nrStar™ncRNA系列 PCR芯片-康成生物丨数谱生物

nrStar™ ncRNA系列PCR芯片

tRNA PCR芯片服务
tRF&tiRNA PCR芯片服务
Functional LncRNA PCR芯片服务
Canonical Conserved miRNA PCR芯片
snoRNA PCR芯片服务

转运RNA (tRNA) 是生物体内分布最广泛、含量最丰富的非编码小RNA分子之一。它携带并转运氨基酸，参与蛋白翻译，是连接mRNA与蛋白质的重要桥梁。细胞增殖、分化和凋亡等一系列生物学过程都伴随着tRNA水平的变化。反之，tRNA表达谱的改变也会影响细胞发育过程中的命运抉择。表达失调的tRNA可以促进肿瘤的发生和癌症进程。另外，许多其它疾病比如II型糖尿病、亨廷顿症以及HIV感染都出现了tRNA表达与分布紊乱。tRNA研究已逐渐成为生物学过程和疾病研究的重要组成部分。

美国Arraystar公司是专业的非编码RNA研究领域的产品及服务提供商。Arraystar nrStar^TM tRNA PCR Arrays（H/M）可分别检测185个人或小鼠的tRNA，覆盖了GtRNAdb数据库中所有的细胞核反密码子isoacceptors (运载相同氨基酸但反密码子不同的tRNA互称为isoaccepetor)，提供isoacceptor和isodecoder（反密码子相同但躯干序列不同的tRNA之间互称为isodecoder）两种层面上的表达检测。
tRNA存在种类繁多的修饰，对其发挥功能十分关键。然而，这些修饰尤其是甲基化修饰会严重阻碍反转录的进行，导致cDNA合成终止或碱基错配。为此，Arraystar专门开发了针对tRNA的反转录试剂盒 (rtStar™ tRNA-optimized First-Strand Synthesis Kit)。该试剂盒采用了一种高效的RNA去甲基化酶，能够有效地去除tRNA上的甲基化修饰，极大地提高cDNA合成质量。与此试剂盒组合使用，研究人员能够获得更为真实可靠的tRNA表达变化，为研究蛋白质组或tRNA来源片段（tRFs）提供重要信息。

nrStar™ tRNA PCR 芯片产品列表

服务	芯片	规格	描述
nrStar™ Human tRNA PCR芯片技术服务	nrStar™ Human tRNA Repertoire PCR芯片V2.0	384-well (2*192) / plate	可检测185个人tRNA，覆盖了GtRNAdb数据库中所有的细胞核反密码子isoacceptors，提供isoacceptor和isodecoder两种层面上的表达检测。
nrStar™ Mouse tRNA PCR芯片技术服务	nrStar™ Mouse tRNA PCR芯片	384-well (2*192) / plate	可检测185个小鼠的tRNA，覆盖了GtRNAdb数据库中所有的细胞核反密码子isoacceptors，提供isoacceptor和isodecoder两种层面上的表达检测。

芯片特点
● 囊括GtRNAdb和tRNAdb数据库中所有的细胞核与线粒体反密码子
● 伴随的去甲基化处理使得检测结果更加真实可靠
● 所有引物均在多种细胞和组织中通过验证
● 即拆即用型384孔板，几小时内便可得到结果

tRNA PCR芯片服务流程

1. RNA抽提与质量检测
       进行RNA常规抽提，使用NanoDrop ND-1000检测RNA浓度和纯度，使用琼脂糖凝胶电泳检测RNA纯度和完整性。详细的样品QC结果可见服务报告。
2. 去甲基化处理与cDNA合成
       每样本取1.5 μg RNA，使用rtStar™ tRNA-optimized First-Strand Synthesis Kit (Cat# AS-FS-004, Arraystar) 试剂盒进行去甲基化处理和反转,合成cDNA第一链。详细步骤参照Arraystar产品操作手册。
3. Real-time PCR扩增
       将cDNA与 Arraystar SYBR Green qPCR Master Mix (Cat# AS-MR-005-5, Arraystar)混合，加入至384孔板中，在ABI 7900 PCR仪上进行Real-time PCR扩增。
4. 熔解曲线分析与原始数据导出
       PCR扩增完成后，进行熔解曲线分析，使用PCR仪自带软件导出原始数据。出具Raw Data文件夹，包含原始Ct值、PCR扩增曲线图和熔解曲线图。

