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单细胞测序技术服务 靶向单细胞测序（lncRNA&mRNA） 单细胞测序 |
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生物分子凝聚体研究 HyPro靶RNA临近标记技术 |
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NGS测序技术服务 R-loop 测序（DRIPc-seq） |
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NGS测序技术服务 环状DNA测序（eccDNA测序） |
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Ribo-seq Ribo seq（ribosome profiling） |
核糖体-新生肽链复合物(RNC) RNC联合 circRNA芯片 RNC联合 lncRNA芯片 RNC-seq |
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蛋白表达定量 Label free非标定量 TMT标记定量 PRM靶向定量 |
eccDNA往往包含一些调控功能元件，例如增强子。这些携带增强子元件的eccDNA可以游离于基因组的不同区域，得以激活正常条件下不受这些元件调控的基因（图1），从而驱动这些基因表达变化并改变细胞功能，从而可能导致癌症等疾病的发生和发展[2]。
图1. eccDNA作为移动的增强子促进转录和肿瘤发生的模型
ecDNA是只存在于癌症中的大型具备克隆能力的环状DNA分子，小从10 kb到几兆碱基（Mb）不等，这些分子可以自我复制，但由于缺乏着丝粒而在有丝分裂中不均匀地遗传到子代细胞。这些ecDNA由于通常携带致癌基因和抗药性基因，能够为肿瘤组织的生长发展提供选择优势，并引起了肿瘤组织的遗传异质性，使治疗难度大大增加（图2），ecDNA的发现和鉴定是近年来癌症研究的重大突破与研究热点之一。
总的来说，环状DNA调控着多种多样的分子生物学机制和生理过程（图3），与多种疾病紧密相关（表1），是优良的诊断、预后标志物（表2）[5]。
表1. 在各种疾病中发现的环状DNA[6]
表2. 环状DNA作为生物标志物，比线性cfDNA更具优势[5]
参考文献:
1.Hung, K.L., P.S. Mischel, and H.Y. Chang, Gene regulation on extrachromosomal DNA. Nat Struct Mol Biol, 2022. 29(8): p. 736-744.
2.Zhu, Y., et al., Oncogenic extrachromosomal DNA functions as mobile enhancers to globally amplify chromosomal transcription. Cancer Cell, 2021. 39(5): p. 694-707.e7.
3.Noorani, I., P.S. Mischel, and C. Swanton, Leveraging extrachromosomal DNA to fine-tune trials of targeted therapy for glioblastoma: opportunities and challenges. Nat Rev Clin Oncol, 2022. 19(11): p. 733-743.
4.Nathanson, D.A., et al., Targeted therapy resistance mediated by dynamic regulation of extrachromosomal mutant EGFR DNA. Science, 2014. 343(6166): p. 72-6.
5.Yang, L., et al., Extrachromosomal circular DNA: biogenesis, structure, functions and diseases. Signal Transduct Target Ther, 2022. 7(1): p. 342.
6.Zhao, Y., et al., Extrachromosomal circular DNA: Current status and future prospects. Elife, 2022. 11.
线性染色体DNA和环状线粒体DNA的存在会导致环状DNA 测序结果中有效reads比例降低，因此有必要将二者去除。我们的环状DNA-Seq测序平台采用了限制性内切酶PacI对环状线粒体DNA进行切割，将其转化为线性DNA，然后使用线性DNA特异的外切酶将线性化的线粒体DNA以及染色体DNA消化，再使用滚环扩增的方式，将环状DNA进一步放大和富集，从而提高了测序质量。
实验流程
1.基因组DNA抽提；
2.PacI酶处理，线性化环状线粒体DNA；
3.DNA外切酶去除线性DNA；
4.滚环扩增环状DNA；
5.超声打断与DNA建库；
6.高通量测序；
7.数据分析；
8.提供实验报告。
2.环状DNA长度和染色体分布统计图
