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基因芯片技术服务 Small RNA芯片 piRNA芯片 染色质small RNA芯片 基因下游RNA（DoG RNA）芯片 lncRNA芯片 circRNA芯片 |
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NGS测序技术服务 环状DNA测序（eccDNA测序） |
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技术优势
探针结合内源的靶标RNA分子，特异性高；
富集在细胞内与靶标RNA原位结合的DNA，反映细胞内真实的RNA-DNA互作状态；
可以与CHIRP –MS同时进行试验，探索与靶标RNA共同互作的DNA和蛋白质
lncRNA、circRNA等常采用CHIRP-MS/DNA-seq富集结合的蛋白和DNA序列。生物样品在原位进行甲醛可逆交联，随后用biotin标记的RNA anti-sense（预先固定）进行杂交（Control组采用非特异探针）富集结合的蛋白和DNA。通过强变性条件洗去非特异结合蛋白后，得到的RBP经LC-MS/MS鉴定和定量分析，富集得到的RBP经LC-MS/MS鉴定和定量分析，与目标RNA特异性相互作用的蛋白（A, B, C, D）在两组间具有显著差异，非特异相互作用蛋白（X）在两组间比例接近1：1。据此构建目标RNA的相互作用蛋白谱。富集的DNA通过试剂盒抽提，进行建库测序，获得ncRNA结合的DNA区域和富集程度的信息，据此分析目标RNA调控转录的相互作用DNA区域。
图2 CHIRP–MS/CHRIP DNA-Seq实验流程图
2. CHIRP结合DNA所在基因GO/pathway分析
3.CHIRP结合DNA的可视化图
相互作用网络图进一步展示了U1/U2互作蛋白富集情况：位于上部的为已知蛋白，主要为剪接体蛋白，位于下方的为功能未知蛋白，包括只与U1或U2互作的蛋白以及和两者共同作用的蛋白。ChIRP-MS技术不仅能够很好的鉴定已知的RNA互作蛋白，同时也能鉴定未知蛋白，是研究RNA-protein相互作用的强大工具。
参考文献：
1.Rinn, J. L. & Chang, H. Y. Genome regulation by long noncoding RNAs. Annual review of biochemistry 81, 145-166, doi:10.1146/annurev-biochem-051410-092902 (2012). [PMID: 22663078].
2. Chu, Ci et al. “Systematic discovery of Xist RNA binding proteins.” Cell vol. 161,2 (2015): 404-16. doi:10.1016/j.cell.2015.03.025 [PMID: 25843628].
