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单细胞测序技术服务 靶向lncRNA单细胞全转录组测序 单细胞全转录组测序 |
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生物分子凝聚体研究 HyPro靶RNA临近标记技术 |
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RNA-蛋白相互作用 HyPro - MS CHIRP – MS RNA pull-down MS |
RNA-RNA/DNA相互作用 CHIRP-seq HyPro-seq/芯片 |
蛋白-RNA相互作用 AGO APP seq/芯片 RIP seq/芯片 |
蛋白-蛋白相互作用 CoIP-MS/AP-MS |
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DNA-蛋白相互作用 DNA pull down-MS |
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NGS测序技术服务 DRIPc-seq |
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NGS测序技术服务 环状DNA测序 |
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基因芯片技术服务 Small RNA修饰芯片 m6A单碱基分辨率芯片 mRNA&lncRNA表观转录组芯片 circRNA表观转录组芯片 |
NGS测序技术服务 表观转录组学测序服务 RNA m6A甲基化测序（MeRIP Seq） |
LC-MS mRNA碱基修饰检测 tRNA碱基修饰检测 |
PCR技术服务 MeRIP-PCR技术服务 m6A绝对定量RT-PCR技术服务 m6A单碱基位点PCR（MazF酶切法）技术服务 |
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NGS测序技术服务 DNA（羟）甲基化测序（抗体法） DNA甲酰基胞嘧啶(5fc)修饰测序 DNA 5hmC 测序（化学法） 染色质免疫共沉淀测序 |
PCR技术服务 MeDIP-qPCR hMeDIP-qPCR ChIP-qPCR |
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Ribo-seq Ribo seq |
核糖体-新身肽链复合物(RNC) RNC mRNA seq RNC联合IncRNA芯片 RNC联合circRNA芯片 |
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基于CHIRP技术，数谱生物提供CHIRP – MS服务将富集的靶标RNA结合的蛋白进行质谱检测、 CHRIP DNA-Seq服务将富集的靶标RNA结合的DNA进行测序。
技术优势
探针结合内源的靶标RNA分子，特异性高；
富集在细胞内原位与目的RNA结合的蛋白，反映细胞内真实互作状态；
既可以富集靶标RNA结合的蛋白进行质谱检测，也可以富集靶标RNA结合的DNA进行测序；
lncRNA、circRNA等常采用CHIRP-MS/DNA-seq富集结合的蛋白和DNA序列。生物样品在原位进行甲醛可逆交联，随后用biotin标记的RNA anti-sense（预先固定）进行杂交（Control组采用非特异探针）富集结合的蛋白和DNA。通过强变性条件洗去非特异结合蛋白后，得到的RBP经LC-MS/MS鉴定和定量分析，富集得到的RBP经LC-MS/MS鉴定和定量分析，与目标RNA特异性相互作用的蛋白（A, B, C, D）在两组间具有显著差异，非特异相互作用蛋白（X）在两组间比例接近1：1。据此构建目标RNA的相互作用蛋白谱。富集的DNA通过试剂盒抽提，进行建库测序，获得ncRNA结合的DNA区域和富集程度的信息，据此分析目标RNA调控转录的相互作用DNA区域。
图2 CHIRP–MS/CHRIP DNA-Seq实验流程图
2.CHIRP特异性富集的蛋白GO/pathway分析
3. CHIRP特异性富集蛋白PPI互作网络图
相互作用网络图进一步展示了U1/U2互作蛋白富集情况：位于上部的为已知蛋白，主要为剪接体蛋白，位于下方的为功能未知蛋白，包括只与U1或U2互作的蛋白以及和两者共同作用的蛋白。ChIRP-MS技术不仅能够很好的鉴定已知的RNA互作蛋白，同时也能鉴定未知蛋白，是研究RNA-protein相互作用的强大工具。
参考文献：
1.Rinn, J. L. & Chang, H. Y. Genome regulation by long noncoding RNAs. Annual review of biochemistry 81, 145-166, doi:10.1146/annurev-biochem-051410-092902 (2012). [PMID: 22663078].
2. Chu, Ci et al. “Systematic discovery of Xist RNA binding proteins.” Cell vol. 161,2 (2015): 404-16. doi:10.1016/j.cell.2015.03.025 [PMID: 25843628].
