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单细胞测序技术服务 靶向单细胞测序（lncRNA&mRNA） 单细胞测序 |
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单细胞测序 mRNA&lncRNA表观转录组芯片 lncRNA芯片 超级增强子lncRNA芯片相关产品
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长链非编码RNA（long non-coding RNA，lncRNA）是一类长度大于200nt，没有蛋白质编码能力，或只能编码短肽的RNA分子。在过去的几十年中，研究者们逐渐认识到lncRNA的重要性，发现lncRNA在细胞分化、生长发育、免疫应答、基因转录调控、RNA加工修饰等方面具有重要的调节作用[1-4]。然而，由于lncRNA的丰度普遍较低，一般只有mRNA的十分之一左右[5]。传统的测序技术包括单细胞测序技术在低丰度转录本（比如lncRNA）的检测上存在灵敏度不高和检测不准确等问题，在测序建库过程中，对低丰度的转录本进行特异性的靶向扩增，则可以实现对这些转录本更灵敏、更准确的检测。为此，我们设计了针对lncRNA的靶向panel，包含315个和148个已报道的，与人或小鼠生物学功能或疾病相关的功能性lncRNA。在单细胞测序建库过程中，使用lncRNA靶向panel对功能性lncRNA分子进行多重PCR扩增，极大的提高了lncRNA的检测灵敏度和准确性，使得在单细胞水平分析低丰度、功能性lncRNA表达情况成为可能。此外，如果您有其它感兴趣的lncRNA或mRNA，我司为您提供个性化panel定制服务，可以为您设计特异性强的靶向扩增引物，与靶向lncRNA panel一起完成靶向扩增过程。
引入颇受行业内认可的BD RhapsodyTM单细胞分析系统，可快速平行分析成千上万个单细胞内数千基因的表达水平。该系统利用微孔法进行单细胞的分离和标记，一张微孔板上有不少于20万的特定大小微孔，每一个微孔可捕获一个细胞并装载一个磁珠，之后进行细胞裂解、cDNA合成、靶向lncRNA扩增和文库构建。
图1. 靶向lncRNA单细胞测序流程图。
图2. 靶向lncRNA扩增流程与文库构建。
参考文献
1、Fatica A, Bozzoni I: Long non-coding RNAs: new players in cell differentiation and development. Nat Rev Genet 2014, 15(1):7-21.[PMID: 24296535]
2、Chen YG, Satpathy AT, Chang HY: Gene regulation in the immune system by long noncoding RNAs. Nat Immunol 2017, 18(9):962-972.[PMID: 28829444]
3、Statello L, Guo CJ, Chen LL, Huarte M: Gene regulation by long non-coding RNAs and its biological functions. Nat Rev Mol Cell Biol 2021, 22(2):96-118.[PMID: 33353982]
4、Herman AB, Tsitsipatis D, Gorospe M: Integrated lncRNA function upon genomic and epigenomic regulation. Mol Cell 2022, 82(12):2252-2266.[PMID: 35714586]
5、Liu SJ et al: Single-cell analysis of long non-coding RNAs in the developing human neocortex. Genome Biol 2016, 17:67.[PMID: 27081004]
灵敏度高：对低丰度、功能性lncRNA进行更灵敏、更准确的检测
准备工作简单：客户只需浸没组织样本或提供单细胞悬液寄到我司即可
极高的捕获率：充分利用实验样本并获取有效实验数据
既包括常规scRNA-seq的检测分析，又包含靶向lncRNA或任何关注的RNA的检测分析
提供完整和个性化的数据分析方案
样品类型：组织100-200mg，单细胞悬液细胞数目不少于1×105个；
质控要求：活细胞比例一般不低于65%；
样品保存和运输：浸没组织0-4℃保存，冰袋运输；单细胞悬液-80℃保存，干冰运输；
其他详见《康成生物|数谱生物单细胞测序预处理指南》。
1、细胞类群/亚群鉴定t-SNE图
2、细胞类群/亚群marker mRNA或靶向lncRNA分布图
3、细胞类群/亚群marker mRNA或靶向lncRNA小提琴图
4、靶向lncRNA在不同细胞类型里的表达量
5、靶向lncRNA在不同细胞类型里的富集度
