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蛋白表达定量 Label free非标定量 TMT标记定量 PRM靶向定量 |
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技术优势
适合研究tsRNA/miRNA结合蛋白，外源合成RNA，不受RNA表达量低的限制；
样本需求量低，只需要提供4x10^7个细胞即可实验；
microRNA、tsRNA、piRNA等通常采用RNA pull down-MS富集smallRNA结合的蛋白。体外合成biotin标记的目标RNA（Control组采用scramble RNA），加入到非变性裂解的生物样品中。随后，通过固定化avidin对biotin进行pull-down，得到的与目标RNA结合的RBP经LC-MS/MS鉴定和定量分析，据此构建目标RNA的相互作用蛋白谱。
图2 RNA pull down-MS实验流程
2.RNA pulldown-MS特异性富集的蛋白GO/pathway分析
3. RNA pulldown-MS特异性富集蛋白PPI互作网络图
在多种应激条件下，tRNA能够发生特异性酶切，产生一类功能独特的tRNA片段（tRFs），和许多生理病理过程密切相关。来自Rockefeller University的科学家通过高通量测序技术发现一类tRFs特异性高表达于高转移性乳腺癌细胞中，并具有特定的motif，据此推测，细胞中可能存在某些与之特异性识别的蛋白质。为了鉴定这些未知的相互作用蛋白，作者运用RNA亲和纯化技术，用biotin标记的tRFs片段进行pull down，结合LC-MS/MS鉴定和定量分析，发现一个潜在的结合蛋白YBX1，并进行了深入研究。结果表明，YBX1蛋白能够与肿瘤转移相关基因mRNA结合并稳定mRNA，而tRFs可与mRNA竞争性结合YBX1，进而使肿瘤转移相关的mRNA去稳定性，抑制肿瘤的转移性。[1]
图3 tsRNA通过竞争性结合YBX1调控mRNA稳定性
参考文献：
1. Goodarzi, Hani et al. “Endogenous tRNA-Derived Fragments Suppress Breast Cancer Progression via YBX1 Displacement.” Cell vol. 161,4 (2015): 790-802. doi:10.1016/j.cell.2015.02.053. [PMID: 25957686]
