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单细胞测序技术服务 靶向单细胞测序（lncRNA&mRNA） 单细胞测序 |
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生物分子凝聚体研究 HyPro靶RNA临近标记技术 |
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NGS测序技术服务 R-loop 测序（DRIPc-seq） |
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NGS测序技术服务 环状DNA测序（eccDNA测序） |
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Ribo-seq Ribo seq（ribosome profiling） |
核糖体-新生肽链复合物(RNC) RNC联合 circRNA芯片 RNC联合 lncRNA芯片 RNC-seq |
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蛋白表达定量 Label free非标定量 TMT标记定量 PRM靶向定量 |
1. SE-lncRNA芯片收录策略
- 收集整理了Refseq, UCSC knownGene, GENCODE, lncRNAdb, RNAdb, NRED和lncRNA Catalogs等权威数据库中的lncRNA
- 收集了注释完善、经过实验验证和有Pubmed索引的“金标准”lncRNA
- 收集了权威期刊上新出现的lncRNA
图1.Arraystar SE-lncRNA芯片内容收集流程图。
2. SE-lncRNA芯片Database
| 芯片 |
Arraystar人 SE-lncRNA Microarray |
Arraystar小鼠 SE-lncRNA Microarray |
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探针总数 |
14873 |
14637 |
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探针长度 |
60 nt |
60 nt |
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探针特异性 |
转录本特异性探针，针对SE-lncRNA特异外显子或剪接位点设计 |
转录本特异性探针，针对SE-lncRNA特异外显子或剪接位点设计 |
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SE-lncRNAs& Super-lncRNAs 检测数目 |
7753 |
8222 |
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SE-lncRNAs靶基因检测数目 |
7040 |
6385 |
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SE-lncRNAs来源 |
- 从Arraystar专有的转录组数据库挑选“金标准”lncRNA和可靠性高的lncRNA，然后与dbSUPER数据库中的超级增强子区域进行匹配。与超级增强子区域重叠的lncRNA被鉴定为SE-lncRNA。 - 从文献收集增强子lncRNA，若该增强子位于超级增强子区，则被认为是SE-lncRNA。 |
从Arraystar专有的转录组数据库挑选“金标准”lncRNA和可靠性高的lncRNA，然后与dbSUPER数据库中的超级增强子区域进行匹配。与超级增强子区域重叠的lncRNA被鉴定为SE-lncRNA。 |
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Super-lncRNAs来源 |
Super-lncRNA是指与超级增强子区域形成RNA:DNA:DNA三螺旋的lncRNA，可招募调控因子至超级增强子区，从而影响染色体结构，并作为空间放大器，促进超级增强子相关的组织特异性基因表达。 |
- |
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SE-lncRNAs靶基因来源 |
与SE-lncRNA基因组位置重叠或在其转录起始位点50 Kb以内的Refseq基因被收集为SE-lncRNA靶基因。此外还包含了来自TF checkpoint数据库中的3153个转录因子基因与来自Bushman Lab数据库中的1448个癌症相关基因。 |
与SE-lncRNA基因组位置重叠或在其转录起始位点50 Kb以内的Refseq基因被收集为SE-lncRNA靶基因。此外还包含了来自TF checkpoint数据库中的2883个转录因子基因与来自SBCDDB数据库中的593个癌症相关基因。 |
图2.Arraystar公司Human SE-lncRNA芯片内容。
图3.Arraystar公司Mouse SE-lncRNA芯片内容。
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