服务优势
● 抗体富集灵敏度：免疫沉淀富集含 m³C 的 tRNA 片段，提高弱位点检出率
● 成熟 tRNA 位点级读出：富集后逆转录错配读出，在单碱基水平记录修饰核苷酸
● 低丰度样本友好：先富集再测序，适合 tRNA 修饰丰度偏低的样本
● 结构域解析：m³C 对 tRNA 结构与解码的影响可在位点层面追踪
● tRNA 专属注释：每个位点给出成熟 tRNA 相对坐标、基因归属、反密码子、isoacceptor 与结构域信息
● 与化学切割互补：可与无抗体的切割类方法交叉验证
背景介绍
在 tRNA 中，该修饰稳定 L 形折叠结构并精细调控反密码子–密码子解码，因此成熟环与反密码子区域的单碱基定位尤为关键。免疫沉淀富集含 m3C 的片段，逆转录错配读出在单碱基分辨率上记录修饰核苷酸，实现灵敏的单碱基 m3C 定位。这套依赖抗 m³C 抗体富集、并以逆转录错配读出定位的方式，可在单碱基水平定位每个 m3C 位点。为提高位点判定的置信度，免疫沉淀洗脱物会分成两份：一份用 AlkB 去甲基化酶处理（Dm），一份不做处理（non-Dm）。真正的 m³C 位点在 non-Dm 通道给出逆转录错配信号，去甲基化后信号消失；两个通道都保留的信号按背景剔除，不计入位点报告。
关键概念：m³C tRNA单碱基测序（m3C-IP-Seq）是一种测序服务，通过免疫沉淀富集含 m3C 的片段，并由逆转录错配读出在单碱基分辨率上记录修饰核苷酸。
图 1. m3C-IP-seq m³C 检测原理。
实验流程
图 2. m3C-IP-seq 实验流程。
生物信息分析
下游分析将 reads 比对到精选的参考序列，判定 m3C-IP-seq 逆转录错配特征，并报告每个位点的 m3C 化学计量，同时提供 motif、差异、富集与基因组浏览器分析。
交付内容
• 原始 m³C tRNA 测序 FASTQ 数据文件，可直接提交至 GEO/SRA 等公共数据库。
• 含 BAM 比对文件与关键比对指标的质控报告。
• 高置信度单碱基 m³C tRNA 位点表（XLSX），含坐标、反密码子、isoacceptors 与化学计量。
• 单碱基 m³C 在 tRNA 各结构域的分布图与一致性 m³C motif 分析图（PDF/PNG）。
• 单碱基分辨率 m³C tRNA 差异位点表（XLSX），含倍数变化等统计信息。
• 兼容基因组浏览器的 m³C 信号可视化文件（bigWig/bedGraph）及结构化 tRNA 报告。
研究应用
• 富集定位：在成熟 tRNA 上定位 m³C 位点，重点覆盖弱修饰
• 结构–功能关联：把位点级 m³C 与 tRNA 折叠稳定性和解码准确性关联
• 与化学法互验：交叉确认无抗体方法提示的 tRNA m³C 位点
• isoacceptor 比较：比较不同 isoacceptors 与 isodecoders 的 m³C 模式
• 疾病相关：筛选应激或疾病状态下差异修饰的 tRNA 位点
常见问题
tRNA 上有哪些特征会被注释？
每个位点都会定位到成熟 tRNA 转录本，并给出相对坐标、tRNA 基因归属、反密码子、isoacceptors 与结构域信息，方便您结合 isoacceptors 和结构域来解读位点。
该方法能否在单碱基分辨率上测量修饰？
可以。免疫沉淀富集含 m3C 的片段，逆转录错配读出在单碱基分辨率上记录修饰核苷酸，实现灵敏的单碱基 m3C 定位，并给出 tRNA 中每个位点的定量结果；反应使用特异性抗体且可重复。
AlkB 去甲基化（Dm）对照如何帮助判定真正的 m³C 位点？
免疫沉淀洗脱物分成两份：一份用 AlkB 去甲基化酶处理（Dm），一份不处理（non-Dm）。真正的 m³C 位点在 non-Dm 通道出现逆转录错配信号，去甲基化后信号消失；两个通道都保留的信号按背景剔除，因此报告出的 tRNA 位点是高置信位点。
该方法与基于切割的化学法 tRNA 分析有何不同？
两条路线以不同化学机制定位同一修饰：切割类方法不依赖抗体，信号直接落在修饰位点上；m3C-IP-seq 先用抗 m³C 抗体富集含 m3C 的 tRNA 片段，再由逆转录错配读出把位点定到单碱基，因此在弱修饰位点上信噪比更好。两种路线可并行使用，对同一 tRNA 上的位点做相互独立的确认。
这项服务如何支持 m3C 修饰研究？
我们通过高精度的 m3C 分析，帮您厘清它的生物学意义，为 RNA 功能与调控研究提供线索。
准确的 m3C 检测有何研究价值？
可靠的 m3C 分析能让研究结论更扎实，也更有助于理解 RNA 生物学。
参考文献
[1] Gao Y, Hou J, Wei S, et al. Transcriptome-wide mapping of N3-methylcytidine modification at single-base resolution. Nucleic Acids Research 2025;53(5). DOI: 10.1093/nar/gkaf153
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