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蛋白表达定量 Label free非标定量 TMT标记定量 PRM靶向定量 |
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CircRNA是一类由特殊剪接机制形成的、具有闭合环状结构的非编码RNA。circRNA分子的组织特异性、疾病特异性、时序特异性及高稳定性等特征,使得circRNA在临床研究中具有明显的优势。
RNC(新生核糖体肽链复合物)分离是一种分离核糖体-RNA复合物的方法,由于RNA主要在翻译阶段与核糖体结合,因此根据核糖体-RNA复合物特有的沉降系数,通过离心的方法对其进行分离之后,便可以获得正在翻译的RNA信息。
通过RNC分离联合Arraystar CircRNA芯片可以准确鉴定具有翻译潜力的circRNA。circRNA翻译多肽与胃癌、结肠癌以及肌肉生成等多种疾病与生理过程的发生发展密切相关。
Molecular Cell:circRNA通过“显性负效应”调控母基因功能
ncRNA领域开拓者,美国医学科学院院士,斯坦福大学医学院著名教授Howard Y. Chang在《Molecular Cell》上发表重磅文章,揭示了circRNA翻译多肽, 通过“显性负效应”(dominant-negative effect)拮抗母基因功能的新机制。即circFGFR1翻译产生的多肽circFGFR1p导致FGFR1的功能受到抑制的现象。
图1. circFGFR1翻译产生的多肽circFGFR1p通过“显性负效应”抑制FGFR1的功能
1、取样方式简单便捷,细胞量可低至2*10^6;
2、高灵敏度检测与核糖体结合的circRNA分子:能准确鉴定与核糖体结合的circRNA,且不受开放阅读框长度和核糖体结合位点的影响;
3、保真性高的检测结果:直接离心特异性分离RNC组分,不易引入其他污染;
丰富的注释信息及SCI文章发表级别的图谱
RNC(Ribosome-nascent chain)分离联合Arraystar circRNA芯片服务通过细胞裂解后离心的方法,特异性分离出RNC组分,抽提RNA后获得与核糖体结合的具有翻译潜力的RNA分子。再经过高灵敏度性的Arraystar circRNA表达芯片,特异性检测与核糖体结合circRNA的情况,准确筛选出具有翻译潜力的circRNA信息。
circRNA_ID |
Alias |
test |
control |
Fold change |
test( % Enrichment) |
control( % Enrichment) |
Diff % Enrichment |
hsa_circRNA_002448 |
hsa_circ_0002448 |
-0.23669566 |
-0.93537523 |
1.62301864 |
47% |
26% |
21% |
hsa_circRNA_402481 |
|
1.632452577 |
-0.33156857 |
3.901479032 |
79% |
23% |
56% |
1、RNC结合circRNA的差异信息表格
chrom |
strand |
txStart |
txEnd |
circRNA_type |
best_transcript |
GeneSymbol |
chr1 |
- |
11133990 |
11137005 |
exonic |
NM_001001998 |
EXOSC10 |
chr2 |
- |
224629929 |
224642586 |
exonic |
NR_110905 |
AP1S3 |
2、RNC结合circRNA的差异信息聚类图
3、深入数据分析:RNC结合circRNA的母基因mRNA GO/KEGG分析
参考文献:
[1] Tahmasebi S et. al. Nat Rev Mol Cell Biol. 2018. PMID: 30038383.