G4 Cut&Tag(DNA G4)

  • 简介
  • 技术原理
  • 实验流程
  • 技术优势
  • 测序结果展示
  • DNA G-四链体(G4s)是由富含鸟嘌呤的序列形成的非典型核酸结构,其由四股螺旋组成,通过鸟嘌呤四联体和单价阳离子(例如K⁺)稳定。G-四链体在转录调控、端粒维持和基因组稳定性等关键生物过程中发挥着重要作用。由于与癌症和神经退行性疾病等疾病的紧密关联性,G-四链体受到了广泛关注。

  • G4 Cut&Tag是一种尖端的基因组分析技术,旨在以高分辨率和特异性绘制DNA G-四链体(G4)结构。该方法整合了G4特异性抗体、pA-Tn5转座酶融合体以及原位捕获。G4特异性抗体BG4能够特异性结合到轻度通透化细胞内的天然G4结构,从而保持其体内构象。将一个Protein A/G-Tn5转座酶复合体连接到抗体上,该复合体在Mg²⁺激活后,会在G4位点附近的DNA处进行切割,同时插入测序接头。与ChIP-seq不同,G4 CUT&Tag绕过了染色质片段化(超声处理)、交联和免疫沉淀步骤,从而将背景噪声和信号丢失降至最低。数谱生物G4 Cut&Tag 服务使用Arraystar公司开发的G4 CUT&Tag Library Prep Kit试剂盒进行建库,保证了实验的高质量和高效率。

    图1. G4 Cut&Tag工作原理示意图。


    样本需求:细胞数目 > 10x105个;组织 > 400mg。

    物种:有基因组信息。


  • 1.细胞准备:将组织或细胞样品制成细胞悬液并检查细胞活力;

    2.G4结合一抗BG4;

    3.BG4结合二抗;

    4.ProteinA-Tn5融合蛋白结合并片段化DNA,同时加接头;

    5.纯化DNA片段,构建文库;

    6.上机测序,进行数据分析;

    7.提供结果报告。

  • 1. 天然G4结构捕获技术:相比传统方法,它能捕获更多保留其体内天然构象的G4结构。这是因为传统ChIP-seq技术中染色质片段化时的剪切力及其他去垢剂,往往会破坏G4结构或使其变形。

    2. 分辨率更佳:相较于传统G4 ChIP-seq技术,能检测到更多G4峰。

    3. 高灵敏度:通过更低的背景噪声与更高的信噪比,实现精准定位。

    4. 流程高效:文库制备可在24小时内完成。

    5. 样本量要求低:适用于稀有样本分析。

  • 1. Cut&tag富集peak检出结果表格


    2.Cut&tag鉴定到的差异peak表格

    3.Cut&tag差异peak的火山图、相关基因的GO和KEGG富集分析