GlycoRNA（糖基化RNA）芯片-适用于所有样品类型，覆盖各类非编码小RNA | 优于糖基化RNA测序（GlycoRNA-seq）| 诺贝尔奖实验室新发现-康成生物丨数谱生物

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为什么要研究GlycoRNA？什么是糖基化RNA（GlycoRNA）？如何研究GlycoRNA

GlycoRNA（糖基化RNA）芯片

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GlycoRNA发表文献

Arraystar GlycoRNA芯片结合了GlycoRNA的生物化学富集和RNA定量分析方法，利用这两种方法在特异性、灵敏度和准确性方面的优势，检测GlycoRNA的表达。

芯片涵盖了广泛的糖基化小RNA类别，包括Y-RNAs/Y-RNA片段、tRNAs、tsRNAs（tiRNAs和tRFs）、pre-miRNAs、miRNAs、snRNAs/snRNA片段、snoRNAs/snoRNA片段和rRNAs/rRNA片段。
利用这种新的方法，研究者可以获得全面的GlycoRNA表达细节，以发现和理解这类在基因调控、细胞功能和人类疾病中发挥功能的新RNA分子。

什么是糖基化RNA（GlycoRNA）？ GlycoRNA是经过糖基化修饰的小非编码RNA，包括Y-RNA、tRNA、miRNA、snRNA、snoRNA和rRNA。诺贝尔奖得主Bertozzi实验室在2021年Cell文章中发现哺乳动物小非编码RNA可以发生糖基化修饰。

为什么要研究GlycoRNA？ GlycoRNA已经成为癌症、心血管疾病、神经系统疾病、免疫系统疾病以及呼吸系统疾病等领域的一个新兴研究方向，为新型生物标志物和治疗应用打开了新机遇。

如何研究GlycoRNA？GlycoRNA的检测方法，生物信息学分析工具和功能研究手段。
GlycoRNA可以通过凝集素结合、代谢标记/点击化学、高碘酸盐氧化和醛标记（pAL）等生化方法富集，并通过Arraystar GlycoRNA芯片检测和定量。GlycoRNA捕获技术与GlycoRNA芯片的组合利用了这两种技术的优势：GlycoRNA捕获的高度特异性和芯片检测的高灵敏度/特异性/准确性，是目前GlycoRNA领域最先进的方法。研究人员现在可以在GlycoRNA分子作用、细胞学功能，以及相关的生物学方向和疾病领域上获得详细和全面的GlycoRNA分析信息。

Arraystar GlycoRNA芯片的一些关键优势包括：
GlycoRNA 的全面检测

Arraystar芯片的RNA直接标记方法，避免了RNA修饰和空间折叠对cDNA反转的阻断，使得全面检测tsRNA和tRNA成为可能，从而实现对glycoRNA的全面检测，包括Y-RNAs/Y-RNA片段、tRNAs、tsRNAs（tiRNAs和tRFs）、pre-miRNAs、miRNAs、snRNAs/snRNA片段、snoRNAs/snoRNA片段以及rRNAs/rRNA片段。由于这些小RNA具有独特的生化特性，通过测序进行GlycoRNA检测需要分别进行不同类别的小RNA的专门测序，而Arraystar GlycoRNA芯片可以在一次实验中同时检测以上各类小RNA。

更高的灵敏度和可靠性
GlycoRNA捕获步骤确保GlycoRNA检测信号确实来自糖基化的RNA，减少假阳性并增加结果的可靠性。结合GlycoRNA捕获与芯片信号检测的超高灵敏度，增强的信噪比使得低丰度的GlycoRNA也能被更好地检测到。

适用于所有样品类型

Arraystar GlycoRNA芯片的 glycoRNA 捕获方法可检测各类细胞及临床样品类型的 glycoRNA：活细胞或非活细胞、组织、生物体液。

新型小GlycoRNA的发现

Arraystar GlycoRNA芯片包含了基因组中的所有的小RNA种类，无论其是否已知为糖基化。如果在微阵列上检测到的GlycoRNA之前未被报道，即可将其识别为新型GlycoRNA。因此无需担心预先设计的芯片是否具有与测序相同的发现新型GlycoRNA的能力。

前所未有的科学和医学机遇
凭借易于获取的即用型GlycoRNA芯片分析数据，研究人员现在可以探索由这种新型GlycoRNA分子所开启的许多前所未有的科学领域：基因、细胞和分子调控中的RNA糖基化过程，以及基于GlycoRNA序列特异性的细胞表面和细胞外相互作用与通讯、新型受体配体、新的生物学过程和致病功能、新型药物靶点，以及适用于双重免疫学和序列检测的新型细胞外生物标志物。

Arraystar GlycoRNA 芯片

探针设计	带有5’发卡帽和3’间隔区的小RNA特异性序列
探针结合位点	miRNA/5'tsRNA: 3' 区域 3'tsRNA/Y-RNA/snRNA/snoRNA/rRNA-derived fragment: 全长中的特异性序列 pre-miRNA:pre-miRNA的 loop区域 tRNA: 成熟tRNA的反密码子环序列 Y-RNA/snoRNA/snRNA/rRNA: 全长中的特异性序列
探针特异性	小RNA特异性
芯片规格	8x15K
小RNA覆盖情况				来源
	Human	Mouse	Rat
探针总数	7,646	7,420	5,312
YsRNA (Y-RNA来源小RNA)	10	5	7	人: 文献来源小鼠和大鼠: 预测
snsRNA (snRNA来源小RNA)	4	35	35
sdRNA (snoRNA来源小RNA)	289	1,334	1,464
rRF (rRNA来源小RNA)	210	479	280	人: MINTbase(V1) 大鼠和小鼠: 预测
miRNA	2,627	1,949	749	miRBase(v22)
tsRNA (tRNA来源小RNA)	1,432	910	653	tRFdb, MINTbase, GtRNADb (v18.1, 2019.08) 公开发表的高分文献至2019
pre-miRNA	1,745	1,122	448	miRBase(v22)
mature-tRNA	338	267	195	GtRNAdb (v18.1, 2019.08) ENSEMBL (v99)
snoRNA	955	1,297	1,464	ENSEMBL (v99)
Y-RNA	4	2	3	RNAcentral (V24) RefSeq (2024.08)
snRNA	27	15	9
rRNA	5	5	5

Table1 差异GlycoRNA表达列表

Symbol: GlycoRNA的名称。
Trans_type：GlycoRNA的转录本类型。
Precursor：GlycoRNA的前体RNA。
Description：GlycoRNA的注释信息。
Fold Change：表示实验组与对照组之间GlycoRNA的变化倍数。
Regulation：两组比较的上调（up）或者下调（down）。
P-value：评估两组GlycoRNA表达水平的差异是否具有统计学显著性的p值。
[1] Flynn, R.A., et al. (2021) "Small RNAs are modified with N-glycans and displayed on the surface of living cells" Cell 184(12):3109-3124 e22 [PMID:34004145]
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GlycoRNA（糖基化RNA）芯片

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