服务优势
● 化学转化读出：转化试剂选择性修饰二氢尿苷，在逆转录时产生 T → C 错配信号
● 成熟 tRNA 位点级定量：特征信号换算为每个 D 位点的修饰水平
● 无抗体读出：回避抗体对 tRNA 紧密结构的捕获偏倚
● D 环专精：覆盖第 16、17、20 位等经典二氢尿苷位点及其在 tRNA 中的结构角色
● tRNA 专属注释：每个位点给出成熟 tRNA 相对坐标、基因归属、反密码子、isoacceptor 与结构域信息
● 折叠柔韧性读出：D 对环区局部构象的影响可在位点层面追踪
背景介绍
在 tRNA 中，该修饰稳定 L 形折叠结构并精细调控反密码子–密码子解码，因此成熟环与反密码子区域的单碱基定位尤为关键。化学转化选择性修饰二氢尿苷，使其在逆转录中产生 T → C 错配信号，而未修饰位点正常读取，从而在单碱基分辨率上定位 D。这套不依赖抗体的读出方式可在单碱基水平定位每个 D 位点。
关键概念：tRNA二氢尿苷测序（CRACI-seq）是一种单碱基分辨率方法，化学转化使二氢尿苷位点产生 T → C 错配信号，而未修饰位点正常读取，从而在单碱基分辨率上定位并定量 D。
图 1. CRACI-seq D 检测原理。
实验流程
图 2. CRACI-seq 实验流程。
生物信息分析
下游分析将 reads 比对到精选的 tRNA 参考序列，判定 CRACI-seq 转化特征，并报告每个位点的 D 化学计量，同时提供 motif、差异、富集与基因组浏览器分析。
交付内容
• 原始 D tRNA 测序 FASTQ 数据文件，可直接提交至 GEO/SRA 等公共数据库。
• 含 BAM 比对文件与关键比对指标的质控报告。
• 高置信度单碱基 D tRNA 位点表（XLSX），含坐标、反密码子、isoacceptors 与化学计量。
• 单碱基 D 在 tRNA 各结构域的分布图与一致性 D motif 分析图（PDF/PNG）。
• 单碱基分辨率 D tRNA 差异位点表（XLSX），含倍数变化等统计信息。
• 兼容基因组浏览器的 D 信号可视化文件（bigWig/bedGraph）及结构化 tRNA 报告。
研究应用
• 结构域解析：在 D 环与其他结构域之间比较 D 的分布与水平
• 折叠与柔韧性：把位点级 D 水平与 tRNA 局部构象柔性关联
• 翻译保真度：将 D 变化与解码准确性和翻译效率联系起来
• isoacceptor 比较：比较不同 isoacceptors 与 isodecoders 的 D 修饰模式
• 疾病相关：筛选应激或疾病状态下差异修饰的 tRNA D 位点
常见问题
tRNA 上有哪些特征会被注释？
每个位点都会定位到成熟 tRNA 转录本，并给出相对坐标、tRNA 基因归属、反密码子、isoacceptors 与结构域信息，方便您结合 isoacceptors 和结构域来解读位点。
该方法能否在单碱基分辨率上测量修饰？
可以。化学转化选择性修饰二氢尿苷，使其在逆转录中产生 T → C 错配信号，而未修饰位点正常读取，从而在单碱基分辨率上定位 D，并给出 tRNA 中每个位点的定量结果。
该方法与基于抗体的 tRNA 分析有何不同？
抗体法依赖富集，分辨率有限，也容易带入固有的 motif 偏好。我们的方法不使用抗体，直接在 tRNA 上给出单碱基分辨率的定量结果，避开交叉反应与富集偏倚。
这项服务如何支持二氢尿苷研究？
我们会在单碱基分辨率上分析 D，帮您探索它在 RNA 结构与稳定性中的作用，为后续工作打好基础。
高分辨率二氢尿苷检测有何价值？
精确的 D 图谱是可靠结论的基础，能让您对相关生物学过程的判断更有把握。
参考文献
[1] Ju CW, Li H, Jiang B, et al. He C. Quantitative CRACI reveals transcriptome-wide distribution of RNA dihydrouridine at base resolution. Nature Communications 2025;16(1):8863. DOI: 10.1038/s41467-025-63918-w