O8G RNA单碱基测序(O8G-miSeq)

O8G RNA单碱基测序(O8G-miSeq)是一种基于免疫沉淀、可达到单碱基分辨率的测序服务,用于在 miRNA 与 pri-miRNA 上分析 8-氧代鸟嘌呤(O8G)。O8G 特异性抗体富集修饰 RNA 片段,结合高深度 Illumina 测序与 G>T 突变分析,在单碱基分辨率上定位每个 O8G 位点。

Aksomics 为您提供从样本到数据的全流程服务,涵盖 O8G 富集文库与配对 Input 对照、测序与生物信息分析,帮助您绘制 O8G 图谱,并将其与 miRNA 的靶向、稳定性与功能联系起来。

服务优势

抗体特异富集:O8G 特异性抗体捕获修饰片段,富集后再测序

G>T 突变读出:结合 G>T 突变分析定位单个 O8G 位点

配对 Input 对照:Input 文库支持稳健的富集分析与真实修饰判定

miRNA 专精:聚焦 miRNA seed、pri-miRNA 与成熟 miRNA 群体

功能读出:把 O8G 位点与 miRNA–mRNA 靶向关系及生物学效应变化关联

一站式交付:从样本到可解读的 O8G 数据,附专业生物信息支持

背景介绍

O8G(8-氧代鸟嘌呤)是活性氧氧化 RNA 中鸟嘌呤后产生的氧化型 RNA 修饰。它与腺嘌呤配对,常诱导 G>T 突变,并与氧化还原驱动的疾病相关;作为新兴的表观转录组研究对象,O8G 正受到与 m6A 同等的关注。

2023 年一项发表于 Nature Cell Biology 的研究表明,miRNA seed 上广泛存在的 O8G 修饰可差异调控依赖氧化还原的癌症发生。

关键概念:O8G RNA单碱基测序(O8G-miSeq)是一种单碱基测序方法,通过特异性抗体富集 O8G-RNA,并结合 G>T 突变分析与 Input 对照,在单碱基分辨率上识别 miRNA 上的 O8G 位点。

O8G-miSeq 检测原理

图 1. O8G-miSeq 检测原理。

实验流程

O8G-miSeq 实验流程

图 2. O8G-miSeq 实验流程。

生物信息分析

生物信息分析流程以 Input 对照筛查 O8G 富集信号,通过 G>T 突变判定在单碱基分辨率上定位 O8G 位点,并报告 O8G 修饰前后的靶基因分析。分析内容包括位点表、motif 与分布图、差异修饰与基因组浏览器轨道。

交付内容

• O8G-IP 与 Input 文库的原始 FASTQ 数据文件,可直接提交至 GEO/SRA。

• 含 BAM 比对文件与核心比对统计的质控报告。

• 单碱基 O8G 位点表(XLSX),含坐标、位点分值与化学计量。

• miRNA/pri-miRNA 上的 O8G motif 与分布图(PDF/PNG)。

• O8G 差异修饰分析表(XLSX),含倍数变化等统计信息。

• 含 O8G 的 miRNA 的靶基因与功能富集报告。

• 兼容基因组浏览器的可视化文件(bigWig/bedGraph)及结构化项目报告。

研究应用

• miRNA seed:解析 seed 区 O8G 对靶基因识别的调节

• 氧化应激:比较氧化还原状态变化前后 O8G 位点的增减

• 癌症机制:把 O8G 图谱与氧化还原驱动的肿瘤表型关联

• 生物标志物:筛选疾病中差异 O8G 修饰的 miRNA 位点

常见问题

这项服务针对哪些 RNA 类型?

我们会在 miRNA 与 pri-miRNA 上分析 O8G,并配套 Input 对照文库,让单碱基修饰判定更稳健。

O8G 能否在单碱基分辨率上被检测?

可以。O8G 富集结合 G>T 突变分析与 Input 对照,可在单碱基分辨率上定位每个 O8G 位点。

该方法与基于抗体的 m6A 分析有何不同?

这一方法使用 O8G 特异性抗体与 G>T 突变判定;不同于区域级富集,它在 miRNA 上给出单碱基分辨率的 O8G 位点。

服务是否提供功能层面的解读?

分析结果会包含富集分析、G>T 突变位点判定,以及 O8G 修饰前后的靶基因分析。

高深度测序有何优势?

高深度 Illumina 测序确保有足够覆盖度解析低丰度 O8G miRNA 位点并定量其修饰水平。

参考文献

[1] Widespread 8-oxoguanine modifications of miRNA seeds differentially regulate redox-dependent cancer development. Nature Cell Biology 2023; DOI: 10.1038/s41556-023-01233-2

[2] Position-specific oxidation of miR-1 encodes cardiac hypertrophy. Nature 2019; DOI: 10.1038/s41586-019-1550-8

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