假尿嘧啶Ψ & Inosine RNA单碱基测序

● 双修饰并行读出：同一次转化同时报告 Ψ 与肌苷，两种修饰不必拆成两个实验

● 双通道区分：Ψ 被读作 C、肌苷被读作鸟苷，两类信号在数据层面可独立判读

● 各自绝对定量：每种修饰分别给出单碱基分辨率下的修饰比例，互不干扰

● 无抗体化学法：不依赖 Ψ 或肌苷抗体，回避交叉反应与富集偏倚

● 注释完备：每个位点给出基因组坐标、宿主基因与功能区域归属

● 样本利用率高：一份 RNA 投入同时产出两种修饰的图谱，适合珍贵样本

在 mRNA 中，这些修饰影响转录本稳定性、翻译与基因调控，因此跨编码区与非翻译区的单碱基定位尤为关键。在一次化学转化中，2-溴丙烯酰胺特异性地作用于假尿嘧啶并使其被读作 C，而肌苷被读作鸟苷，从而同时定位并定量两种修饰。这套不依赖抗体的读出方式可在单碱基水平定位每个 Ψ & I 位点。同一流程可扩展至长链非编码 RNA（lncRNA），让研究者可以在同一次实验里并行分析 mRNA 与 lncRNA 上的这些修饰。

关键概念：假尿嘧啶Ψ & Inosine RNA单碱基测序是一种单碱基分辨率方法，基于该化学读出原理，2-溴丙烯酰胺特异性地作用于假尿嘧啶、使其在逆转录中被读作 C，而肌苷被读作鸟苷，从而在单碱基分辨率上同时定位并定量两种修饰。

图 1. 同时检测 Ψ 与 I 的原理。

图 2. 实验流程。

生物信息分析流程将 reads 比对后分别判读 Ψ 的缺失型特征与 I→G 转化特征，并定量各自化学计量，同时进行 motif、分布、差异、富集与基因组浏览器分析。

交付内容

• 原始 Ψ & I mRNA 测序 FASTQ 数据文件，可直接提交至 GEO/SRA。

• 样本与测序质控报告，含排序后的 BAM 比对文件及核心比对统计。

• 高置信度单碱基 Ψ 与 I 位点表（XLSX），含坐标、基因与化学计量。

• 单碱基 Ψ 与 I 转录本特征分布图与一致性 motif 分析图（PDF/PNG）。

• 单碱基分辨率 Ψ 与 I 差异分析表（XLSX），含倍数变化等统计信息。

• Ψ 与 I 修饰基因的功能富集分析报告（HTML/PDF/PNG）。

• 兼容基因组浏览器的 Ψ 与 I 信号可视化文件（bigWig/bedGraph）及结构化项目报告。

• 双修饰图谱：在同一批样本上并行绘制 mRNA 与 lncRNA 的 Ψ 与肌苷位点

• A-to-I 编辑：把肌苷信号作为编辑事件的直接读出，追踪编辑位点与编辑水平

• 翻译与稳定性：比较 Ψ 与肌苷对同一转录本的翻译效率和稳定性各自的贡献

• 疾病标志物：在疾病与对照之间分别筛选两种修饰的差异位点

mRNA 上有哪些特征会被注释？

每个位点都会注释到参考转录组，并给出基因组坐标、宿主基因与功能区域，方便您把位点和基因功能放在一起解读。

该方法能否在单碱基分辨率上定量修饰？

可以。2-溴丙烯酰胺特异性地作用于假尿嘧啶并使其被读作 C，而肌苷被读作鸟苷，可在一次转化中同时定位并定量两种修饰，并在 mRNA 中给出每个位点的定量结果。

该方法与基于抗体的 mRNA 分析有何不同？

抗体法依赖富集，分辨率有限，也容易带入固有的 motif 偏好。我们的方法不使用抗体，直接在 mRNA 上给出单碱基分辨率的定量结果，既避开了交叉反应与富集偏倚，也方便和正交方法互相验证；如果您的课题需要的是位点级定量而不是区域级富集，会很合适。

这项服务如何支持修饰 RNA 研究？

我们会在单碱基分辨率上同时解析假尿嘧啶与肌苷，帮您把这两种修饰与 RNA 结构和功能联系起来。

同时分析这两种修饰有何价值？

全面的修饰图谱能让生物学解读更可靠，也为 RNA 生物学研究打开了更多空间。

这项服务是否也覆盖 lncRNA？

是的，我们提供mRNA修饰和mRNA 与长链非编码 RNA（lncRNA）修饰两类服务供选择。两类转录本可以在同一次实验里一起分析，您不必拆成两个项目，研究范围也随之打开。

[1] Xu H, Kong L, Cheng J, et al. Song CX. Absolute quantitative and base-resolution sequencing reveals comprehensive landscape of pseudouridine across the human transcriptome. Nature Methods 2024;21(11):2024-2033. DOI: 10.1038/s41592-024-02439-8