|
单细胞测序技术服务 靶向lncRNA单细胞全转录组测序 单细胞全转录组测序 |
|
生物分子凝聚体研究 HyPro靶RNA临近标记技术 |
|
RNA-蛋白相互作用 HyPro - MS CHIRP – MS RNA pull-down MS |
RNA-RNA/DNA相互作用 HyPro-seq/芯片 CHIRP-seq |
蛋白-RNA相互作用 AGO APP seq/芯片 |
蛋白-蛋白相互作用 CoIP-MS/AP-MS |
|
NGS测序技术服务 DRIPc-seq |
|
NGS测序技术服务 环状DNA测序 |
|
基因芯片技术服务 Small RNA修饰芯片 m6A单碱基分辨率芯片 mRNA&lncRNA表观转录组芯片 circRNA表观转录组芯片 |
NGS测序技术服务 表观转录组学测序服务 RNA m6A甲基化测序（MeRIP Seq） |
LC-MS mRNA碱基修饰检测 tRNA碱基修饰检测 |
PCR技术服务 MeRIP-PCR技术服务 m6A绝对定量RT-PCR技术服务 m6A单碱基位点PCR（MazF酶切法）技术服务 |
|
NGS测序技术服务 DNA（羟）甲基化测序（抗体法） DNA甲酰基胞嘧啶(5fc)修饰测序 DNA 5hmC 测序（化学法） 染色质免疫共沉淀测序 |
PCR技术服务 MeDIP-qPCR hMeDIP-qPCR ChIP-qPCR |
|
Ribo-seq Ribo seq |
|
蛋白表达定量 TMT标记定量技术 Label free非标定量技术 |
蛋白修饰定量 TMT标记定量磷酸化 非标定量磷酸化 |
相关服务
相关产品
相关资源
small RNA通常是指长度小于200 nt的非编码小分子RNA，包括miRNA、tsRNA、sdRNA（single-stranded DNA damage-associated sRNA）等，它们能够通过调控基因表达，在细胞生长、发育、代谢等多种生物学过程中发挥重要作用；新的研究发现，这些小分子RNA也可以与蛋白质一起直接结合染色质DNA，参与和调控DNA损伤修复、直接或间接地影响染色质的结构和修饰，最终调节基因转录情况，这些小RNA被称为染色质相关small RNA，它们与癌症等疾病的发生发展密切相关，具有临床治疗潜力[1]。
染色质相关small RNA功能一：miRNA与染色质结合抑制基因转录
在人乳腺癌细胞的衰老进程中，细胞质中的miRNA MiR-let7f可与Ago2蛋白结合，并一同转运和滞留到细胞核中，与蛋白Rb1/E2F结合之后招募组蛋白去乙酰化酶（HDACs）和组蛋白甲基化酶（HMTs），导致E2F目的基因启动子区的抑制性修饰H3K9me2、H3K27me3增加，最终使这些目的基因的表达量降低。
图1. miRNA-AGO复合物在核内滞留并与染色质结合，介导转录抑制[2]。
染色质相关small RNA功能二：sdRNA调控基因组DNA损伤修复
单链DNA损伤相关小RNA（single-stranded DNA damage-associated sRNA, sdRNA）是在基因组DNA产生单链断裂的情况下，由BRCA1蛋白复合物加工切割产生的小RNA。sdRNA能够招募PalB2/Rad52蛋白，修复DNA断裂位点，这种修复在肿瘤组织、正常组织和干细胞中都有出现，在临床上有重要的治疗前景[3]。
图2. sdRNA在DNA单链断裂位点附近产生并促进损伤修复，有助于抑制肿瘤发生[4]。
参考文献：
1. Arroyo, J.D., et al., Argonaute2 complexes carry a population of circulating microRNAs independent of vesicles in human plasma. Proc Natl Acad Sci U S A, 2011. 108(12): p. 5003-8.
2. Benhamed, M., et al., Senescence is an endogenous trigger for microRNA-directed transcriptional gene silencing in human cells. Nat Cell Biol, 2012. 14(3): p. 266-75.
3. Hatchi, E., et al., BRCA1 and RNAi factors promote repair mediated by small RNAs and PALB2-RAD52. Nature, 2021. 591(7851): p. 665-670.
4. Durut, N. and O. Mittelsten Scheid, The Role of Noncoding RNAs in Double-Strand Break Repair. Front Plant Sci, 2019. 10: p. 1155.
染色质相关small RNA高通量筛选鉴定是利用small RNA与染色质结合的特性，对细胞核中染色质及其结合的small RNA进行分离并抽提纯化进行检测的方法，能够分离和鉴定的small RNA包括miRNA、tsRNA、sdRNA等，进行small RNA芯片或测序筛选后，即可获得能够结合染色质蛋白进行基因表达调控和促进损伤修复的small RNA。
样本用量：细胞用量10^6-10^7个；组织>50mg。
染色质相关small RNA测序：
1.细胞/组织裂解，分离细胞核染色质；
2.small RNA抽提纯化；
3.small RNA测序文库构建并通过文库大小分离；
4.上机测序，进行数据分析；
5.提供结果报告。
染色质相关small RNA测序服务利用small RNA与染色质结合的亲和性，包括miRNA、tsRNA、sdRNA等，将它们从细胞核染色质中分离出来，然后进行纯化和测序检测，进而发现能够与染色质相互作用、调节基因表达或促进DNA修复的small RNA。
染色质相关small RNA测序技术优势
可区分染色质与核质成分，特异性分离结合染色质small RNA进行测序；
可同时分析miRNA、tsRNA、piRNA以及sdRNA。
对染色质相关small RNA复合物中的小RNA进行鉴定和深入分析，即可揭示AGO等蛋白和small RNA在染色质DNA层面结合与调控的关键作用，对于理解生命活动或疾病机制方面的研究有重要意义。
1. 差异表达的small RNA注释信息表格
2. 深入统计分析：差异表达的染色质相关small RNA火山图、散点图、聚类图
