假尿嘧啶 Ψ tRNA单碱基测序

● 缺失特征读出：Ψ 抗亚硫酸氢盐脱氨，在成熟 tRNA 的每个 Ψ 位点留下单碱基缺失信号

● 成熟 tRNA 位点级定量：缺失比例换算为每个位点的 Ψ 绝对修饰水平

● 无抗体读出：回避免疫沉淀对 tRNA 紧密三级结构的捕获偏倚

● 结构域解析：Ψ 对 L 形折叠与解码的稳定作用可在位点层面追踪

● tRNA 专属注释：每个位点给出成熟 tRNA 相对坐标、基因归属、反密码子、isoacceptor 与结构域信息

● 经典位点覆盖：TΨC 环第 55 位的组成型 Ψ 与可变位点在同一分析中一并报告

在 tRNA 中，该修饰稳定 L 形折叠结构并精细调控反密码子–密码子解码，因此成熟环与反密码子区域的单碱基定位尤为关键。亚硫酸氢盐诱导的缺失测序利用假尿嘧啶对亚硫酸氢盐脱氨的抗性，使逆转录在每个 Ψ 位点产生缺失特征，而未修饰位点正常读取。这套不依赖抗体的读出方式可在单碱基水平定位每个 Ψ 位点。

关键概念：假尿嘧啶 Ψ tRNA单碱基测序是一种单碱基分辨率方法，亚硫酸氢盐诱导的缺失测序利用假尿嘧啶对亚硫酸氢盐的抗性产生缺失特征，从而在单碱基分辨率上定位并定量 Ψ。

图 1. Ψ 检测原理。

图 2. 实验流程。

下游分析将 reads 比对到精选的参考序列，判定缺失型特征，并报告每个位点的 Ψ 化学计量，同时提供 motif、分布、差异、富集与基因组浏览器结果。

交付内容

• 原始 Ψ tRNA 测序 FASTQ 数据文件，可直接提交至 GEO/SRA 等公共数据库。

• 含 BAM 比对文件与关键比对指标的质控报告。

• 高置信度单碱基 Ψ tRNA 位点表（XLSX），含坐标、反密码子、isoacceptors 与化学计量。

• 单碱基 Ψ 在 tRNA 各结构域的分布图与一致性 Ψ motif 分析图（PDF/PNG）。

• 单碱基分辨率 Ψ tRNA 差异位点表（XLSX），含倍数变化等统计信息。

• 兼容基因组浏览器的 Ψ 信号可视化文件（bigWig/bedGraph）及结构化 tRNA 报告。

• 解码保真度：在反密码子与摆动位点区域定位 Ψ，评估其对密码子识别的影响

• 结构稳定性：把 TΨC 环等结构域的 Ψ 水平与 tRNA 折叠、周转关联

• 氨酰化与翻译：将位点级 Ψ 与氨酰化状态和翻译效率关联

• isoacceptor 比较：比较不同 isoacceptors 与 isodecoders 的 Ψ 修饰模式

• 疾病相关：筛选应激或疾病状态下差异修饰的 tRNA 位点

tRNA 上有哪些特征会被注释？

每个位点都会定位到成熟 tRNA 转录本，并给出相对坐标、tRNA 基因归属、反密码子、isoacceptors 与结构域信息，方便您结合 isoacceptors 和结构域来解读位点。

该方法能否在单碱基分辨率上测量 Ψ？

可以。亚硫酸氢盐诱导的缺失测序利用假尿嘧啶对亚硫酸氢盐脱氨的抗性，使逆转录在每个 Ψ 位点产生缺失特征，而未修饰位点正常读取，从而在单碱基分辨率上定位 Ψ，并给出 tRNA 中每个位点的定量结果。

该方法与基于抗体的 tRNA 分析有何不同？

抗体法依赖富集，分辨率有限，也容易带入固有的 motif 偏好。我们的方法不使用抗体，直接在 tRNA 上给出单碱基分辨率的定量结果，避开交叉反应与富集偏倚。

这项服务如何支持假尿嘧啶研究？

我们会在单碱基分辨率上分析 Ψ，帮您探索它在 RNA 结构与功能中的作用，让结论更站得住脚。

高分辨率假尿嘧啶检测有何价值？

准确的 Ψ 图谱能提供稳健的位点级证据，让后续研究结论更可靠。

[1] Dai Q, Zhang LS, Sun HL, et al. He C. Quantitative sequencing uncovers abundant pseudouridines in mammalian mRNA at base resolution. Nature Biotechnology 2023;41(3):344-354. DOI: 10.1038/s41587-022-01505-w