m5C tRNA单碱基测序（BS-seq）

● 亚硫酸氢盐转化：兼顾转化效率与 tRNA 完整性

● 成熟 tRNA 位点级定量：C/T 读出比例换算为每个 m⁵C 位点的修饰水平

● 无抗体读出：回避抗体对 tRNA 紧密三级结构的捕获偏倚

● 结构域解析：m⁵C 对 L 形折叠与解码的调控可在位点层面追踪

● tRNA 专属注释：每个位点给出成熟 tRNA 相对坐标、基因归属、反密码子、isoacceptor 与结构域信息

● 已知位点覆盖：反密码子环与可变环上的经典 m⁵C 位点与新型位点一并报告

在 tRNA 中，该修饰稳定 L 形折叠结构并精细调控反密码子–密码子解码，因此成熟环与反密码子区域的单碱基定位尤为关键。亚硫酸氢盐转化将未修饰胞苷脱氨为尿嘧啶（测序读作胸腺嘧啶），而 5-甲基胞苷受到保护、仍读作胞嘧啶，从而在单碱基分辨率上定位每个 m5C 位点。这套不依赖抗体的读出方式可在单碱基水平定位每个 m5C 位点。

关键概念：m5C tRNA单碱基测序（BS-seq）是一种单碱基分辨率方法，亚硫酸氢盐转化将未修饰的 C 转为 U（读作 T），而 m5C 受保护读作 C，从而在单碱基分辨率上定位并定量 m5C。

图 1. BS-seq m⁵C 检测原理。

图 2. BS-seq 实验流程。

下游分析将 reads 比对到精选的参考序列，判定 C→T 转化特征，并报告每个位点的 m5C 化学计量，同时提供 motif、分布、差异、富集与基因组浏览器结果。

交付内容

• 原始 m⁵C tRNA 测序 FASTQ 数据文件，可直接提交至 GEO/SRA 等公共数据库。

• 含 BAM 比对文件与关键比对指标的质控报告。

• 高置信度单碱基 m⁵C tRNA 位点表（XLSX），含坐标、反密码子、isoacceptors 与化学计量。

• 单碱基 m⁵C 在 tRNA 各结构域的分布图与一致性 m⁵C motif 分析图（PDF/PNG）。

• 单碱基分辨率 m⁵C tRNA 差异位点表（XLSX），含倍数变化等统计信息。

• 兼容基因组浏览器的 m⁵C 信号可视化文件（bigWig/bedGraph）及结构化 tRNA 报告。

• 化学计量比较：在不同条件或疾病状态下比较保守位点的 m⁵C 比例

• 结构–功能关联：把位点级 m⁵C 与 tRNA 稳定性、折叠状态关联

• 翻译保真度：将 m⁵C 变化与解码准确性和翻译效率联系起来

• isoacceptor 比较：比较不同 isoacceptors 与 isodecoders 的 m⁵C 模式

• 疾病相关：筛选疾病相关的 tRNA m⁵C 位点作为候选标志物

tRNA 上有哪些特征会被注释？

每个位点都会定位到成熟 tRNA 转录本，并给出相对坐标、tRNA 基因归属、反密码子、isoacceptors 与结构域信息，方便您结合 isoacceptors 和结构域来解读位点。

该方法能否在单碱基分辨率上测量修饰？

可以。亚硫酸氢盐转化将未修饰胞苷脱氨为尿嘧啶（测序读作胸腺嘧啶），而 5-甲基胞苷受到保护、仍读作胞嘧啶，从而在单碱基分辨率上定位每个 m5C 位点，并给出 tRNA 中每个位点的定量结果。

该方法与基于抗体的 tRNA 分析有何不同？

抗体法依赖富集，分辨率有限，也容易带入固有的 motif 偏好。我们的方法不使用抗体，直接在 tRNA 上给出单碱基分辨率的定量结果，避开交叉反应与富集偏倚。

这项服务如何支持 m5C 修饰研究？

我们会在单碱基分辨率上分析 m5C，帮您考察它在 RNA 稳定性与表达中的调控作用。

单碱基 m5C 检测有何价值？

精确的 m5C 检测能提供可靠的位点级证据，让结论更可信。

[1] Frommer M, McDonald LE, Millar DS, et al. Paul CL. A genomic sequencing protocol that yields a positive display of 5-methylcytosine residues in individual DNA strands. PNAS 1992;89(5):1827-1831. DOI: 10.1073/pnas.89.5.1827