服务优势
● 缺失特征读出：Ψ 抗亚硫酸氢盐脱氨，在每个 Ψ 位点留下单碱基缺失信号
● 位点级绝对定量：缺失比例即该位点的修饰化学计量，可直接跨样本比较
● 无抗体化学法：回避抗体富集带来的交叉反应与序列偏好
● 判读边界清晰：未修饰位点正常读取，与 Ψ 的缺失信号形成明确对照，便于人工核查
● 注释完备：每个位点给出基因组坐标、宿主基因与功能区域归属
背景介绍
在 mRNA 上，Ψ 采用无需抗体的化学读出，该读出方式可在单碱基水平定位每个位点；同一流程可扩展至长链非编码 RNA（lncRNA），让研究者可以在同一次实验里并行分析 mRNA 与 lncRNA 上的该修饰。
关键概念：假尿嘧啶 Ψ RNA单碱基测序是一种单碱基分辨率方法，亚硫酸氢盐诱导的缺失测序利用假尿嘧啶对亚硫酸氢盐的抗性产生缺失特征，从而在单碱基分辨率上定位并定量 Ψ。
图 1. Ψ 检测原理。
实验流程
图 2. 实验流程。
生物信息分析
生物信息分析流程将 reads 比对到参考转录组，识别缺失特征，并在单碱基分辨率上定量 Ψ 化学计量，涵盖 motif、分布、差异、富集与基因组浏览器分析。
交付内容
• 原始 Ψ mRNA 测序 FASTQ 数据文件，可直接提交至 GEO/SRA 等公共数据库。
• 样本与测序质控报告，含排序后的 BAM 比对文件及核心比对统计。
• 高置信度单碱基 Ψ 位点注释表（XLSX），含坐标、基因与定量结果。
• 单碱基 Ψ 转录本特征分布图与一致性 Ψ motif 分析图（PDF/PNG）。
• 单碱基分辨率 Ψ 差异甲基化分析表（XLSX），含倍数变化等统计信息。
• Ψ 修饰基因的功能富集分析报告（HTML/PDF/PNG）。
• 兼容基因组浏览器的可视化文件（bigWig/bedGraph）及完整的 Ψ 分析项目报告。
研究应用
• 正交验证：以缺失特征独立确认 MeRIP 等区域法提示的 Ψ 位点
• 翻译调控：将位点级 Ψ 化学计量与翻译效率和 mRNA 稳定性关联
• 编码区与 UTR：比较 CDS 与 UTR 区域内 Ψ 的分布差异
• 疾病导向：筛选差异修饰位点作为候选生物标志物
常见问题
mRNA 上有哪些特征会被注释？
每个位点都会注释到参考转录组，并给出基因组坐标、宿主基因与功能区域，方便您把位点和基因功能放在一起解读。
该方法能否在单碱基分辨率上定量修饰？
可以。亚硫酸氢盐诱导的缺失测序利用假尿嘧啶对亚硫酸氢盐脱氨的抗性，使逆转录在每个 Ψ 位点产生缺失特征，而未修饰位点正常读取，从而在单碱基分辨率上定位 Ψ，并在 mRNA 中给出每个位点的定量结果。
该方法与基于抗体的 mRNA 分析有何不同？
抗体法依赖富集，分辨率有限，也容易带入固有的 motif 偏好。我们的方法不使用抗体，直接在 mRNA 上给出单碱基分辨率的定量结果，既避开了交叉反应与富集偏倚，也方便和正交方法互相验证；如果您的课题需要的是位点级定量而不是区域级富集，会很合适。
这项服务如何支持假尿嘧啶研究？
我们会在单碱基分辨率上定位 Ψ，帮您把每个位点与它在 RNA 结构与功能中的作用对应起来，让结论更站得住脚。
高分辨率假尿嘧啶检测有何价值？
准确的 Ψ 图谱能提供稳健的位点级证据，让后续研究结论更可靠。
这项服务是否也覆盖 lncRNA？
是的，我们提供mRNA修饰和mRNA 与长链非编码 RNA（lncRNA）修饰两类服务供选择。两类转录本可以在同一次实验里一起分析，您不必拆成两个项目，研究范围也随之打开。
参考文献
[1] Dai Q, Zhang LS, Sun HL, et al. He C. Quantitative sequencing uncovers abundant pseudouridines in mammalian mRNA at base resolution. Nature Biotechnology 2023;41(3):344-354. DOI: 10.1038/s41587-022-01505-w