m³C RNA单碱基测序（m3C-IP-Seq）

● 抗体富集灵敏度：免疫沉淀特异富集含 m³C 的片段，弱修饰位点也能检出

● 转化读出定位：富集后进行转化读出，在单碱基分辨率上记录修饰核苷酸

● 低丰度友好：先富集再测序以提高信噪比，适合 m³C 丰度偏低的样本

● 与化学法互补：可与肼-苯胺切割等无抗体方法互为正交验证

● 注释完备：每个位点给出基因组坐标、宿主基因与功能区域归属

在 mRNA 中，该修饰影响转录本稳定性、翻译与基因调控，因此跨编码区与非翻译区的单碱基定位尤为关键。免疫沉淀富集含 m3C 的片段，转化读出在单碱基分辨率上记录修饰核苷酸，实现灵敏的单碱基 m3C 定位。这套不依赖抗体的读出方式可在单碱基水平定位每个 m3C 位点。同一流程可扩展至长链非编码 RNA（lncRNA），让研究者可以在同一次实验里并行分析 mRNA 与 lncRNA 上的该修饰。

关键概念：m³C RNA单碱基测序（m3C-IP-Seq）是一种测序服务，通过免疫沉淀富集含 m3C 的片段，并由转化读出在单碱基分辨率上记录修饰核苷酸。

图 1. m3C-IP-seq m3C 检测原理。

图 2. m3C-IP-seq 实验流程。

生物信息分析流程将 reads 比对到参考转录组，识别 m3C-IP-seq 转化特征，并在单碱基分辨率上定量 m3C 化学计量，涵盖 motif、差异、富集与基因组浏览器分析。

交付内容

• 原始 m³C mRNA 测序 FASTQ 数据文件，可直接提交至 GEO/SRA 等公共数据库。

• 样本与测序质控报告，含排序后的 BAM 比对文件及核心比对统计。

• 高置信度单碱基 m³C 位点注释表（XLSX），含坐标、基因与定量结果。

• 单碱基 m³C 转录本特征分布图与一致性 m³C motif 分析图（PDF/PNG）。

• 单碱基分辨率 m³C 差异甲基化分析表（XLSX），含倍数变化等统计信息。

• m³C 修饰基因的功能富集分析报告（HTML/PDF/PNG）。

• 兼容基因组浏览器的可视化文件（bigWig/bedGraph）及完整的 m³C 分析项目报告。

• 富集定位：在 mRNA 与 lncRNA 上定位 m³C 位点，重点覆盖低丰度修饰

• 与化学法互验：交叉确认 HAC-seq 等无抗体方法提示的位点

• 翻译与稳定性：把位点级 m³C 与翻译效率及转录本稳定性关联

• 疾病导向：筛选差异修饰位点作为候选生物标志物

mRNA 上有哪些特征会被注释？

每个位点都会注释到参考转录组，并给出基因组坐标、宿主基因与功能区域，方便您把位点和基因功能放在一起解读。

该方法能否在单碱基分辨率上定量修饰？

可以。免疫沉淀富集含 m3C 的片段，转化读出在单碱基分辨率上记录修饰核苷酸，实现灵敏的单碱基 m3C 定位，并在 mRNA 中给出每个位点的定量结果。

该方法与基于抗体的 mRNA 分析有何不同？

抗体法依赖富集，分辨率有限，也容易带入固有的 motif 偏好。我们把 m3C 特异富集与转化读出结合起来，在 mRNA 上给出单碱基分辨率的定量结果，避开交叉反应与富集偏倚。

这项服务如何支持 m3C 修饰研究？

我们通过高精度的 m3C 分析，帮您厘清它的生物学意义，为 RNA 功能与调控研究提供线索。

准确的 m3C 检测有何研究价值？

可靠的 m3C 分析能让研究结论更扎实，也更有助于理解 RNA 生物学。

这项服务是否也覆盖 lncRNA？

是的，我们提供mRNA修饰和mRNA 与长链非编码 RNA（lncRNA）修饰两类服务供选择。两类转录本可以在同一次实验里一起分析，您不必拆成两个项目，研究范围也随之打开。

[1] Gao Y, Hou J, Wei S, et al. Transcriptome-wide mapping of N3-methylcytidine modification at single-base resolution. Nucleic Acids Research 2025;53(5). DOI: 10.1093/nar/gkaf153