m³C tRNA单碱基测序（m3C-IP-Seq）

● 抗体富集灵敏度：免疫沉淀富集含 m³C 的 tRNA 片段，提高弱位点检出率

● 成熟 tRNA 位点级读出：富集后转化读出，在单碱基水平记录修饰核苷酸

● 低丰度样本友好：先富集再测序，适合 tRNA 修饰丰度偏低的样本

● 结构域解析：m³C 对 tRNA 结构与解码的影响可在位点层面追踪

● tRNA 专属注释：每个位点给出成熟 tRNA 相对坐标、基因归属、反密码子、isoacceptor 与结构域信息

● 与化学切割互补：可与无抗体的切割类方法交叉验证

在 tRNA 中，该修饰稳定 L 形折叠结构并精细调控反密码子–密码子解码，因此成熟环与反密码子区域的单碱基定位尤为关键。免疫沉淀富集含 m3C 的片段，转化读出在单碱基分辨率上记录修饰核苷酸，实现灵敏的单碱基 m3C 定位。这套不依赖抗体的读出方式可在单碱基水平定位每个 m3C 位点。

关键概念：m³C tRNA单碱基测序（m3C-IP-Seq）是一种测序服务，通过免疫沉淀富集含 m3C 的片段，并由转化读出在单碱基分辨率上记录修饰核苷酸。

图 1. m3C-IP-seq m³C 检测原理。

图 2. m3C-IP-seq 实验流程。

下游分析将 reads 比对到精选的参考序列，判定 m3C-IP-seq 转化特征，并报告每个位点的 m3C 化学计量，同时提供 motif、差异、富集与基因组浏览器分析。

交付内容

• 原始 m³C tRNA 测序 FASTQ 数据文件，可直接提交至 GEO/SRA 等公共数据库。

• 含 BAM 比对文件与关键比对指标的质控报告。

• 高置信度单碱基 m³C tRNA 位点表（XLSX），含坐标、反密码子、isoacceptors 与化学计量。

• 单碱基 m³C 在 tRNA 各结构域的分布图与一致性 m³C motif 分析图（PDF/PNG）。

• 单碱基分辨率 m³C tRNA 差异位点表（XLSX），含倍数变化等统计信息。

• 兼容基因组浏览器的 m³C 信号可视化文件（bigWig/bedGraph）及结构化 tRNA 报告。

• 富集定位：在成熟 tRNA 上定位 m³C 位点，重点覆盖弱修饰

• 结构–功能关联：把位点级 m³C 与 tRNA 折叠稳定性和解码准确性关联

• 与化学法互验：交叉确认无抗体方法提示的 tRNA m³C 位点

• isoacceptor 比较：比较不同 isoacceptors 与 isodecoders 的 m³C 模式

• 疾病相关：筛选应激或疾病状态下差异修饰的 tRNA 位点

tRNA 上有哪些特征会被注释？

每个位点都会定位到成熟 tRNA 转录本，并给出相对坐标、tRNA 基因归属、反密码子、isoacceptors 与结构域信息，方便您结合 isoacceptors 和结构域来解读位点。

该方法能否在单碱基分辨率上测量修饰？

可以。免疫沉淀富集含 m3C 的片段，转化读出在单碱基分辨率上记录修饰核苷酸，实现灵敏的单碱基 m3C 定位，并给出 tRNA 中每个位点的定量结果；反应无需抗体且可重复。

该方法与基于抗体的 tRNA 分析有何不同？

抗体法依赖富集，分辨率有限，也容易带入固有的 motif 偏好。我们把 m3C 特异富集与转化读出结合起来，在 tRNA 上给出单碱基分辨率的定量结果，避开交叉反应与富集偏倚。

这项服务如何支持 m3C 修饰研究？

我们通过高精度的 m3C 分析，帮您厘清它的生物学意义，为 RNA 功能与调控研究提供线索。

准确的 m3C 检测有何研究价值？

可靠的 m3C 分析能让研究结论更扎实，也更有助于理解 RNA 生物学。

[1] Gao Y, Hou J, Wei S, et al. Transcriptome-wide mapping of N3-methylcytidine modification at single-base resolution. Nucleic Acids Research 2025;53(5). DOI: 10.1093/nar/gkaf153