tRNA PCR芯片数据分析流程

1. PCR芯片数据质控
       质控参数：Ct(Blank)>35; Ct(GDC)>35; Ct(RNA Spike-in)<25; Ct (PPC) <25. 符合上述条件的样本进入下一步分析。数据QC结果见Arraystar服务报告。
2. 数据校正与△Ct值计算
       板间校正：使用Ct(PPC)对不同PCR板进行板间校正。
       内参校正与△Ct值计算：挑选优质内参，使用内参均值计算△Ct值。
3. 差异倍数计算(2^(-△△Ct))
       使用 △△Ct 方法计算不同样品组之间的表达差异倍数。
4. P值计算
       对样本组进行t检验，计算P值。
5. 其他常规数据分析
       散点图分析；火山图分析；TOP20表达上调和下调tRNA柱形图分析
6. 提供服务报告与数据分析结果
       a. Arraystar服务报告（包括RNA样本QC、qPCR数据QC和详细实验数据分析步骤）
       b. Excel芯片结果汇总表（包括tRNA列表，数据分析结果和各类图表）
       c. Raw Data文件夹 (包含原始数据、扩增曲线图和熔解曲线图)

tRNA PCR芯片部分分析结果展示

1. 差异表达tRNA列表（默认筛选参数：差异倍数>1.5；P<0.05，客户可指定筛选参数值）

差异表达tRNA列表

2. 散点图(黑色斜线代表差异倍数为1，红色斜线代表差异倍数为1.5)

tRNA差异性散点图

3. 火山图（黑色垂线代表差异倍数为1；粉色垂线代表上调或下调倍数为1.5；蓝色水平线代表P值为0.05）

tRNA差异性火山图

4. TOP20表达上调tRNA柱状图

TOP20表达上调tRNA柱状图

5. TOP20表达下调tRNA柱状图

TOP20表达下调tRNA柱状图

作为一种新型的tRNA来源的非编码小RNA，tRF& tiRNA由精确调控的生物发生过程所产生，参与行使多种生物学功能: 作为microRNA参与RNA干扰；调节靶向mRNA的稳定性；在细胞应激条件下促进应激颗粒(SG)的组装；调控细胞凋亡；作为表观遗传因子在世代间传递。tRFs& tiRNA的组成和含量高度依赖于细胞类型，并且与多种病理状态密切相关。它们在生物体液中广泛存在，含量远超microRNA，使之有望成为优质的分子标志物。

Arraystar nrStar™ Human tRF & tiRNA PCR Array包含了185类来自权威数据库收录和新近文献报道的tRF或tiRNA，方便客户对tRF & tiRNA进行简单快捷地表达谱分析。

nrStar™ tRF&tiRNA PCR芯片服务列表

服务	芯片	规格	描述
nrStar™ Human tRF&tiRNA PCR芯片技术服务	nrStar™ Human tRF&tiRNA PCR芯片	384-well (2*192) plate	包含了185类来自权威数据库收录和新近文献报道的tRF或tiRNA
nrStar^TM Mouse tRF PCR芯片技术服务	nrStar^TM Mouse tRF PCR芯片	384-well (4*96) / plate	检测从tRFdb数据库中挑选的88个常见的小鼠tRFs

