Small RNA修饰芯片

• 简介
• 芯片与测序平台
• 挑战及解决方案
• 数据库
• 结果展示

• Arraystar small RNA修饰芯片服务在单张芯片可定量miRNA，pre-miRNA，tRNA和tRNA衍生的small RNA（tsRNA，包括tRF＆tiRNA）的8-氧代鸟嘌呤（o8G），7-甲基鸟苷（m7G），N6-甲基腺苷（m6A），1-甲基腺嘌呤（m1A），假尿苷（Ψ）或5-甲基胞苷（m5C）修饰。

  
  

  技术优势

  • 能够检测及定量多种small RNA上修饰，分别包括o8G，m7G，m6A，Ψ，m1A或m5C

  • 能够检测多种small RNA，包括miRNA，pre-miRNA，tRNA和tRF＆tiRNA

  • 金标准准确定量small RNA的修饰：直接RNA末端标记可确保定量的高保真性；不会产生逆转录或PCR扩增造成的数据偏倚

  • 高灵敏度检测低水平small RNA的修饰：克服small RNA-seq方法局限性，对低表达或低修饰水平的small RNA分析具有出色的分析灵敏度。

  • 所需的样品量低，总RNA量低至2 µg。

  
  

  服务名称	修饰	描述	规格	价格
  Human/Mouse/Rat Small RNA 修饰芯片	O8G	定量检测miRNA，pre-miRNA，tRNA和tRF＆tiRNA的O8G修饰	8 x 15K	请询价
  Human/Mouse/Rat Small RNA 修饰芯片	m7G	定量检测miRNA，pre-miRNA，tRNA和tRF＆tiRNA的m7G修饰	8 x 15K	请询价
  Human/Mouse/Rat Small RNA 修饰芯片	m6A	定量检测miRNA，pre-miRNA，tRNA和tRF＆tiRNA的m6A修饰	8 x 15K	请询价
  Human/Mouse/Rat Small RNA 修饰芯片	m1A	定量检测miRNA，pre-miRNA，tRNA和tRF＆tiRNA的m1A修饰	8 x 15K	请询价
  Human/Mouse/Rat Small RNA 修饰芯片	Ψ	定量检测miRNA，pre-miRNA，tRNA和tRF＆tiRNA的Ψ修饰	8 x 15K	请询价
  Human/Mouse/Rat Small RNA 修饰芯片	m5C	定量检测miRNA，pre-miRNA，tRNA和tRF＆tiRNA的m5C修饰	8 x 15K	请询价

  
  

• 针对tRNA修饰检测，我们同时提供tRNA修饰测序- m1A/m3C/m1G/m2,2G和small RNA修饰芯片服务。下图是两个平台的比较，可以帮助您更好的选择合适您研究目的的平台。

  
  

  tRNA 修饰测序 -m1A/m3C/m1G/m2,2G	Small RNA 修饰芯片
  只适用于tRNA	可检测多种小RNA分子类型，包括miRNAs、pre-miRNAs、tRNAs和tRFs & tiRNAs
  单碱基分辨率定位修饰位点，对tRNA反密码子区及主体区域特定碱基位点的修饰进行精准解析，是研究tRNA修饰功能的关键依据	可实现修饰水平定量检测，但无法定位到单碱基位点
  一次性检测m1A、m3C、m1G、m2,2G四种甲基化修饰	每次项目只能检测一种修饰类型

• Small RNA修饰高通量筛选面临的挑战

  尽管测序已用于small RNA高通量筛选，但RNA修饰对测序定量的影响仍被严重忽视。RNA上多种修饰（m1A，m3C和m1G等）会干扰测序建库过程中的逆转录，因此small RNA-seq对small RNA修饰的定量是不准确的，特别是对small RNA上的修饰。 例如，Small RNA-seq大多偏向检测18nt的3’tsRNA，而Northern blot主要检测到的是22nt的同工型3’tsRNA。这是由于TUC存在m1A，会抑制逆转录酶进行逆转录。大多数small RNA测序数据是从上述文库构建方法中获得的，因此，对于有修饰的small RNA，这些数据可能产生误导。

   同样，small RNA-seq需要多个PCR扩增步骤，这会导致明显的定量偏差及不准确，因此需要使用独立正交方法。 

   事实上，研究修饰的测序方法需要大量的样本（总RNA> 100 ug），这样对样本量有限的研究会产生极大的限制。 

   此外，small RNA测序通常使用Reads Per Million（RPM）进行标准化，来表示样品中RNA的相对丰度。 然而，RPM取决于样品中small RNA的组成。 一个small RNA的RPM的变化将影响所有其它small RNA的值，即使它们的绝对表达水平没有改变。

   为了以高灵敏度和准确的化学计量来鉴定和定量small RNA的修饰谱，需要克服基于测序的方法的局限，开发非测序技术。

  
  

