服务优势
● 化学转化读出：转化试剂选择性修饰二氢尿苷，在逆转录时产生 T → C 错配信号
● 位点级定量：特征信号换算为每个 D 位点的修饰水平
● 无抗体化学法：不依赖抗体，回避富集偏倚与交叉反应
● 专用读出策略：D 本身缺少可辨别的配对特征，本方法通过化学转化把它转为可读信号
● 注释完备：每个位点给出基因组坐标、宿主基因与功能区域归属
背景介绍
在 mRNA 中，该修饰影响转录本稳定性、翻译与基因调控，因此跨编码区与非翻译区的单碱基定位尤为关键。化学转化选择性修饰二氢尿苷，使其在逆转录中产生 T → C 错配信号，而未修饰位点正常读取，从而在单碱基分辨率上定位 D。这套不依赖抗体的读出方式可在单碱基水平定位每个 D 位点。同一流程可扩展至长链非编码 RNA（lncRNA），让研究者可以在同一次实验里并行分析 mRNA 与 lncRNA 上的该修饰。
关键概念：RNA二氢尿苷测序（CRACI-seq）是一种单碱基分辨率方法，化学转化使二氢尿苷位点产生 T → C 错配信号，而未修饰位点正常读取，从而在单碱基分辨率上定位并定量 D。
图 1. CRACI-seq 二氢尿苷检测原理。
实验流程
图 2. CRACI-seq 实验流程。
生物信息分析
生物信息分析流程将 reads 比对到参考转录组，检测 CRACI-seq 转化特征，并在单碱基分辨率上定量 D 化学计量。分析内容包括 motif 特征、差异修饰、功能富集与基因组浏览器可视化。
交付内容
• 原始 D mRNA 测序 FASTQ 数据文件，可直接提交至 GEO/SRA 等公共数据库。
• 样本与测序质控报告，含排序后的 BAM 比对文件及核心比对统计。
• 高置信度单碱基 D 位点注释表（XLSX），含坐标、基因与定量结果。
• 单碱基 D 转录本特征分布图与一致性 D motif 分析图（PDF/PNG）。
• 单碱基分辨率 D 差异甲基化分析表（XLSX），含倍数变化等统计信息。
• D 修饰基因的功能富集分析报告（HTML/PDF/PNG）。
• 兼容基因组浏览器的可视化文件（bigWig/bedGraph）及完整的 D 分析项目报告。
研究应用
• 转录组范围定位：在 mRNA 与 lncRNA 上绘制 D 位点图谱
• 结构与稳定性：把 D 位点与转录本二级结构和稳定性变化关联
• 翻译调控：分析位点级 D 水平与翻译效率的关系
• 疾病导向：筛选差异修饰位点作为候选生物标志物
常见问题
mRNA 上有哪些特征会被注释？
每个位点都会注释到参考转录组，并给出基因组坐标、宿主基因与功能区域，方便您把位点和基因功能放在一起解读。
该方法能否在单碱基分辨率上定量修饰？
可以。化学转化选择性修饰二氢尿苷，使其在逆转录中产生 T → C 错配信号，而未修饰位点正常读取，从而在单碱基分辨率上定位 D，并在 mRNA 中给出每个位点的定量结果。
该方法与基于抗体的 mRNA 分析有何不同？
抗体法依赖富集，分辨率有限，也容易带入固有的 motif 偏好。我们的方法不使用抗体，直接在 mRNA 上给出单碱基分辨率的定量结果，既避开了交叉反应与富集偏倚，也方便和正交方法互相验证；如果您的课题需要的是位点级定量而不是区域级富集，会很合适。
这项服务如何支持二氢尿苷研究？
我们会在单碱基分辨率上定位 D，帮您探讨它在 RNA 结构与稳定性中的作用，为后续工作打好基础。
高分辨率二氢尿苷检测有何价值？
精确的 D 图谱是可靠结论的基础，能让您对相关生物学过程的判断更有把握。
这项服务是否也覆盖 lncRNA？
是的，我们提供mRNA修饰和mRNA 与长链非编码 RNA（lncRNA）修饰两类服务供选择。两类转录本可以在同一次实验里一起分析，您不必拆成两个项目，研究范围也随之打开。
参考文献
[1] Ju CW, Li H, Jiang B, et al. He C. Quantitative CRACI reveals transcriptome-wide distribution of RNA dihydrouridine at base resolution. Nature Communications 2025;16(1):8863. DOI: 10.1038/s41467-025-63918-w