芯片特点

• 前沿-关注近些年火热的tRF&tiRNA研究

• 聚焦-检测更具生物学潜能的tRF&tiRNA

• 精确检测-所有引物都经过精心设计、优化和验证

• 简单便捷-标准的qPCR板设计，直接使用，无需预扩增

tRF&tiRNA PCR芯片实验流程

1. RNA抽提与质量检测
       进行RNA常规抽提，使用NanoDrop ND-1000检测RNA浓度和纯度，使用琼脂糖凝胶电泳检测RNA纯度和完整性。详细的样品QC结果见服务报告。
2. 双端接头连接与cDNA合成
       每样本取1.5 μg RNA，使用rtStar™ First-Strand cDNA Synthesis Kit (3’ and 5’ adaptor) (Cat# AS-FS-003, Arraystar) 试剂盒进行接头连接和反转,合成cDNA第一链。详细步骤参照Arraystar产品操作手册。
3. Real-time PCR扩增
       将cDNA与 Arraystar SYBR Green qPCR Master Mix (Cat# AS-MR-005-5, Arraystar)混合，加入至384孔板中，在ABI 7900 PCR仪上进行Real-time PCR扩增。
4. 熔解曲线分析与原始数据导出
       PCR扩增完成后，进行熔解曲线分析，使用PCR仪自带软件导出原始数据。出具Raw Data文件夹，包含原始Ct值、PCR扩增曲线图和熔解曲线图。

tRF&tiRNA PCR芯片数据分析流程

1. PCR芯片数据质控
       质控参数：Ct(Blank)>35; Ct(GDC)>35; Ct(RNA Spike-in)<25; Ct (PPC) <25. 符合上述条件的样本进入下一步分析。数据QC结果见Arraystar服务报告。
2. 数据校正与△Ct值计算
       板间校正：使用Ct(PPC)对不同PCR板进行板间校正。
       内参校正与△Ct值计算：挑选优质内参，使用内参均值计算△Ct值。
3. 差异倍数计算(2^(-△△Ct))
       使用 △△Ct 方法计算不同样品组之间的表达差异倍数。
4. P值计算
       对样本组进行t检验，计算P值。
5. 其他常规数据分析
       散点图分析；火山图分析；TOP20表达上调和下调tRF&tiRNA柱形图分析
6. 提供服务报告与数据分析结果
       a. Arraystar服务报告（包括RNA样本QC、qPCR数据QC和详细实验数据分析步骤）
       b. Excel芯片结果汇总表（包括tRF&tiRNA列表，数据分析结果和各类图表）
       c. Raw Data文件夹 (包含原始数据、扩增曲线图和熔解曲线图)

tRF&tiRNA PCR芯片部分数据分析结果展示
1. 差异表达tRF & tiRNA列表（默认筛选参数：差异倍数>2；P<0.05，客户可指定筛选参数值）

2. 散点图(黑色斜线代表差异倍数为1，红色斜线代表差异倍数为2)

3. 火山图（黑色垂线代表差异倍数为1；粉色垂线代表上调或下调倍数为2；蓝色水平线代表P值为0.05）

4. TOP20表达上调tRF & tiRNA柱状图

5. TOP20表达下调tRF & tiRNA柱状图

Arraystar nrStar^TM Functional LncRNA PCR芯片（H/M）可分别检测372个和185个已报道的与人或小鼠生物学功能或疾病相关的金标准lncRNA，为研究人员探索LncRNA功能及其生物标志物潜力提供了一个简单、准确和数据丰富的解决方案。这些lncRNA精心挑选于科学文献和新版数据库。与大部分功能未知、序列残缺的lncRNA相比，产品中的lncRNA特征明确、信息完善。Arraystar为这些lncRNA提供了详细的注释信息，包括生物学功能（干细胞分化、胚胎发育、心血管发育、造血系统与免疫、内分泌系统……）和作用机制（基因表达调控、表观遗传、基因组印记、染色体修饰……）等。lncRNA表达失调还与和神经退行性疾病、心血管疾病、糖尿病和癌症等病理特征紧密相关。另外，LncRNA在表达分布和组织/疾病特异性上高于mRNA，已有不少已知或未知功能的lncRNA被认为具有分子标志物潜能。比如，PCA3已通过FDA认证，应用于前列腺癌的临床诊断。
Arraystar功能性lncRNA PCR芯片通过靶向特定的外显子或可变剪接位点，每对lncRNA引物可以检测到特定的转录本，从而区分同一lncRNA基因的不同转录本亚型。“机智”的cDNA合成策略保证了从完整或降解的RNA样本检测多聚腺苷酸尾和非多聚腺苷酸尾lncRNA的有效性。严格的外参、内参设置以及可信度高的均一化策略，保证了高质量的qPCR结果及其精确定量，可充分满足临床诊断应用或分子标志物鉴定所需。

