|
单细胞测序技术服务 靶向lncRNA单细胞全转录组测序 单细胞全转录组测序 |
|
生物分子凝聚体研究 HyPro靶RNA临近标记技术 |
|
RNA-蛋白相互作用 HyPro - MS CHIRP – MS RNA pull-down MS |
RNA-RNA/DNA相互作用 HyPro-seq/芯片 CHIRP-seq |
蛋白-RNA相互作用 AGO APP seq/芯片 RIP-RNA seq/芯片 |
蛋白-蛋白相互作用 RIME MS CoIP-MS |
|
NGS测序技术服务 R-loop 测序分析服务 |
|
NGS测序技术服务 环状DNA测序 |
|
基因芯片技术服务 Small RNA修饰芯片 m6A单碱基分辨率芯片 mRNA&lncRNA表观转录组芯片 circRNA表观转录组芯片 |
NGS测序技术服务 表观转录组学测序服务 RNA m6A甲基化测序（MeRIP Seq） |
LC-MS mRNA碱基修饰检测 tRNA碱基修饰检测 |
PCR技术服务 MeRIP-PCR技术服务 m6A绝对定量RT-PCR技术服务 m6A单碱基位点PCR（MazF酶切法）技术服务 |
|
Ribo-seq Ribo seq |
核糖体-新生肽链复合物(RNC) RNC联合 circRNA芯片 RNC联合 lncRNA芯片 RNC联合mRNA-seq |
|
蛋白表达定量 Label free非标定量技术 TMT标记定量技术 PRM靶向定量 |
当前的研究发现，很大一部分m6A修饰发生在含有核心ACA序列的保守motif区域，通常称为是m6ACA位点。康成生物丨数谱生物提供对RNA上潜在m6ACA位点进行检测或验证的技术服务——m6A单碱基位点PCR（MazF酶切法）。
RNA内切酶MazF识别RNA单链并在非甲基化的ACA位点的5’端进行切割，而不能切割甲基化的m6ACA位点(图1)。
图 1. MazF可以在非甲基化ACA位点切割，而无法在甲基化m6ACA位点发挥作用
将抽提的总RNA样本分为两份，一份不加MazF处理，另一份加MazF处理后。然后通过实时定量PCR技术进行检测（图2）。最后，经过数据分析处理得到检测的样品中特定ACA位点的m6A甲基化水平。
图2. m6ACA位点PCR检测（MazF酶切法）实验原理
mRNA&lncRNA m6ACA位点检测：RNA m6ACA位点预测→total RNA提取&质检→一份MazF酶处理，一份不加MazF酶处理→反转录成cDNA→目标m6ACA位点PCR检测
CircRNA m6ACA位点检测：RNA m6ACA位点预测→total RNA提取&质检→RNase R消化线性RNA，保留circRNA→ 一份MazF酶处理，一份不加MazF酶处理→反转录成cDNA→目标m6ACA位点PCR检测
●对m6A单位点的相对定量检测
●对m6A位点高度敏感的核糖核酸内切酶MazF
●通过严格测试的特异性引物
样本类型：新鲜组织、细胞或total RNA
样 本 量：
mRNA&lncRNA m6ACA位点检测：：≥2μg total RNA或者能获得相应份量的组织细胞，最低浓度不低于50ng/μl。
CircRNA m6ACA位点检测：≥10μg total RNA或者能获得相应份量的组织细胞，最低浓度不低于50ng/μl。
样品质量：A260/A280为1.9~2.2；无基因组DNA污染；RNA无降解。
样本运输：RNA样品使用RNAase-Free离心管保存，封口膜封口后干冰运输；组织细胞样品RNAase-Free冻存管保存，干冰或液氮运输。
m6ACA位点PCR（MazF酶切法）可对单个m6ACA修饰位点进行检测（以下为示例展示）。
|
sample |
MazF-(Ct) |
MazF+ (Ct) |
Methylation ratio % |
|
1 |
22.970 |
23.354 |
76.611 |
|
2 |
22.968 |
23.854 |
54.101 |
|
3 |
22.980 |
24.774 |
28.856 |
|
4 |
23.033 |
27.340 |
5.051 |
|
5 |
23.006 |
28.308 |
2.535 |
|
6 |
23.008 |
30.821 |
0.452 |
