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单细胞测序技术服务 靶向lncRNA单细胞全转录组测序 单细胞全转录组测序 |
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生物分子凝聚体研究 HyPro靶RNA临近标记技术 |
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RNA-蛋白相互作用 HyPro - MS CHIRP – MS RNA pull-down MS |
RNA-RNA/DNA相互作用 HyPro-seq/芯片 CHIRP-seq |
蛋白-RNA相互作用 AGO APP seq/芯片 RIP-RNA seq/芯片 |
蛋白-蛋白相互作用 CoIP-MS |
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NGS测序技术服务 R-loop 测序分析服务 |
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NGS测序技术服务 环状DNA测序 |
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基因芯片技术服务 Small RNA修饰芯片 m6A单碱基分辨率芯片 mRNA&lncRNA表观转录组芯片 circRNA表观转录组芯片 |
NGS测序技术服务 表观转录组学测序服务 RNA m6A甲基化测序（MeRIP Seq） |
LC-MS mRNA碱基修饰检测 tRNA碱基修饰检测 |
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Ribo-seq Ribo seq |
核糖体-新生肽链复合物(RNC) RNC联合 circRNA芯片 RNC联合 lncRNA芯片 RNC联合mRNA-seq |
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蛋白表达定量 Label free非标定量技术 TMT标记定量技术 PRM靶向定量 |
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技术优势
适合研究tsRNA/miRNA结合蛋白，外源合成RNA，不受RNA表达量低的限制；
样本需求量低，只需要提供4x10^7个细胞即可实验；
microRNA、tsRNA、piRNA等通常采用RNA pull down-MS富集smallRNA结合的蛋白。体外合成biotin标记的目标RNA（Control组采用scramble RNA），加入到非变性裂解的生物样品中。随后，通过固定化avidin对biotin进行pull-down，得到的与目标RNA结合的RBP经LC-MS/MS鉴定和定量分析，据此构建目标RNA的相互作用蛋白谱。
图2 RNA pull down-MS实验流程
2.RNA pulldown-MS特异性富集的蛋白GO/pathway分析
3. RNA pulldown-MS特异性富集蛋白PPI互作网络图
在多种应激条件下，tRNA能够发生特异性酶切，产生一类功能独特的tRNA片段（tRFs），和许多生理病理过程密切相关。来自Rockefeller University的科学家通过高通量测序技术发现一类tRFs特异性高表达于高转移性乳腺癌细胞中，并具有特定的motif，据此推测，细胞中可能存在某些与之特异性识别的蛋白质。为了鉴定这些未知的相互作用蛋白，作者运用RNA亲和纯化技术，用biotin标记的tRFs片段进行pull down，结合LC-MS/MS鉴定和定量分析，发现一个潜在的结合蛋白YBX1，并进行了深入研究。结果表明，YBX1蛋白能够与肿瘤转移相关基因mRNA结合并稳定mRNA，而tRFs可与mRNA竞争性结合YBX1，进而使肿瘤转移相关的mRNA去稳定性，抑制肿瘤的转移性。[1]
图3 tsRNA通过竞争性结合YBX1调控mRNA稳定性
参考文献：
1. Goodarzi, Hani et al. “Endogenous tRNA-Derived Fragments Suppress Breast Cancer Progression via YBX1 Displacement.” Cell vol. 161,4 (2015): 790-802. doi:10.1016/j.cell.2015.02.053. [PMID: 25957686]
