服务优势
● 氧化–消除–去磷酸化循环：高碘酸盐循环选择性降解未修饰核苷酸，2'-O-甲基化位点抗切割
● 抗切割位点映射：抗性位点直接映射到单碱基分辨率，全程无需抗体
● 位点级定量：抗切割信号换算为每个 Nm 位点的修饰水平
● 覆盖多种转录本：同一化学原理可用于 mRNA、lncRNA 及其他含 Nm 的转录本
● 注释完备：每个位点给出基因组坐标、宿主基因与功能区域归属
● 自身/非自身标记研究：Nm 作为区分自身与非自身 mRNA 的标记，其位点分布可被直接解析
背景介绍
2'-O-甲基化（Nm）是 RNA 核糖 2'-羟基上一种丰度较高的修饰，由 2'-O-甲基转移酶（如 SPOUT 家族）或 C/D-box snoRNP 催化形成。它存在于 rRNA、snRNA、mRNA、tRNA、snoRNA 与 siRNA 中，调控 RNA 的稳定性、结构、生物合成、剪接与翻译。
在哺乳动物中，2'-O-甲基化还作为区分“自身与非自身”mRNA 的标记，在天然免疫识别中发挥重要作用。
关键概念：Nm RNA单碱基测序（NM-seq）是一种化学测序方法，利用基于高碘酸盐的氧化-消除-去磷酸化（OED）循环选择性降解未修饰核苷酸，使 2'-O-甲基化位点抗切割并被映射到单碱基分辨率。
图 1. NM-seq 2'-O-甲基化检测原理。
实验流程
图 2. NM-seq 实验流程。
生物信息分析
分析流程将 reads 比对到转录组，识别 2'-O-甲基化保护核苷酸免受 OED 降解的位置，并在单碱基分辨率上报告 Nm 化学计量。分析内容包括 motif 特征、差异修饰与基因组浏览器可视化。
交付内容
• 原始 Nm mRNA 测序 FASTQ 数据文件，可直接提交至 GEO/SRA 等公共数据库。
• 样本与测序质控报告，含排序后的 BAM 比对文件及核心比对统计。
• 高置信度单碱基 Nm 位点注释表（XLSX），含坐标、基因与定量结果。
• 单碱基 Nm 转录本特征分布图与一致性 Nm motif 分析图（PDF/PNG）。
• 单碱基分辨率 Nm 差异甲基化分析表（XLSX），含倍数变化等统计信息。
• Nm 修饰基因的功能富集分析报告（HTML/PDF/PNG）。
• 兼容基因组浏览器的可视化文件（bigWig/bedGraph）及完整的 Nm 分析项目报告。
研究应用
• 修饰图谱：在 mRNA 与 lncRNA 上绘制 Nm 位点图谱
• 稳定性与结构：把 Nm 与转录本结构、稳定性和生物合成关联
• 剪接与翻译：分析位点级 Nm 对剪接和翻译效率的影响
• 免疫识别：解析 Nm 作为自身/非自身标记的分布特征
常见问题
什么是 2'-O-甲基化？
2'-O-甲基化（Nm）是核糖 2'-羟基上的修饰，由甲基转移酶或 C/D-box snoRNP 催化形成，调控 RNA 的稳定性、结构、剪接与翻译。
NM-seq 如何实现单碱基分辨率？
高碘酸盐的差异反应性通过 OED 循环降解未修饰核苷酸，而 2'-O-甲基化位点抗切割，从而将 Nm 映射到单碱基分辨率。
覆盖哪些 RNA 类型？
我们主要在 mRNA 与 lncRNA 上分析 Nm，也可以在同一个实验里一并检测 pri-miRNA、tRNA 与 rRNA 上的 Nm。
与基于抗体的方法有何不同？
NM-seq 为无需抗体的化学测序，避免富集偏倚，可在转录组范围提供单碱基分辨率的 Nm 判定。
服务是否提供结果解读？
分析结果会给出 Nm 位点表、CDS/剪接位点分布、motif 分析、差异修饰以及含 Nm 转录本的富集分析。
参考文献
[1] Nm-seq maps 2'-O-methylation sites in human mRNA with base precision. Nature Methods 2019; DOI: 10.1038/s41592-019-0514-2
[2] FTSJ3 is an RNA 2'-O-methyltransferase recruited by HIV to avoid innate immune sensing. Nature 2019; DOI: 10.1038/s41586-019-1677-7