单细胞测序技术服务 靶向lncRNA单细胞全转录组测序 单细胞全转录组测序 |
生物分子凝聚体研究 HyPro靶RNA临近标记技术 |
RNA-蛋白相互作用 HyPro - MS CHIRP – MS RNA pull-down MS |
RNA-RNA/DNA相互作用 HyPro-seq/芯片 CHIRP-seq |
蛋白-RNA相互作用 AGO APP seq/芯片 RIP-RNA seq/芯片 |
蛋白-蛋白相互作用 RIME MS CoIP-MS |
NGS测序技术服务 R-loop 测序分析服务 |
NGS测序技术服务 环状DNA测序 |
基因芯片技术服务 Small RNA修饰芯片 m6A单碱基分辨率芯片 mRNA&lncRNA表观转录组芯片 circRNA表观转录组芯片 |
NGS测序技术服务 表观转录组学测序服务 RNA m6A甲基化测序(MeRIP Seq) |
LC-MS mRNA碱基修饰检测 tRNA碱基修饰检测 |
PCR技术服务 MeRIP-PCR技术服务 m6A绝对定量RT-PCR技术服务 m6A单碱基位点PCR(MazF酶切法)技术服务 |
Ribo-seq Ribo seq |
核糖体-新生肽链复合物(RNC) RNC联合 circRNA芯片 RNC联合 lncRNA芯片 RNC联合mRNA-seq |
蛋白表达定量 Label free非标定量技术 TMT标记定量技术 PRM靶向定量 |
超级增强子lncRNA(SE-lncRNA)是一类由超级增强子区域转录而来的lncRNA。该lncRNA与超级增强子一起,调控特定细胞谱系发育和身份决定过程中的基因表达。SE-lncRNA与多种疾病有关,许多病理性表型都伴随着SE-lncRNA表达水平的显著变化[1-3]。SE-lncRNA表达水平检测对于研究超级增强子活性、功能机制和疾病相关性都十分必需。Arraystar SE-lncRNA芯片可同时对SE-lncRNA以及受其调控的编码基因进行全面、系统的表达检测。Arraystar SE-lncRNA芯片目前包含人和小鼠两个版本。
Aksomics(原康成生物)是Arraystar中国区唯一代理商,独家为您提供Arraystar公司超级增强子lncRNA芯片全程一站式技术服务。您只需要提供保存完好的组织或细胞标本,Aksomics的芯片技术服务人员就可为您完成全部实验操作,并提供完整的实验报告。同时,根据您的研究需要,Aksomics还提供各种深入数据挖掘服务。
服务 | 芯片 | 规格 | 描述 |
---|---|---|---|
Human SE-lncRNA 芯片服务 | Arraystar Human SE-lncRNA Microarray | 8 * 15K | SE-lncRNAs (7753)+ mRNAs (7040) |
Mouse SE-lncRNA芯片服务
|
Arraystar Mouse SE-lncRNA Microarray | 8 * 15K | SE-lncRNAs (8222) + mRNAs (6385) |
参考文献
1. Bradner JE, Hnisz D, Young RA: Transcriptional Addiction in Cancer. Cell 2017, 168(4):629-643.[PMID: 28187285]
2. Alvarez-Dominguez JR, Knoll M, Gromatzky AA, Lodish HF: The Super-Enhancer-Derived alncRNA-EC7/Bloodlinc Potentiates Red Blood Cell Development in trans. Cell Rep 2017, 19(12):2503-2514.[PMID: 28636939]
3. Xiang JF et al: Human colorectal cancer-specific CCAT1-L lncRNA regulates long-range chromatin interactions at the MYC locus. Cell Res 2014, 24(5):513-531.[PMID: 24662484]
4. Vucicevic D et al: Long ncRNA expression associates with tissue-specific enhancers. Cell Cycle 2015, 14(2):253-260.[PMID: 25607649]
5. Hon CC et al: An atlas of human long non-coding RNAs with accurate 5' ends. Nature 2017, 543(7644):199-204.[PMID: 28241135]
6. Soibam B: Super-lncRNAs: identification of lncRNAs that target super-enhancers via RNA:DNA:DNA triplex formation. RNA 2017, 23(11):1729-1742.[PMID: 28839111]
强大而可靠的SE-lncRNA收集与鉴定方法
