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单细胞测序技术服务 靶向单细胞测序（lncRNA&mRNA） 单细胞测序 |
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生物分子凝聚体研究 HyPro靶RNA临近标记技术 |
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NGS测序技术服务 R-loop 测序（DRIPc-seq） |
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NGS测序技术服务 环状DNA测序（eccDNA测序） |
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Ribo-seq Ribo seq（ribosome profiling） |
核糖体-新生肽链复合物(RNC) RNC联合 circRNA芯片 RNC联合 lncRNA芯片 RNC-seq |
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蛋白表达定量 Label free非标定量 TMT标记定量 PRM靶向定量 |
与具有详尽注释的蛋白编码基因不同， lncRNAs常常缺乏注释，信息分散且收集不全。Arraystar拥有高质量的转录组和lncRNA数据库，通过生物信息学方法建立了科学、严谨的lncRNA筛选流程。 Arraystar人类LncRNA V4.0芯片共收录了40,173 个lncRNAs，主要分为两大类：7,506个金标准LncRNAs和32,667个可靠的LncRNAs，实现了对所有权威数据库（如Refseq, USCS Known Genes, GENCODE, lincRNA catalogs, lncRNAdb, T-UCRs, RNAdb, NRED 等）、高水平文章和超过47 Tb RNA-seq数据中的lncRNA全面、可靠和及时的整理和收集。
金标准lncRNAs
金标准lncRNAs全部采用经过详细注释和实验验证确定的lncRNAs，剔除了公共数据库中大量的lncRNA部分片段、不完整的UTRs和不可靠的lncRNAs。金标准lncRNAs具有完善的信息标注，包括转录单位、转录本异构体、功能机制以及亚细胞定位。它们的主要来源如下：
•lncRNAdb v2.0汇集了功能性 lncRNAs [1]；
•Arraystar 筛选和收集了高水平文章中的lncRNA；
•Level 1 GENCODE v21 精心挑选了具有RT-PCR-seq方面实验数据支持的LncRNAs [2]；
•Refseq 严格筛选了可信度高、具有全长序列的LncRNAs ；
•Arraystar 通过ENCODE CAGE Clusters,，PolyA-seq，深度RNA-Seq以及capture seq获得的，具有5’TSS、3’末端和表达量信息的全部lncRNA转录本 [3, 4]。
可靠的lncRNAs
除了金标准lncRNA外，其他的 lncRNA序列主要通过整合数据库和经典文献中的转录单位（Transcription Units）而获得。DNA链的转录起始于DNA模板的一个特殊起点，并在一个终点处终止，此转录区域称为转录单位。根据转录本长度、来源数据库和其他有效信息，每个转录单位挑选一个具有代表性的lncRNA进行检测。最终从308,525个lncRNA序列中筛选出32,667个可靠的 LncRNAs分子。
相关服务
nrStarTM Human Functional LncRNA PCR芯片技术服务
参考文献
1. Quek X.C. et al. （2015） Nucleic Acids Res. 43（Database issue）:D168-73 [PMID: 25332394]
2. Howald C. et al. （2012） Genome Res. 22（9）:1698-710 [PMID: 22955982]
3. Clark M.B. et al. （2015） Nat. Methods 12（4）:339-42 [PMID: 25751143]
4. Iyer M.K. et al. （2015） Nat. Genet. 47（3）:199-208 [PMID: 25599403]
