rG4-RIP mRNA seq服务

  • 简介
  • 技术优势
  • 数据分析
  • 结果示例
  • rG4-RIP mRNA seq 是一种能在全转录组层面精准鉴定功能活性 rG4 的高通量测序技术。该技术利用高度特异性的 G4 结构识别抗体 BG4,高效富集含内源性 rG4 的转录本,实现对 rG4 结构的准确识别与分析。

    rG4 作为核心转录后调控元件,通过动态结构转变并协同多种 RNA 修饰广泛调控基因表达,其功能失调与癌症、神经退行性疾病等发生发展密切相关。

    Aksomics 提供的rG4-RIP mRNA seq服务通过高度特异性的 BG4 抗体进行富集,结合高通量测序,有效克服了传统生物信息学预测的局限,显著提升了全转录组内源 rG4 结构识别的准确性与可靠性。

  • 1、全转录组范围高通量识别 rG4,覆盖经典与非经典结构类型,扩展已知 rG4 目录。

    2、通过生信分析流程,区分真实信号与背景,降低假阳性并提升对rG4 的检测灵敏度。

    3、一站式服务与全程质控:RNA 完整性验证、polyA 富集效率检测、文库质量评估等关键质控环节,专业生信团队支持发表级分析。

  • 1. 原始数据质控: 测序质量、接头污染、重复率等常规 QC。

    2. 比对与定量: 将 reads 比对到参考基因组/转录组并计算 IP 与 Input 的转录本丰度。

    3. 差异富集分析: 识别在 IP 中显著富集的转录本并计算 foldenrichment,作为 rG4或 RBP关联候选,生成火山图、热图等图片结果。

    4. 功能富集分析: 进行差异mRNA指标的GO/KEGG富集分析、网络分析等,并支持生成可视化结果展示rG4定位与差异情况。

  • 1.rG4 位点识别与注释


    2.rG4差异分析


    3.rG4差异mRNA的GO/KEGG富集


    样本需求:

    1.样品类型:

    细胞、组织样品,其它类型请详询。
    2.样品量:
    A)细胞 ≥ 2x10^7;
    B)组织 ≥ 200 mg;
    3.样品保存与运输:
    样品置于1.5 mL EP管中,细胞/组织液氮冻存;-80℃ 保存,避免反复冻融。干冰运输。