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单细胞测序技术服务 靶向单细胞测序（lncRNA&mRNA） 单细胞测序 |
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蛋白表达定量 DIA定量蛋白质组学 Label free非标定量 |
蛋白修饰定量 N-糖基化蛋白组学 O-GlcNAc修饰蛋白质组学 |
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Ribo-seq Ribo seq（ribosome profiling） |
核糖体-新生肽链复合物(RNC) RNC联合 circRNA芯片 RNC联合 lncRNA芯片 RNC-seq |
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NGS测序技术服务 环状DNA测序（eccDNA测序） |
PCR技术服务 环状DNA PCR技术服务 |
HAC-Seq（肼-苯胺切割测序）是一种能在转录组范围内以单核苷酸分辨率精准定位 tRNA m3C 修饰的测序技术。该修饰在维持tRNA结构、解码准确性及翻译效率中发挥关键作用。
tRNA N3-甲基胞苷（m3C）修饰通过调控线粒体功能[1]、细胞周期及DNA修复等通路[2]，影响神经系统疾病的发生发展[3]以及肿瘤（肝癌、乳腺癌等）进展[4]。m3C相关酶及修饰的失调与上述疾病密切相关。此外，m3C修饰酶可以稳定R-loop结构，影响基因组组织调控[5]。
Aksomics 提供的 m3C HAC-Seq 服务，结合选择性化学切割、二代测序及生物信息学分析，可有效排除非特异性背景干扰，实现tRNA m3C甲基化图谱的准确定量与绘制，为表观转录组学研究提供可靠方案。
● 单核苷酸分辨率：能够在单核苷酸级别精确鉴定m3C修饰位点
● 化学特异性：依赖高度特异的化学反应而非抗体亲和富集，消除了非特异性结合带来的背景干扰，从而能够进行精确定量评估
● 可靠的位点鉴定：通过引入m3C去甲基化样品作为对照，从而排除假阳性
● 全面分析：能够同时鉴定m3C位点并发现修饰相关的motif。
分离得到的tRNA分两部分，实验组经肼和苯胺（HAC）处理，在m3C位点切割RNA。由于HAC产生的5'片段其3'末端受损，无法进行接头连接，因此测序仅捕获全长片段及3'切割片段。对照组在HAC处理前先经去甲基化酶处理（DM-HAC）以去除m3C修饰，测序捕获全长片段。通过计算切割比率，可以单核苷酸分辨率鉴定m3C位点。
1.不同tRNA上m3C位点附近reads分布的可视化展示
2.m3C修饰tRNA的motif分析
1. Zhang F et al: Epitranscriptomic regulation of cortical neurogenesis via Mettl8-dependent mitochondrial tRNA m(3)C modification. Cell Stem Cell 2023, 30(3):300-311 e311.[PMID: 36764294]
2. Cui J et al: m(3)C32 tRNA modification controls serine codon-biased mRNA translation, cell cycle, and DNA-damage response. Nat Commun 2024, 15(1):5775.[PMID: 38982125]
3. Lentini JM et al: DALRD3 encodes a protein mutated in epileptic encephalopathy that targets arginine tRNAs for 3-methylcytosine modification. Nat Commun 2020, 11(1):2510.[PMID: 32427860]
4. Ignatova VV et al: METTL6 is a tRNA m(3)C methyltransferase that regulates pluripotency and tumor cell growth. Sci Adv 2020, 6(35):eaaz4551.[PMID: 32923617]
5. Zhang LH et al: The SUMOylated METTL8 Induces R-loop and Tumorigenesis via m3C. iScience 2020, 23(3):100968.[PMID: 32199293]
