服务优势
● 肼-苯胺化学切割：切割选择性作用于胞苷，在 m³C 位点留下可判读的切割与逆转录特征
● 位点级定位定量：切割信号换算为每个 m³C 位点的修饰水平，无需富集
● 无抗体读出：不依赖 m³C 抗体，回避富集偏倚与交叉反应
● 与 IP 法互补：化学切割不依赖抗体效率，适合作为正交证据独立验证
● 注释完备：每个位点给出基因组坐标、宿主基因与功能区域归属
背景介绍
在 mRNA 中，该修饰影响转录本稳定性、翻译与基因调控，因此跨编码区与非翻译区的单碱基定位尤为关键。肼-苯胺介导的切割选择性作用于胞苷，所产生的切割与逆转录特征可在单碱基分辨率上精确定位 N3-甲基胞苷。这套不依赖抗体的读出方式可在单碱基水平定位每个 m3C 位点。同一流程可扩展至长链非编码 RNA（lncRNA），让研究者可以在同一次实验里并行分析 mRNA 与 lncRNA 上的该修饰。
关键概念：m³C RNA单碱基测序（HAC-seq）是一种单碱基分辨率方法，肼-苯胺介导的切割选择性作用于胞苷，所产生的切割特征可在单碱基分辨率上精确定位 N3-甲基胞苷。
图 1. HAC-seq m3C 检测原理。
实验流程
图 2. HAC-seq 实验流程。
生物信息分析
生物信息分析流程将 reads 比对到参考转录组，识别 HAC-seq 切割特征，并在单碱基分辨率上定量 m3C 化学计量，涵盖 motif、差异、富集与基因组浏览器分析。
交付内容
• 原始 m³C mRNA 测序 FASTQ 数据文件，可直接提交至 GEO/SRA 等公共数据库。
• 样本与测序质控报告，含排序后的 BAM 比对文件及核心比对统计。
• 高置信度单碱基 m³C 位点注释表（XLSX），含坐标、基因与定量结果。
• 单碱基 m³C 转录本特征分布图与一致性 m³C motif 分析图（PDF/PNG）。
• 单碱基分辨率 m³C 差异甲基化分析表（XLSX），含倍数变化等统计信息。
• m³C 修饰基因的功能富集分析报告（HTML/PDF/PNG）。
• 兼容基因组浏览器的可视化文件（bigWig/bedGraph）及完整的 m³C 分析项目报告。
研究应用
• 转录组范围定位：在 mRNA 与 lncRNA 上绘制 m³C 位点图谱
• 与 IP 法互验：用化学切割结果独立确认 m3C-IP 提示的位点
• 翻译调控：把位点级 m³C 水平与翻译效率和 mRNA 稳定性关联
• 疾病导向：筛选差异修饰位点作为候选生物标志物
常见问题
mRNA 上有哪些特征会被注释？
每个位点都会注释到参考转录组，并给出基因组坐标、宿主基因与功能区域，方便您把位点和基因功能放在一起解读。
该方法能否在单碱基分辨率上定量修饰？
可以。肼-苯胺介导的切割选择性作用于胞苷，所产生的切割与逆转录特征可在单碱基分辨率上精确定位 N3-甲基胞苷，并在 mRNA 中给出每个位点的定量结果；反应无需抗体且可重复，因此判定特异、化学计量可靠。
该方法与基于抗体的 mRNA 分析有何不同？
抗体法依赖富集，分辨率有限，也容易带入固有的 motif 偏好。我们的方法不使用抗体，直接在 mRNA 上给出单碱基分辨率的定量结果，既避开了交叉反应与富集偏倚，也方便和正交方法互相验证；如果您的课题需要的是位点级定量而不是区域级富集，会很合适。
这项服务如何支持 m3C 修饰研究？
我们会在单碱基分辨率上定位 m3C，帮您考察它对 RNA 稳定性与功能的影响，为后续机制研究提供支撑。
高分辨率 m3C 检测有何价值？
精确的 m3C 图谱为转化研究提供了可信的证据基础，有助于厘清 m3C 的作用。
这项服务是否也覆盖 lncRNA？
是的，我们提供mRNA修饰和mRNA 与长链非编码 RNA（lncRNA）修饰两类服务供选择。两类转录本可以在同一次实验里一起分析，您不必拆成两个项目，研究范围也随之打开。
参考文献
[1] Cui J, Liu Q, Sendinc E, Shi Y, Gregory RI. Nucleotide resolution profiling of m3C RNA modification by HAC-seq. Nucleic Acids Research 2021;49(5):e27. DOI: 10.1093/nar/gkaa1186