nrStar™ Functional LncRNA PCR芯片服务列表

服务	芯片	规格	描述
nrStar™ Human Functional LncRNA芯片技术服务	nrStar™ Human Functional LncRNA PCR芯片	384-well plate	同时检测372个功能已知或疾病相关的金标准lncRNA
nrStar™ Mouse Functional LncRNA芯片技术服务	nrStar™ Mouse Functional LncRNA PCR芯片	384-well (2*192) / plate	包含185个与小鼠生物学功能和疾病紧密关联的已知功能lncRNA转录本

芯片特点
• 全面收集已知的与生物学功能或疾病明确相关的LncRNA

• 功能性LncRNA和疾病相关lncRNA都经过详细分类、注释和交叉引用

• 所有引物均经过多种样品类型的验证，充分满足生物标记物鉴定的需要。

• 转录本特异性PCR引物可以明确且准确地检测每个LncRNA异构体。

Functional LncRNA PCR芯片服务实验流程

1. RNA抽提与质量检测
       进行RNA常规抽提，使用NanoDrop ND-1000检测RNA浓度和纯度，使用琼脂糖凝胶电泳检测RNA纯度和完整性。详细的样品QC结果见服务报告。
2. cDNA合成
       每样本取1.5 μg RNA，使用rtStar™ First-Strand Synthesis Kit (Cat# AS-FS-001, Arraystar) 试剂盒进合成cDNA第一链。详细步骤参照Arraystar产品操作手册。
3. Real-time PCR扩增
       将cDNA与 Arraystar SYBR Green qPCR Master Mix (Cat# AS-MR-005-5, Arraystar)混合，加入至384孔板中，在ABI 7900 PCR仪上进行Real-time PCR扩增。
4. 熔解曲线分析与原始数据导出
       PCR扩增完成后，进行熔解曲线分析，使用PCR仪自带软件导出原始数据。出具Raw Data文件夹，包含原始Ct值、PCR扩增曲线图和熔解曲线图。

Functional LncRNA PCR芯片服务数据分析流程
1. PCR芯片数据质控
       质控参数：Ct(Blank)>35; Ct(GDC)>35; Ct(RNA Spike-in)<25; Ct (PPC) <25. 符合上述条件的样本进入下一步分析。数据QC结果见Arraystar服务报告。
2. 数据校正与△Ct值计算
       板间校正：使用Ct(PPC)对不同PCR板进行板间校正。
       内参校正与△Ct值计算：挑选优质内参，使用内参均值计算△Ct值。
3. 差异倍数计算 (2^(-△△Ct))
       使用 △△Ct 方法计算不同样品组之间的表达差异倍数。
4. P值计算
       对样本组进行t检验，计算P值。
5. 其他常规数据分析
       散点图分析；火山图分析；TOP20表达上调和下调LncRNA柱形图分析
6. 提供服务报告与数据分析结果
       a. Arraystar服务报告（包括RNA样本QC、qPCR数据QC和详细实验数据分析步骤）
       b. Excel芯片结果汇总表（包括tRNA列表，数据分析结果和各类图表）
       c. Raw Data文件夹 (包含原始数据、扩增曲线图和熔解曲线图)

Functional LncRNA PCR芯片服务部分数据分析结果展示
1. 差异表达LncRNA列表（默认筛选参数：差异倍数>2；P<0.05，客户可指定筛选参数值）

