服务优势
● 氧化–消除–去磷酸化循环：高碘酸盐循环降解未修饰核苷酸，Nm 位点抗切割
● 成熟 tRNA 位点级映射：抗性位点精确落到单个核苷酸
● 无抗体读出：回避抗体对 tRNA 紧密结构的捕获偏倚
● 核糖修饰专精：直接读出核糖 2'-O-甲基化本身，而非碱基修饰
● tRNA 专属注释：每个位点给出成熟 tRNA 相对坐标、基因归属、反密码子、isoacceptor 与结构域信息
● 结构域解析：Nm 对反密码子环与 TΨC 环等区域的稳定作用可在位点层面追踪
背景介绍
在 tRNA 中，该修饰稳定 L 形折叠结构并精细调控反密码子–密码子解码，因此成熟 tRNA 与反密码子区域的单碱基定位尤为关键。高碘酸盐的差异反应性通过 OED 循环降解未修饰核苷酸，而 2'-O-甲基化位点抗切割，从而在单碱基分辨率上定位 Nm。这套不依赖抗体的读出方式可在单碱基水平定位每个 Nm 位点。
关键概念：Nm tRNA单碱基测序（NM-seq）是一种化学测序方法，利用基于高碘酸盐的氧化-消除-去磷酸化（OED）循环选择性降解未修饰核苷酸，使 2'-O-甲基化位点抗切割并被映射到单碱基分辨率。
图 1. NM-seq Nm 检测原理。
实验流程
图 2. NM-seq 实验流程。
生物信息分析
分析流程将 reads 比对到精选的 tRNA 参考序列，识别 2'-O-甲基化保护核苷酸免受 OED 降解的位置，并给出每个位点的 Nm 化学计量，同时提供 motif、分布、差异、富集与基因组浏览器分析。
交付内容
• 原始 Nm tRNA 测序 FASTQ 数据文件，可直接提交至 GEO/SRA 等公共数据库。
• 含 BAM 比对文件与关键比对指标的质控报告。
• 高置信度单碱基 Nm tRNA 位点表（XLSX），含坐标、反密码子、isoacceptors 与化学计量。
• 单碱基 Nm 在 tRNA 各结构域的分布图与一致性 Nm motif 分析图（PDF/PNG）。
• 单碱基分辨率 Nm tRNA 差异位点表（XLSX），含倍数变化等统计信息。
• 兼容基因组浏览器的 Nm 信号可视化文件（bigWig/bedGraph）及结构化 tRNA 报告。
研究应用
• 位点图谱：在成熟 tRNA 上绘制 Nm 位点图谱
• 结构稳定性：把位点级 Nm 与 tRNA 折叠和稳定性关联
• 解码与翻译：将 Nm 变化与解码准确性和翻译效率联系起来
• isoacceptor 比较：比较不同 isoacceptors 与 isodecoders 的 Nm 模式
• 疾病相关：筛选应激或疾病状态下差异修饰的 tRNA Nm 位点
常见问题
tRNA 上有哪些特征会被注释？
每个位点都会定位到成熟 tRNA 转录本，并给出相对坐标、tRNA 基因归属、反密码子、isoacceptors 与结构域信息，方便您结合 isoacceptors 和结构域来解读位点。
该方法能否在单碱基分辨率上测量修饰？
可以。高碘酸盐的差异反应性通过 OED 循环降解未修饰核苷酸，而 2'-O-甲基化位点抗切割，从而在单碱基分辨率上定位 Nm，并给出 tRNA 中每个位点的定量结果。
该方法与基于抗体的 tRNA 分析有何不同？
抗体法依赖富集，分辨率有限，也容易带入固有的 motif 偏好。我们的方法不使用抗体，直接在 tRNA 上给出单碱基分辨率的定量结果，既避开了交叉反应与富集偏倚，也方便和正交方法互相验证；如果您的课题需要的是位点级定量，会很合适。
服务是否提供结果解读？
分析结果会给出 Nm 位点表、tRNA 结构域分布、motif 分析、差异修饰以及含 Nm 转录本的富集分析。
参考文献
[1] Nm-seq maps 2'-O-methylation sites in human mRNA with base precision. Nature Methods 2019; DOI: 10.1038/s41592-019-0514-2
[2] FTSJ3 is an RNA 2'-O-methyltransferase recruited by HIV to avoid innate immune sensing. Nature 2019; DOI: 10.1038/s41586-019-1677-7