● lncRNA信息来自Arraystar公司所专有的高质量的转录组与lncRNA数据库
- 收集整理了Refseq, UCSC knownGene, GENCODE, lncRNAdb, RNAdb, NRED和lncRNA Catalogs等权威数据库中的lncRNA
- 收集了注释完善、经过实验验证和有Pubmed索引的“金标准”lncRNA
- 手动收集了权威期刊上新出现的lncRNA
● 超级增强子区域信息来自dbSUPER数据库
● Mapping到超级增强子区域的lncRNA被鉴定为SE-lncRNA
图1.Arraystar SE-lncRNA芯片内容收集流程图
一块芯片同时检测SE-lncRNA及其靶基因的表达水平,可直观、精确的找到二者之间的调控关系
针对特定的外显子或剪接区域设计探针,特异性的区分SE-lncRNA的不同isoform(图2)
灵敏度高,可检测到细胞中的单拷贝转录本
图2.探针#2可特异性的检测isoform CCAT1-L
提供超级增强子、超级增强子lncRNA与其靶基因的详尽注释信息
图3.SE-lncRNA注释信息示例
人SE-lncRNA芯片参数
探针总数 | 14873 |
---|---|
探针长度 | 60 nt |
探针挑选策略 | 挑选针对SE-lncRNA特异外显子或剪接位点的探针 |
探针特异性 | 转录本特异性 |
标记方法 | 使用高效的线性扩增方法来产生荧光标记的cRNA,灵敏检测低拷贝转录本 |
SE-lncRNAs & Super-lncRNAs检测数目 | 7753 |
SE-lncRNAs靶基因检测数目 | 7040 |
SE-lncRNAs来源 | - 从Arraystar专有的转录组数据库挑选“金标准”lncRNA和可靠性高的lncRNA,然后与dbSUPER数据库中的超级增强子区域进行匹配。与超级增强子区域重叠的lncRNA被鉴定为SE-lncRNA。 - 从文献[4, 5]收集增强子lncRNA,若该增强子位于超级增强子区,则被认为是SE-lncRNA。 |
Super-lncRNAs 来源 | Super-lncRNA是指与超级增强子区域形成RNA:DNA:DNA三螺旋的lncRNA,可招募调控因子至超级增强子区,从而影响染色体结构,并作为空间放大器,促进超级增强子相关的组织特异性基因表达。主要收集于文献[6]。 |
SE-lncRNA靶基因来源 | 与SE-lncRNA基因组位置重叠或在其转录起始位点50 Kb以内的Refseq基因被收集为SE-lncRNA靶基因。这些基因还包含了来自TF checkpoint数据库中的3153个转录因子基因与来自Bushman Lab数据库中的1448个癌症相关基因。 |
芯片规格 | 8 * 15K |
图4.Arraystar公司人SE-lncRNA芯片内容。
小鼠SE-lncRNA芯片参数
探针总数 | 14637 |
---|---|
探针长度 | 60 nt |
探针挑选策略 | 挑选针对SE-lncRNA特异外显子或剪接位点的探针 |
探针特异性 | 转录本特异性 |
标记方法 | 使用高效的线性扩增方法来产生荧光标记的cRNA,灵敏检测低拷贝转录本 |
SE-lncRNAs检测数目 | 8222 |
SE-lncRNAs靶基因检测数目 | 6385 |
SE-lncRNAs来源 | 从Arraystar专有的转录组数据库挑选“金标准”lncRNA和可靠性高的lncRNA,然后与dbSUPER数据库中的超级增强子区域进行匹配。与超级增强子区域重叠的lncRNA被鉴定为SE-lncRNA。 |
SE-lncRNA靶基因来源 | 与SE-lncRNA基因组位置重叠或在其转录起始位点50 Kb以内的Refseq基因被收集为SE-lncRNA靶基因。这些基因还包含了来自TF checkpoint数据库中的2883个转录因子基因与来自SBCDDB数据库中的593个癌症相关基因。 |
芯片规格 | 8 * 15K |
图5.Arraystar公司小鼠SE-lncRNA芯片内容。
1.样品总RNA抽提
若实验对象为组织样品,取适量(50-100mg)新鲜组织样品或正确保存的组织样品,加1ml的RNA抽提试剂Trizol(Invitrogen),匀浆后抽提RNA。
若实验对象为细胞样品,每份样品取1×106~1×107细胞,完全吸去培养液后加1ml的RNA抽提试剂Trizol(Invitrogen),裂解后抽提RNA。
2. RNA质量检测
使用Nanodrop测定RNA在分光光度计260nm、280nm和230nm的吸收值,以计算浓度并评估纯度。
使用甲醛变性琼脂糖凝胶电泳检测RNA纯度及完整性
3. cDNA样品合成和cRNA标记
4.标记效率质量检测
使用Nanodrop检测荧光标记效率,以保证后续芯片实验结果的可靠性。
5.芯片杂交
在标准条件下将标记好的探针和高密度芯片进行杂交。
6.图像采集和数据分析
使用GenePix 4000B芯片扫描仪扫描芯片的荧光强度,并将实验结果转换成数字型数据保存,使用配套软件对原始数据进行分析运算。
7.提供实验报告
芯片扫描图
实验方法中英文报告
RNA质检报告
芯片数据结果报告,包括差异表达SE-LncRNA列表,差异表达基因列表