  定量small RNA转录后修饰的技术

  Arraystar small RNA修饰筛选方法（图1）将small RNA芯片与RNA免疫沉淀（RIP）进行整合，可在一张芯片上同时检测修饰及未修饰small RNA水平，为修饰对small RNA（包括miRNA，pre-miRNA，tRNA和tRF＆tiRNA）的调控提供重要信息，

  

  图1. Arraystar small RNA修饰筛选技术，分别鉴定和定量small RNA转录后修饰，分别为o8G，m7G，m6A，m1A，Ψ和m5C。使用特异性抗体通过免疫沉淀富集修饰的small RNA后，使用Arraystar small RNA修饰芯片进行鉴定和定量。

  
  

• 人类small RNA 修饰芯片 V2.0

  探针总数	14,706
  探针设计策略	整个探针由5’cap区， small RNA特异性区和3’linker区组成.
  探针结合位点	5-p-miRNA 和 5'tsRNA: small RNA的3’区域 3-p-miRNA 和 3'tsRNA: small RNA的5’区域 tRNA:成熟 tRNA 的反密码子环序列 Pre-miRNA: pre-miRNA的颈环区域设计
  探针特异性	small RNA特异性
  miRNA数目	2,627 (1,318个5-p-miRNAs, 1,309个3-p-miRNAs )
  pre-miRNAs数目	1,745
  成熟tRNAs数目	346
  tRFs＆tiRNAs数目	4254
  Small RNA来源数据库	miRNA: miRBase (v22) pre-miRNA: miRBase (v22) tRNA: GtRNADb(Updated to 18.1 2019.08), ENSEMBL(v99) tRF＆tiRNA: tRFdb, GtRNADb (更新至18.1 2019.08) 文献: 公开发表的文献至 2019 [1-40]
  芯片规格	8 x 15K

  
  

  小鼠 small RNA 修饰芯片 V2.0

  探针总数	14,895
  探针设计策略	整个探针由5’cap区， small RNA特异性区和3’linker区组成.
  探针结合位点	5-p-miRNA和 5'tsRNA: small RNA的3’区域 3-p-miRNA 和 3'tsRNA: small RNA的5’区域 tRNA:成熟 tRNA 的反密码子环序列 Pre-miRNA: pre-miRNA的颈环区域设计
  探针特异性	small RNA特异性
  miRNA数目	1949 (966个 5-p-miRNAs and 983个 3-p-miRNAs )
  pre-miRNAs数目	1,122
  成熟tRNAs数目	270
  tRFs＆tiRNAs数目	1767
  Small RNA来源数据库	miRNA: miRBase (v22) pre-miRNA: miRBase (v22) tRNA: GtRNADb(Updated to 18.1 2019.08), ENSEMBL(v99) tsRNA: tRFdb, GtRNADb (更新至18.1 2019.08) 文献: 公开发表的文献至 2019 [1-40]
  芯片规格	8 x 15K

  
  

  大鼠 small RNA 修饰芯片 V2.0

  探针总数	14,895
  探针设计策略	整个探针由5’cap区， small RNA特异性区和3’linker区组成.
  探针结合位点	5-p-miRNA和 5'tsRNA: small RNA的3’区域 3-p-miRNA 和 3'tsRNA: small RNA的5’区域 tRNA:成熟 tRNA 的反密码子环序列 Pre-miRNA: pre-miRNA的颈环区域设计
  探针特异性	small RNA特异性
  miRNA数目	749(355个 5-p-miRNAs and394个 3-p-miRNAs )
  pre-miRNAs数目	448
  成熟tRNAs数目	197
  tRFs＆tiRNAs数目	1135
  Small RNA来源数据库	miRNA: miRBase (v22) pre-miRNA: miRBase (v22) tRNA: GtRNADb(Updated to 18.1 2019.08), ENSEMBL(v99) tsRNA: tRFdb, GtRNADb (更新至18.1 2019.08)
  芯片规格	8 x 15K

  
  

  References

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• 数据分析包括直接使用的关键数据，有用的注释信息和出版级别的图形。

  差异修饰small RNA列表，包括miRNA，pre-miRNA，tRNA和tRF＆tiRNA

  
  

  
  

   MatureID: 成熟miRNA在miRBase 的ID

   Group m7G miRNA level (normalized, log2): 基于Cy5标记的m7G-IP RNA的初始信号值得到的log2转换的标准化后的组平均值。

   Treated, Control: 实验组和对照组

   FC: 两组比较的差异倍数

   P: t test检验分析的统计学差异的p值

   Regulation: 两组比较的上调或者下调

   Group m7G %modified miRNA: m7G修饰的miRNA组平均百分比

   miRNA_family: 具有相同的种子序列的miRNA家族

   m7G_motif: “RAm7GGT” m7G 的motif基序, R 代表G或A.

  
  

  差异修饰的miRNA，pre-miRNA，tRNA和tRF＆tiRNA的分层聚类热图

  
  

  
  

  图2.差异修饰small RNA的分层聚类热图。 修饰的RNA水平由左上方小图中红蓝色色标表示。顶部树状图显示了样品之间修饰图谱相对接近度。组别由热图上方的色条表示。