2. 散点图(黑色斜线代表差异倍数为1，红色斜线代表差异倍数为2)差异表达

3. 火山图（黑色垂线代表差异倍数为1；粉色垂线代表上调或下调倍数为2；蓝色水平线代表P值为0.05）

4. TOP20表达上调LncRNA柱状图

5. TOP20表达下调LncRNA柱状图

Arraystar nrStar™ Canonical Conserved miRNA PCR芯片(H)旨在通过qPCR技术检测372个经典的、进化过程保守且具有显著功能的mature miRNAs。此款PCR芯片能很好地消除miRNA前体、家族其他成员和isomiRs的干扰，同时还能够准确地对低量样本进行检测，为科研人员提供一种准确、简单和快捷的miRNA研究方案。

产品列表

产品名称	货号	规格	描述
nrStar™ Human Canonical Conserved miRNA PCR Array	AS-NR-005	384 well / plate	包含372个经典的、进化过程保守且具有显著功能的mature miRNAs
nrStar™ Human Canonical Conserved (Roche Light Cycler 480)	AS-NR-005-R	384 well / plate	包含372个经典的、进化过程保守且具有显著功能的mature miRNAs

优势

• 专注于经典、进化保守且具有显著功能的mature miRNAs

• 关注于具有更高表达水平的mature miRNAs而非star miRNAs

• 通过Two-tailed qPCR技术高效地消除前体、isomiRs及家族其他成员的干扰

• 详细地注释了miRNA启动子、初级转录本及宿主基因等信息

• 方便快捷的预扩增步骤帮助准确地检测低量样本

为保证准确地检测miRNA表达水平，消除前体、isomiRs及家族其他成员的影响，推荐使用rtStar™ First-Strand cDNA Synthesis Kit (3’and 5’adaptor) (Cat# AS-FS-003)进行cDNA合成。针对低量样本（100pg至200ng RNA），建议使用rtStar™ PreAMP cDNA Synthesis Kit (Cat# AS-FS-006)进行cDNA合成及预扩增步骤。

近年来，snoRNA已成为疾病领域特别是癌症领域的研究热点。snoRNA在血液、痰液以及尿液中稳定存在，是高潜能的疾病诊断分子标志物。Arraystar公司推出的nrStar™ Human和Mouse snoRNA PCR Array，包含了359条和370条从权威数据库SnoPY 与 snoRNA-LBME-db精心挑选的snoRNA，是进行snoRNA表达检测与功能研究必不可少的工具。

核仁小RNA (snoRNA) 是一类中等长度的非编码小RNA分子，其长度60-300 nt不等，是snoRNPs复合物的主要成员之一[1]。在snoRNP复合物中，snoRNA通过碱基互补原理识别rRNA上的特定位点，引导复合物对这些位点进行2＇-O甲基化和假尿嘧啶化修饰。在脊椎动物中，核仁小RNA的编码基因主要位于蛋白编码基因的内含子区，其转录产物经转录后加工形成成熟的核仁小RNA[2]。snoRNA参与多种生物学过程，包括rRNA的加工处理，RNA剪接和翻译，以及对氧化应激反应的调控[3]。根据snoRNA结构与功能的不同，可将snoRNA分为两大类：负责2＇-O甲基化的box C/D snoRNA和负责假尿嘧啶化的box H/ACA snoRNA[1]。另外，还存在一类比较特殊的snoRNA— scaRNAs。scaRNAs特异表达于细胞核的Cajal小体，具有类似的C/ D box或H/ ACA box结构[4]。snoRNA还产生类似miRNA的短片段非编码RNA，可与AGO蛋白结合并识别靶向mRNA序列，调控其翻译过程[5]。
多项研究表明，snoRNA在肿瘤中异常表达，并在肿瘤转移过程中扮演着重要角色。有些snoRNA可作为肿瘤促进剂或抑制剂发挥功能[6-7]。例如，SNORD50A/B具有结合K-Ras并抑制其活性的功能，常在癌症中发生缺失突变[8]；SNORD44 (RNU44) 和SNORD43 (RNU43) 与乳腺癌的不良预后有关[9]；SNORA80E (SNORA42) 在肺癌中作为癌基因存在，抑制SNORA42的表达能够产生明显的抗癌作用[10]。C/D Box 类snoRNAs在癌症中普遍高表达[11]。此外，snoRNA在神经退行性疾病的发生发展过程也发挥着关键作用。

nrStar™ snoRNA PCR Array服务列表

服务名称	芯片	规格	描述
nrStar™ Human snoRNA PCR Array Service	nrStar™ Human snoRNA PCR Array	384-well plate	359条snoRNA，7条snoRNA靶向snRNA和 4条snoRNPs复合物成员mRNA
nrStar™ Mouse snoRNA PCR Array Service	nrStar™ Mouse snoRNA PCR Array	384-well plate	370条snoRNA

