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转录因子能在细胞核内与一段特异性DNA序列结合的蛋白(例如启动子),调控遗传信息由DNA传递到RNA的转录过程。DNA pull-down-MS旨在研究一段已知的特定DNA区域(例如基因启动子)能结合哪些转录因子及其他DNA结合蛋白,并进行表达丰度检测。
实验首先根据靶标DNA区域设计特异性biotin标记探针,跟偶联在磁珠上的链霉亲和素结合;细胞核提取物与磁珠-DNA探针孵育,蛋白被DNA探针特异性结合;纯化出与靶DNA片段结合的蛋白复合体,利用质谱(MS)鉴定蛋白质类型。