m5C RNA单碱基测序（BS-seq）

● 亚硫酸氢盐转化：在保证 C→U 转化的同时兼顾 RNA 完整性

● 保护性读出：m⁵C 不被脱氨、仍读作 C，与未修饰位点形成明确对照

● 位点级化学计量：C/T 读出比例换算为每个 m⁵C 位点的修饰比例

● 无抗体化学法：不需要 m⁵C 抗体，回避富集偏倚与交叉反应

● 注释完备：每个位点给出基因组坐标、宿主基因与功能区域归属

在 mRNA 中，该修饰影响转录本稳定性、翻译与基因调控，因此跨编码区与非翻译区的单碱基定位尤为关键。亚硫酸氢盐转化将未修饰胞苷脱氨为尿嘧啶（测序读作胸腺嘧啶），而 5-甲基胞苷受到保护、仍读作胞嘧啶，从而在单碱基分辨率上定位每个 m5C 位点。这套不依赖抗体的读出方式可在单碱基水平定位每个 m5C 位点。同一流程可扩展至长链非编码 RNA（lncRNA），让研究者可以在同一次实验里并行分析 mRNA 与 lncRNA 上的该修饰。

关键概念：m5C RNA单碱基测序（BS-seq）是一种单碱基分辨率方法，亚硫酸氢盐转化将未修饰的 C 转为 U（读作 T），而 m5C 受保护读作 C，从而在单碱基分辨率上定位并定量 m5C。

图 1. BS-seq m5C 检测原理。

图 2. BS-seq 实验流程。

生物信息分析流程将 reads 比对到参考转录组，识别 C→T 转化特征，并在单碱基分辨率上定量 m5C 化学计量，涵盖 motif、分布、差异甲基化、富集与基因组浏览器分析。

交付内容

• 原始 m⁵C mRNA 测序 FASTQ 数据文件，可直接提交至 GEO/SRA 等公共数据库。

• 样本与测序质控报告，含排序后的 BAM 比对文件及核心比对统计。

• 高置信度单碱基 m⁵C 位点注释表（XLSX），含坐标、基因与定量结果。

• 单碱基 m⁵C 转录本特征分布图与一致性 m⁵C motif 分析图（PDF/PNG）。

• 单碱基分辨率 m⁵C 差异甲基化分析表（XLSX），含倍数变化等统计信息。

• m⁵C 修饰基因的功能富集分析报告（HTML/PDF/PNG）。

• 兼容基因组浏览器的可视化文件（bigWig/bedGraph）及完整的 m⁵C 分析项目报告。

• 转录组范围定位：在 mRNA 与 lncRNA 上绘制 m⁵C 位点图谱

• 翻译与稳定性：把位点级 m⁵C 水平与翻译效率和转录本半衰期关联

• 编码区与 UTR：比较 CDS 与 UTR 区域内 m⁵C 的分布差异

• 疾病导向：筛选差异修饰位点作为候选生物标志物

mRNA 上有哪些特征会被注释？

每个位点都会注释到参考转录组，并给出基因组坐标、宿主基因与功能区域，方便您把位点和基因功能放在一起解读。

该方法能否在单碱基分辨率上定量修饰？

可以。亚硫酸氢盐转化将未修饰胞苷脱氨为尿嘧啶（测序读作胸腺嘧啶），而 5-甲基胞苷受到保护、仍读作胞嘧啶，从而在单碱基分辨率上定位每个 m5C 位点，并在 mRNA 中给出每个位点的定量结果。

该方法与基于抗体的 mRNA 分析有何不同？

抗体法依赖富集，分辨率有限，也容易带入固有的 motif 偏好。我们的方法不使用抗体，直接在 mRNA 上给出单碱基分辨率的定量结果，既避开了交叉反应与富集偏倚，也方便和正交方法互相验证；如果您的课题需要的是位点级定量而不是区域级富集，会很合适。

这项服务如何支持 m5C 修饰研究？

我们会在单碱基分辨率上定位 m5C，帮您考察它在 RNA 稳定性与表达中的调控作用。

单碱基 m5C 检测有何价值？

精确的 m5C 检测能提供可靠的位点级证据，让结论更可信。

这项服务是否也覆盖 lncRNA？

是的，我们提供mRNA修饰和mRNA 与长链非编码 RNA（lncRNA）修饰两类服务供选择。两类转录本可以在同一次实验里一起分析，您不必拆成两个项目，研究范围也随之打开。

[1] Frommer M, McDonald LE, Millar DS, et al. Paul CL. A genomic sequencing protocol that yields a positive display of 5-methylcytosine residues in individual DNA strands. PNAS 1992;89(5):1827-1831. DOI: 10.1073/pnas.89.5.1827