芯片特点
•高覆盖范围—同一块384孔板上覆盖了snoRNA，snoRNA靶向snRNA以及snoRNP复合物成员，是目前市场上专业检测snoRNA的PCR芯片
•高灵敏度–只需50 ng总RNA，无需扩增
•稳定有效的PCR引物– 所有引物均在不同的细胞组织样本中通过严格验证
•简单快速–无需扩增，只需将反转好的cDNA与SYBR® Green master mix混合加入到板中，然后运行qPCR, 4小时内即能得到实验结果
•疾病分子标志物筛选–高覆盖度、灵敏度、准确率以及高通量，帮助研究者更快进行疾病分子标志物筛选与验证

PCR芯片所包含的snoRNA列表
SnoPY ：http://snoopy.med.miyazaki-u.ac.jp/
snoRNA-LBME-db：https://www-snorna.biotoul.fr//

nrStar™ Human snoRNA PCR Array

C/D BOX（213）
SNORD4A; SNORD5; SNORD6; SNORD7; SNORD8; SNORD9; SNORD10; SNORD119; SNORD121A;SNORD121B;SNORD123;SNORD124;SNORD126;SNORD127;
SNORD1A;SNORD1B;SNORD1C;SNORD2;SNORD101;SNORD102;SNORD103;
SNORD103B;SNORD104;SNORD105;SNORD105B;SNORD12C;SNORD13;
SNORD14A;SNORD14B;SNORD15A;SNORD15B;SNORD16;SNORD18A;
SNORD18B;SNORD18C;SNORD20;SNORD21;SNORD22;SNORD24;
SNORD25;SNORD26;SNORD27;SNORD28;SNORD3;SNORD30;SNORD31;
SNORD32A;SNORD32B;SNORD33;SNORD34;SNORD35A;SNORD35B;
SNORD36A;SNORD36B;SNORD36C;SNORD37;SNORD38A;SNORD38B;
SNORD41;SNORD42A;SNORD42B;SNORD43;SNORD4B;U97;SNORD96B;
SNORD96A;SNORD95;SNORD94;SNORD86;SNORD84;SNORD83B;
SNORD83A;SNORD117;SNORD82;SNORD81;SNORD80;SNORD118;
SNORD78;SNORD77;SNORD76;SNORD75;SNORD73a;SNORD63;SNORD62B;
SNORD61;SNORD60; SNORD59B; SNORD59A; SNORD58B; SNORD58C; SNORD57;SNORD56;SNORD55;SNORD54;SNORD53;SNORD52;SNORD51;
SNORD50; SORD50B; SNORD48; SNORD47; SNORD46; SNORD45A; SNORD45B; SNORD45C; SNORD44;SNORD12;SNORD12B;SNORD112;SNORD113-1;SNORD114-1;SNORD17; SNORD19; SNORD19B; SNORD23; SNORD65; SNORD66; SNORD67; SNORD88A/B/C; SNORD68;SNORD69;SNORD70;SNORD71;SNORD72;SNORD85;SNORD87;
SNORD90; SNORD91A; SNORD91B; SNORD92; SNORD93; SNORD98; SNORD99; SNORD100; SNORD109A/B; SNORD115-1; SNORD110; SNORD111; SNORD111B; SNORD116-1; SNORD11;SNORD11B;SNORD12;SNORD12B;SNORD113-2;SNORD113-4；SNORD113-5; SNORD113-6; SNORD113-7; SNORD113-8; SNORD113-9/ SNORD113-3; SNORD114-10/18; SNORD114-11; SNORD114-12/14; SNORD114-13; SNORD114-15/3/5/21/23/25/26; SNORD114-17/4; SNORD114-19; SNORD114-2; SNORD114-20/21/22/28; SNORD114-24; SNORD114-29/30; SNORD114-31; SNORD114-6/9; SNORD114-7; SNORD115-11; SNORD115-12; SNORD115-17/18/23; SNORD115-27/29/30;SNORD115-28; SNORD115-36; SNORD115-37; SNORD115-48; SNORD116-11; SNORD116-12/16/17/18/21/22/24; SNORD116-13/14/15/20; SNORD116-19; SNORD116-23;SNORD116-25/26; SNORD116-27/29/30; SNORD116-28; SNORD116-5; SNORD116-6; SNORD116-9; SNORD79; SNORD58A; SNORD49A; SNORD49B; SNORD45BL2;SNORD42BL1;SNORD3@L39;SNORD3@L19;SNORD118L14;
SNORD3L3;SNORD118L11;SNORD68L1;SNORD118L9;SNORD3@L37;
SNORD74L5;SNORD45BL1; SNORD65L2; SNORD23; SNORD38BL3; SNORD44L1; SNORD74L4; SNORD45BL3; SNORD56L7; SNORD77L3; SNORD41L1; SNORA25L14; SNORD75L2; SNORD114-15L1; U3.41-201; SNORD53L1; SNORD55L1; SNORD62BL1; SNORD51L1

