA3-AS1-1, GATA3-AS1-2, GATA3-AS1-3, IFNG-AS1-1, IFNG-AS1-2, Linc-DC , lincRNA-EPS, M18204, MAFTRR, NRAV, NRIR, NTT, PACERR, RHOXF1P1, THRIL

    细胞周期:

    CCND1 associated ncRNAs, CDKN2B-AS1, H19-1, H19-2, HULC, KCNQ1OT1, lincRNA-p21, lincRNA-RoR, lncRNA-HEIH, PANDAR, TUSC7

    脂质代谢和脂肪生成:

    APOA1-AS, HOTAIR-1, HOTAIR-2, HOTAIR-3, HULC, NEAT1-1, NEAT1-2, RP1-13D10.2


    Mouse Functional LncRNA List

    癌症:

    9530018H14Rik; Airn-1; Airn-2; Airn-3; C130071C03Rik-1; C130071C03Rik-2; Dreh; Esrp2-as-1; Esrp2-as-2; Esrp2-as-3; H19; Hottip-1; Hottip-2; Lncpint-1; Lncpint-2; Lncpint-3; lncRNA-Smad7-1; lncRNA-Smad7-2; lncRNA-Smad7-3; Malat1; Meg3-1; Meg3-2; Mira; Pinc; Trp53cor1

    心脏发育和心血管疾病:

    4930503E24Rik; AK028007; AK038798; AK044955; AK139328; AK143294; AK143693; AK153778; Atp2a2; Bvht; C2dat1; CAIF; Chaer; Cyp4b1-ps2; Chast; Dworf; Fendrr-1; Fendrr-2; Gm12919; Gm13865; Gm14155; Gm15054; Gm15834; Gm32592; Gm6644; Gm6768; LeXis-1; LeXis-2; Meg3-1; Meg3-2; Mhrt; Mirt1; Sghrt-1; Sghrt-2; Srsf9; Tdpx-ps1; TK99129; Uph; Wt1os

    糖尿病:

    LincRNA-Gm4419-1; LincRNA-Gm4419-2; Meg3-1; Meg3-2; Pluto; Rian

    胚胎干细胞多能性及分化:

    1700007L15Rik; Digit; Evx1as; G730013B05Rik-1; G730013B05Rik-2; Gm16845-1; Gm16845-2; Gm2694-1; Gm2694-2; Halr1; linc1242; linc1257-1; linc1257-2; linc1368; Panct1; Snhg3

    基因组印迹:

    Kcnq1ot1; Nctc1; Nespas

    免疫系统发育、免疫应答和免疫疾病:

    Gas5; Lnc13; lncKdm2b; lncRNA-ACOD1; lncRNA-Nfkb2-1; lncRNA-Nfkb2-2; lnc-Smad3; Malat1; Mir142hg; Mirt2; Morrbid-1; Morrbid-2; Morrbid-3; Ptgs2os2; Rmrp; Rroid

    肾病:

    np_17856, np_5318, Xist-1; Xist-2

    肝病:

    Airn-1; Airn-2; Airn-3; APOA4-AS; lnc-LFAR1

    脂质代谢、脂肪合成和脂肪细胞分化:

    C730029A08Rik; C730036E19Rik; Gm15050; Gm16551

    神经元发育、分化和疾病 :

    4930570G19Rik-1; 4930570G19Rik-2; Abhd11os; AK133808; Dalir; Dleu2; Dlx1as; Egr2-AS; Gm30731; lncOL1; lncOL1; Miat-1; Miat-2; Nkx2-2os; Paupar; Rmst; Six3os1-1; Six3os1-2; Six3os1-3; Six3os1-4; Six3os1-5; Six3os1-6; Sox2ot; Uchl1os

    rRNA 代谢:

    5S-OT, PAPAS

    精原干细胞存活、精子生成和不育:

    Gfra1; Hm629797; lncRNA033862; Neat1-1; Neat1-2

    骨骼及肌肉发育:

    LOC105246506; lnc-31; Msx1os; Munc; Myhas; Yam-1

    X染色体失活:

    Firre; Ftx-1; Ftx-2; Jpx; Rr18; Tsix; Xist-1; Xist-2

    其他生物学功能和疾病:

    6430411K18Rik; AK081227; alncRNA-EC7; CAIF; Egr2-AS; Hotair; Hoxaas3; lncLGR; Mdrl; Mir124a-1hg; Neat1-1; Neat1-2; Rubie; Smn-AS1; Snhg5; Tog; Ttc39aos1; Tug1-1; Tug1-2; Tug1-3; Vax2os-1; Vax2os-2

    注：后缀 (-1, -2, -3 …) 表示lncRNA基因的不同转录本




  • 图1. nrStarTM Functional LncRNA PCR芯片实验流程


    适用的qPCR仪:

    ABI ViiATM 7

    ABI 7500 & ABI 7500 FAST

    ABI 7900HT

    ABI QuantStudioTM 6 Flex Real-Time PCR system

    ABI QuantStudioTM 7 Flex Real-Time PCR system

    ABI QuantStudioTM 12K Flex Real-Time PCR System

    Bio-Rad CFX384

    Bio-Rad iCycler & iQ Real-Time PCR Systems

    Eppendorf Realplex

    QIAGEN Rotor Gene Q 100

    Roche LightCycler 480

    Stratagene Mx3000

    Roche LightCycler 480


  • Aksomics使用Arraystar的芯片为客户提供服务，该产品说明书及分析工具见下:

    产品说明书：

    adobe_pdf_small Manual_nrStar™_Human_Functional_LncRNA_PCR_Array_v1.02

    adobe_pdf_small Manual_nrStar™_Mouse_Functional_LncRNA_PCR_Array_v1.0


    分析工具：

    excelAnalysis_tool_for_nrStar™_Human_Functional_LncRNA_PCR_Array_v1.02

    excelAnalysis_tool_for_nrStar™_Mouse_Functional_LncRNA_PCR_Array_v1.0


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