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单细胞测序技术服务 靶向lncRNA单细胞全转录组测序 单细胞全转录组测序 |
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生物分子凝聚体研究 HyPro靶RNA临近标记技术 |
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RNA-蛋白相互作用 HyPro - MS CHIRP – MS RNA pull-down MS |
RNA-RNA/DNA相互作用 HyPro-seq/芯片 CHIRP-seq |
蛋白-RNA相互作用 AGO APP seq/芯片 RIP-RNA seq/芯片 |
蛋白-蛋白相互作用 CoIP-MS |
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NGS测序技术服务 R-loop 测序分析服务 |
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NGS测序技术服务 环状DNA测序 |
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基因芯片技术服务 Small RNA修饰芯片 m6A单碱基分辨率芯片 mRNA&lncRNA表观转录组芯片 circRNA表观转录组芯片 |
NGS测序技术服务 表观转录组学测序服务 RNA m6A甲基化测序（MeRIP Seq） |
LC-MS mRNA碱基修饰检测 tRNA碱基修饰检测 |
PCR技术服务 MeRIP-PCR技术服务 m6A绝对定量RT-PCR技术服务 m6A单碱基位点PCR（MazF酶切法）技术服务 |
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Ribo-seq Ribo seq |
核糖体-新生肽链复合物(RNC) RNC联合 circRNA芯片 RNC联合 lncRNA芯片 RNC联合mRNA-seq |
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蛋白表达定量 Label free非标定量技术 TMT标记定量技术 PRM靶向定量 |
tRFs和tiRNAs是tRNA及其前体通过精确调控的加工过程产生的，作为小非编码RNA行使多种生理功能，与诸多生理病理过程相关（图1）。据报道，tRFs&tiRNAs能够以microRNA的方式参与RNA干扰；结合蛋白因子并调节目标mRNA的稳定性；与细胞色素C互作，调控细胞凋亡；改变胚胎转录级联调控，作为父本表观遗传因子介导代谢疾病遗传；多种应激条件下促进应激颗粒的组装。
tRF&tiRNAs的组成和数量高度依赖于具体的细胞类型和病理状况，使得它们成为一类优质的生物标志物[1]。例如，tRFs&tiRN-As之间的比例关系能够作为癌症存活期指标和潜在的诊断标志物[2]。同时，相比其他microRNA，tRNA和tRFs&tiRNAs类群广泛富集于各种生物体液中[3-4]。
图1. tRFs&tiRNAs功能及相关疾病
Aksomics（原康成生物）tRF&tiRNA测序服务提供从样品到数据的全套解决方案。根据我们tRF&tiRNA测序和表达谱分析中得到的丰富信息，按照tRF&tiRNA：为什么以及如何研究它们？中提供的方法及应用，科研工作者们能够更便捷地推进他们在这个新兴领域的研究工作。
参考文献
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1. Telonis A.G. et al. (2015) "Dissecting tRNA-derived fragment complexities using personalized transcriptomes reveals novel fragment classes and unexpected dependencies." Oncotarget 6(28):24797-822 [PMID: 26325506] 2. Olvedy M. et al. (2016) "A comprehensive repertoire of tRNA-derived fragments in prostate cancer." Oncotarget [PMID: 27015120] 3. Schageman J. et al. (2013) "The complete exosome workflow solution: from isolation to characterization of RNA cargo." Biomed Res Int 2013:253957[PMID:24205503] 4. Dhahbi J.M. et al. (2013) "5' tRNA halves are present as abundant complexes in serum, concentrated in blood cells, and modulated by aging and calorie restriction." BMC Genomics 14:298 [PMID: 23638709] |
tsRNAs的序列上存在多种修饰，使其不适于直接进行standard small RNA-seq。丰富的碱基修饰会严重阻碍反转录的进行，而多种特异末端修饰使其不能与接头连接。为了得到更为精准的tsRNAs表达谱，康成生物tsRNAs测序服务包含了由Arraystar开发的建库前期处理流程。
图释：完善的前处理方案，保证tsRNAs能被准确检测
完善的前处理显著提高tsRNAs检测准确性
图释：不同类型tiRNA或tRF的reads比例统计，红：不做预处理 蓝：做预处理
前期处理： 脱氨基——去除3’端氨基酸
去磷酸化——将3’端环磷酸处理成羟基
末端磷酸化——将5’端羟基磷酸化
去甲基化——去除m1A、m3C、m1G等甲基化修饰，防止反转录中断
图释: tsRNAs测序操作流程图
2、Arraystar独家授权的测序分析系统：康成生物使用Arraystar独家授权的”tsRNAs Analysis System”进行分析，包括：基于tRNA拓扑结构和统计显著性的精准注释与分类系统；全面的tsRNAs数据库信息；tsRNAs专注的生物信息学与统计学分析。
3、免费赠送microRNA表达及差异分析：tsRNAs测序的文库切胶范围覆盖microRNA，康成生物将免费提供microRNA的表达和差异分析。一次测序，两套结果，满足客户对tRF、tiRNA及microRNA的表达研究需求。
4、无缝链接tRNA系列服务：tsRNAs-seq可以联合应用康成提供的tRNA-seq、tsRNAs PCR array及tRNA PCR array技术服务，深入挖掘tRFs , tiRNAs及tRNAs在生命科学及医学中的功能作用
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基础分析 |
高级分析 |
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测序序列质量评估 数据预处理 基因组比对 tsRNAs注释 tsRNAs表达及差异分析 microRNA表达谱及差异分析 |
tsRNAs靶基因预测
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基础数据分析展示
l tsRNAs差异表达分析 ：Arraystar独家授权的”tsRNAs Analysis System”分析tsRNAs表达谱和表达变化。同时，通过热图、散点图、火山图、Venn分析及PCA 分析等统更加清晰明确地展示样本之间的差异性。
图释：表达及差异分析数据表
特色数据分析展示（包含于标准报告中，不另外收费）
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不同类型tsRNAs表达量统计：依据比对到tRNA位置的不同，可以将tsRNAs分成多种类型。不同种类tsRNAs之间，其产生及作用机制可能存在差异，因此了解不同种类tsRNAs的表达情况对于后续研究具有很好的指引作用。
图释：不同类型tsRNAs表达量统计