H/ACA BOX（122）
SNORA10; SNORA13; SNORA14A; SNORA14B; SNORA15; SNORA16; SNORA17; SNORA18; SNORA19; SNORA21; SNORA22; SNORA23; SNORA24; SNORA25;
SNORA28; SNORA3; SNORA2B; SNORA45; SNORA30; SNORA31; SNORA33;
SNORA34; SNORA36; SNORA36B; SNORA37; SNORA38; SNORA39; SNORA4;
SNORA41; SNORA42; SNORA43; SNORA44; SNORA46; SNORA48; SNORA49;
SNORA5A; SNORA50; SNORA51; SNORA52; SNORA53; SNORA54; SNORA55;
SNORA56; SNORA58; SNORA59; SNORA5B; SNORA5C; SNORA6; SNORA60;
SNORA61; SNORA77; SNORA80; SNORA80B; SNORA7A; SNORA8; SNORA9;
SNORA62; SNORA63; SNORA47; SNORA35; SNORA26; SNORA11B; SNORA11D; SNORA11E; SNORA36C; SNORA38B; SNORA84; SNORA11; SNORA12; SNORA73A; SNORA73B; SNORA74A; SNORA74B; SNORA64; SNORA65; SNORA66; SNORA67; SNORA70; SNORA70B; SNORA70C; SNORA70D; SNORA70E; SNORA70F; SNORA71A; SNORA71B; SNORA72; SNORA99; SNORA71D; SNORA20; SNORA27; SNORA29; SNORA32; SNORA40; SNORA78; HBI-61; SNORA11C; SNORA68; SNORA69;
SNORA16B; SNORA1; SNORA72L7; SNORA64L2; SNORA18L1; SNORA62L2;
AL137790.4; SNORA11DL1; SNORA51L11; SNORA10L1; SNORA12L2; SNORA11EL1; SNORA70BL6; SNORA20L1; SNORA63L9; SNORA18L2; SNORA20L4; SNORA11BL2; SNORA67L1; SNORA32L2; SNORA2AL1; SNORA43L2; SNORA12L1; SNORA62L4

