m7G RNA单碱基测序(m7G-Quant-Seq)

m7G RNA单碱基测序(m7G-Quant-Seq)是一种无需抗体、可达到单碱基分辨率的方法。靶向化学转化可区分内部 N7-甲基鸟苷与 5' 帽子结构,从而在单碱基分辨率上检测并定量内部 m7G。

Aksomics 为您提供从样本到数据的全流程服务,涵盖 RNA 样本质检、mRNA 处理、文库构建、测序与生物信息分析。每个位点都会注释到参考转录组,并给出基因组坐标、宿主基因与功能区域。

服务优势

区分帽子与内部位点:靶向化学转化把内部 m⁷G 与 5' 帽子结构区分开,避免帽子信号干扰

内部位点定量:每个内部 m⁷G 位点被记录为独特的逆转录特征,并给出修饰水平

无抗体读出:不依赖 m⁷G 抗体,回避富集偏倚与交叉反应

单碱基分辨率:位点精确到单个核苷酸,可映射到密码子与结构元件

注释完备:每个位点给出基因组坐标、宿主基因与功能区域归属

背景介绍

在 mRNA 中,该修饰影响转录本稳定性、翻译与基因调控,因此跨编码区与非翻译区的单碱基定位尤为关键。靶向化学转化可区分内部 N7-甲基鸟苷与 5' 帽子结构,将每个内部 m7G 位点记录为独特的逆转录特征,实现单碱基分辨率的定量。这套不依赖抗体的读出方式可在单碱基水平定位每个 m7G 位点。同一流程可扩展至长链非编码 RNA(lncRNA),让研究者可以在同一次实验里并行分析 mRNA 与 lncRNA 上的该修饰。

关键概念:m7G RNA单碱基测序(m7G-Quant-Seq)是一种单碱基分辨率方法,靶向化学转化可区分内部 N7-甲基鸟苷与 5' 帽子结构,在单碱基分辨率上检测并定量内部 m7G。

m7G-Quant-seq 内部 m7G 检测原理

图 1. m7G-Quant-seq 内部 m7G 检测原理。

实验流程

m7G-Quant-seq 实验流程

图 2. m7G-Quant-seq 实验流程。

生物信息分析

生物信息分析流程将 reads 比对到参考转录组,识别 m7G-Quant-seq 转化特征,并在单碱基分辨率上定量内部 m7G 化学计量,涵盖 motif、分布、差异、富集与基因组浏览器分析。

交付内容

• 原始 m⁷G mRNA 测序 FASTQ 数据文件,可直接提交至 GEO/SRA 等公共数据库。

• 样本与测序质控报告,含排序后的 BAM 比对文件及核心比对统计。

• 高置信度单碱基 m⁷G 位点注释表(XLSX),含坐标、基因与定量结果。

• 单碱基 m⁷G 转录本特征分布图与一致性 m⁷G motif 分析图(PDF/PNG)。

• 单碱基分辨率 m⁷G 差异甲基化分析表(XLSX),含倍数变化等统计信息。

• m⁷G 修饰基因的功能富集分析报告(HTML/PDF/PNG)。

• 兼容基因组浏览器的可视化文件(bigWig/bedGraph)及完整的 m⁷G 分析项目报告。

研究应用

• 内部 m⁷G 图谱:在 mRNA 与 lncRNA 上绘制内部 m⁷G 位点图谱

• 与帽子区分:在带帽转录本上专门解析内部修饰位点

• 翻译调控:把位点级内部 m⁷G 与翻译效率和稳定性关联

• 疾病导向:筛选差异修饰位点作为候选生物标志物

常见问题

mRNA 上有哪些特征会被注释?

每个位点都会注释到参考转录组,并给出基因组坐标、宿主基因与功能区域,方便您把位点和基因功能放在一起解读。

该方法能否在单碱基分辨率上定量修饰?

可以。靶向化学转化可区分内部 N7-甲基鸟苷与 5' 帽子结构,将每个内部 m7G 位点记录为独特的逆转录特征,在单碱基分辨率上给出定量结果,并在 mRNA 中给出每个位点的定量结果;反应无需抗体且可重复,因此判定特异。

该方法与基于抗体的 mRNA 分析有何不同?

抗体法依赖富集,分辨率有限,也容易带入固有的 motif 偏好。我们的方法不使用抗体,直接在 mRNA 上给出单碱基分辨率的定量结果,既避开了交叉反应与富集偏倚,也方便和正交方法互相验证;如果您的课题需要的是位点级定量而不是区域级富集,会很合适。

这项服务如何支持 m7G 修饰研究?

我们会在单碱基分辨率上分析 m7G,帮您探索它在 RNA 功能与调控中的作用,为后续研究提供证据基础。

高分辨率 m7G 检测有何价值?

准确的 m7G 图谱能增强研究结论的证据力,让后续研究更扎实。

这项服务是否也覆盖 lncRNA?

是的,我们提供mRNA修饰和mRNA 与长链非编码 RNA(lncRNA)修饰两类服务供选择。两类转录本可以在同一次实验里一起分析,您不必拆成两个项目,研究范围也随之打开。

参考文献

[1] m7G-quant-seq: Quantitative Detection of RNA Internal N7-Methylguanosine. ACS Chemical Biology 2022;17(12). DOI: 10.1021/acschembio.2c00792. PMID: 36398936.

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