服务优势
● 抗体富集灵敏度：免疫沉淀特异富集含 m³C 的片段，弱修饰位点也能检出
● 逆转录错配读出：富集后进行逆转录错配读出，在单碱基分辨率上记录修饰核苷酸
● 低丰度友好：先富集再测序以提高信噪比，适合 m³C 丰度偏低的样本
● 与化学法互补：可与肼-苯胺切割等无抗体方法互为正交验证
● 注释完备：每个位点给出基因组坐标、宿主基因与功能区域归属
背景介绍
在 mRNA 中，该修饰影响转录本稳定性、翻译与基因调控，因此跨编码区与非翻译区的单碱基定位尤为关键。免疫沉淀富集含 m3C 的片段，逆转录错配读出在单碱基分辨率上记录修饰核苷酸，实现灵敏的单碱基 m3C 定位。这套依赖抗 m³C 抗体富集、并以逆转录错配读出定位的方式，可在单碱基水平定位每个 m3C 位点。为提高位点判定的置信度，免疫沉淀洗脱物会分成两份：一份用 AlkB 去甲基化酶处理（Dm），一份不做处理（non-Dm）。真正的 m³C 位点在 non-Dm 通道给出逆转录错配信号，去甲基化后信号消失；两个通道都保留的信号按背景剔除，不计入位点报告。同一流程可扩展至长链非编码 RNA（lncRNA），让研究者可以在同一次实验里并行分析 mRNA 与 lncRNA 上的该修饰。
关键概念：m³C RNA单碱基测序（m3C-IP-Seq）是一种测序服务，通过免疫沉淀富集含 m3C 的片段，并由逆转录错配读出在单碱基分辨率上记录修饰核苷酸。
图 1. m3C-IP-seq m3C 检测原理。
实验流程
图 2. m3C-IP-seq 实验流程。
生物信息分析
生物信息分析流程将 reads 比对到参考转录组，识别 m3C-IP-seq 逆转录错配特征，并在单碱基分辨率上定量 m3C 化学计量，涵盖 motif、差异、富集与基因组浏览器分析。
交付内容
• 原始 m³C mRNA 测序 FASTQ 数据文件，可直接提交至 GEO/SRA 等公共数据库。
• 样本与测序质控报告，含排序后的 BAM 比对文件及核心比对统计。
• 高置信度单碱基 m³C 位点注释表（XLSX），含坐标、基因与定量结果。
• 单碱基 m³C 转录本特征分布图与一致性 m³C motif 分析图（PDF/PNG）。
• 单碱基分辨率 m³C 差异甲基化分析表（XLSX），含倍数变化等统计信息。
• m³C 修饰基因的功能富集分析报告（HTML/PDF/PNG）。
• 兼容基因组浏览器的可视化文件（bigWig/bedGraph）及完整的 m³C 分析项目报告。
研究应用
• 富集定位：在 mRNA 与 lncRNA 上定位 m³C 位点，重点覆盖低丰度修饰
• 与化学法互验：交叉确认 HAC-seq 等无抗体方法提示的位点
• 翻译与稳定性：把位点级 m³C 与翻译效率及转录本稳定性关联
• 疾病导向：筛选差异修饰位点作为候选生物标志物
常见问题
mRNA 上有哪些特征会被注释？
每个位点都会注释到参考转录组，并给出基因组坐标、宿主基因与功能区域，方便您把位点和基因功能放在一起解读。
该方法能否在单碱基分辨率上定量修饰？
可以。免疫沉淀富集含 m3C 的片段，逆转录错配读出在单碱基分辨率上记录修饰核苷酸，实现灵敏的单碱基 m3C 定位，并在 mRNA 中给出每个位点的定量结果。
AlkB 去甲基化（Dm）对照如何帮助判定真正的 m³C 位点？
免疫沉淀洗脱物分成两份：一份用 AlkB 去甲基化酶处理（Dm），一份不处理（non-Dm）。真正的 m³C 位点在 non-Dm 通道出现逆转录错配信号，去甲基化后该信号消失；两个通道都保留的信号按背景剔除，因此报告出来的是高置信位点。
该方法与基于切割的化学法 mRNA 分析有何不同？
两条路线以不同化学机制定位同一修饰：切割类方法（如 HAC-seq 的肼-苯胺切割）不依赖抗体，信号直接落在修饰位点上；m3C-IP-seq 先用抗 m³C 抗体富集含 m3C 的片段，再由逆转录错配读出把位点定到单碱基，因此在 m³C 丰度偏低的样本上信噪比更好。两种路线可并行使用，对同一转录本上的位点做相互独立的确认。
这项服务如何支持 m3C 修饰研究？
我们通过高精度的 m3C 分析，帮您厘清它的生物学意义，为 RNA 功能与调控研究提供线索。
准确的 m3C 检测有何研究价值？
可靠的 m3C 分析能让研究结论更扎实，也更有助于理解 RNA 生物学。
这项服务是否也覆盖 lncRNA？
是的，我们提供mRNA修饰和mRNA 与长链非编码 RNA（lncRNA）修饰两类服务供选择。两类转录本可以在同一次实验里一起分析，您不必拆成两个项目，研究范围也随之打开。
参考文献
[1] Gao Y, Hou J, Wei S, et al. Transcriptome-wide mapping of N3-methylcytidine modification at single-base resolution. Nucleic Acids Research 2025;53(5). DOI: 10.1093/nar/gkaf153
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