单细胞测序技术服务 靶向lncRNA单细胞全转录组测序 单细胞全转录组测序 |
生物分子凝聚体研究 HyPro靶RNA临近标记技术 |
RNA-蛋白相互作用 HyPro - MS CHIRP – MS RNA pull-down MS |
RNA-RNA/DNA相互作用 CHIRP-seq HyPro-seq/芯片 |
蛋白-RNA相互作用 AGO APP seq/芯片 RIP seq/芯片 |
蛋白-蛋白相互作用 CoIP-MS/AP-MS |
DNA-蛋白相互作用 DNA pull down-MS |
NGS测序技术服务 DRIPc-seq |
NGS测序技术服务 环状DNA测序 |
基因芯片技术服务 Small RNA修饰芯片 m6A单碱基分辨率芯片 mRNA&lncRNA表观转录组芯片 circRNA表观转录组芯片 |
NGS测序技术服务 表观转录组学测序服务 RNA m6A甲基化测序(MeRIP Seq) |
LC-MS mRNA碱基修饰检测 tRNA碱基修饰检测 |
PCR技术服务 MeRIP-PCR技术服务 m6A绝对定量RT-PCR技术服务 m6A单碱基位点PCR(MazF酶切法)技术服务 |
NGS测序技术服务 DNA(羟)甲基化测序(抗体法) DNA甲酰基胞嘧啶(5fc)修饰测序 DNA 5hmC 测序(化学法) 染色质免疫共沉淀测序 |
PCR技术服务 MeDIP-qPCR hMeDIP-qPCR ChIP-qPCR |
Ribo-seq Ribo seq |
核糖体-新身肽链复合物(RNC) RNC mRNA seq RNC联合IncRNA芯片 RNC联合circRNA芯片 |
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基于CHIRP技术,数谱生物提供CHIRP – MS服务将富集的靶标RNA结合的蛋白进行质谱检测、 CHRIP DNA-Seq服务将富集的靶标RNA结合的DNA进行测序。
技术优势
探针结合内源的靶标RNA分子,特异性高;
富集在细胞内原位与目的RNA结合的蛋白,反映细胞内真实互作状态;
既可以富集靶标RNA结合的蛋白进行质谱检测,也可以富集靶标RNA结合的DNA进行测序;
lncRNA、circRNA等常采用CHIRP-MS/DNA-seq富集结合的蛋白和DNA序列。生物样品在原位进行甲醛可逆交联,随后用biotin标记的RNA anti-sense(预先固定)进行杂交(Control组采用非特异探针)富集结合的蛋白和DNA。通过强变性条件洗去非特异结合蛋白后,得到的RBP经LC-MS/MS鉴定和定量分析,富集得到的RBP经LC-MS/MS鉴定和定量分析,与目标RNA特异性相互作用的蛋白(A, B, C, D)在两组间具有显著差异,非特异相互作用蛋白(X)在两组间比例接近1:1。据此构建目标RNA的相互作用蛋白谱。富集的DNA通过试剂盒抽提,进行建库测序,获得ncRNA结合的DNA区域和富集程度的信息,据此分析目标RNA调控转录的相互作用DNA区域。
图2 CHIRP–MS/CHRIP DNA-Seq实验流程图
2.CHIRP特异性富集的蛋白GO/pathway分析
3. CHIRP特异性富集蛋白PPI互作网络图
相互作用网络图进一步展示了U1/U2互作蛋白富集情况:位于上部的为已知蛋白,主要为剪接体蛋白,位于下方的为功能未知蛋白,包括只与U1或U2互作的蛋白以及和两者共同作用的蛋白。ChIRP-MS技术不仅能够很好的鉴定已知的RNA互作蛋白,同时也能鉴定未知蛋白,是研究RNA-protein相互作用的强大工具。
参考文献:
1.Rinn, J. L. & Chang, H. Y. Genome regulation by long noncoding RNAs. Annual review of biochemistry 81, 145-166, doi:10.1146/annurev-biochem-051410-092902 (2012). [PMID: 22663078].
2. Chu, Ci et al. “Systematic discovery of Xist RNA binding proteins.” Cell vol. 161,2 (2015): 404-16. doi:10.1016/j.cell.2015.03.025 [PMID: 25843628].