Cajal body-specific scaRNAs（24）
SCARNA18; HTR; HBII-382; SCARNA13; SCARNA8; SCARNA17; SCARNA7; SCARNA12; SCARNA6; SCARNA5; SCARNA10; SCARNA14; mgU2-25/61; SCARNA9; mgU12-22/U4-8; HBI-100; ACA68; ACA66; SCARNA11; SCARNA16; SCARNA1; SCARNA4; SCARNA23; SCARNA22

nrStar™ Human snoRNA PCR Array

C/D BOX(134) 300055_SNORD116; 300078_SNORD49; 300079_SNORD49; 300080_SNORD65; 300108_SNORD38; 300110_SNORD50; 300116_SNORD115; 300118_SNORD115; 300144_SNORD115; 300189_SNORD113; 300194_SNORD93; 300222_SNORD115; 300273_SNORD113; 300274_SNORD113; 300275_SNORD113; 300277_SNORD113; 300278_SNORD113; 300308_SNORD58; 300357_SNORD60; 300375_SNORD12; 300441_SNORD115; 300489_SNORD86; 300524_SNORD86; 300528_SNORD113; 300529_SNORD113; 300530_SNORD113; 300531_SNORD113; 300532_SNORD113; 300537_SNORD64; 300543_SNORD89; 300559_SNORD30; 300561_SNORD113; 300562_SNORD14; 300613_SNORD99; 300615_SNORD52; 300616_SNORD48; 300617_SNORD52; 300638_SNORD78; 300639_SNORD79; 300641_SNORD47; 300642_SNORD81; 300645_SNORD115; 300647_SNORD115; 300662_SNORD115; 300674_SNORD116; 300677_SNORD70; 300706_SNORD81; 300709_SNORD25; 300710_SNORD26; 300711_SNORD27; 300712_SNORD28; 300713_SNORD29; 300714_SNORD30; 300715_SNORD31; 300716_SNORD22; 300721_SNORD87; 300732_SNORD63; 300734_SNORD58; 300739_SNORD94; 300746_SNORD23;300751_SNORD88; 300752_SNORD35; 300753_SNORD35; 300754_SNORD34; 300756_SNORD32; 300759_SNORD15; 300760_SNORD15; 300771_SNORD21; 300778_SNORD102; 300782_SNORD70; 300784_SNORD51; 300789_SNORD20; 300790_SNORD82; 300795_SNORD74; 300796_SNORD75; 300797_SNORD24; 300808_SNORD41; 300812_SNORD71; 300813_SNORD111; 300814_SNORD111; 300818_SNORD69; 300819_SNORD19; 300820_SNORD19; 300832_SNORD61; 300843_SNORD100; 300844_SNORD101; 300845_SNORD98; 300846_SNORD37; 300851_SNORD59; 300852_SNORD72; 300858_SNORD43; 300873_SNORD66; 300886_SNORD105; 300887_SNORD14; 300888_SNORD14; 300889_SNORD14; 300890_SNORD18; 300891_SNORD16; 300892_SNORD18; 300893_SNORD16; 300894_SNORD18; 300903_SNORD73; 300904_SNORD73; 300907_SNORD62; 300909_SNORD45; 300910_SNORD45; 300916_SNORD83; 300917_SNORD83; 300918_SNORD92; 300919_SNORD53; 300920_SNORD53; 300930_SNORD95; 300931_SNORD96; 300936_SNORD91; 300937_SNORD42; 300939_SNORD42; 300954_SNORD38; 300955_SNORD38; 300956_SNORD46; 300957_SNORD55; 300961_SNORD85; 300962_SNORD103; 300966_SNORD24; 300967_SNORD36; 300968_SNORD36; 300974_SNORD90; 300976_SNORD67; 300980_SNORD110; 300982_SNORD56; 300983_SNORD57; 300985_SNORD17; 300988_SNORD12; 300989_SNORD12; 300990_SNORD12

H/ACA BOX(221)
300000_SNORA17; 300001_SNORA65; 300003_SNORA17; 300004_SNORA73; 300010_SNORA17; 300011_SNORA17; 300013_SNORA75; 300016_SNORA51; 300019_SNORA25; 300020_SNORA43; 300021_SNORA17; 300023_SNORA2; 300025_SNORA44; 300031_SNORA17; 300033_SNORA76; 300037_SNORA17; 300038_SNORA17; 300040_SNORA17; 300044_SNORA2; 300045_SNORA44; 300049_SNORA70; 300074_SNORA63; 300075_SNORA25; 300089_SNORA58; 300092_SNORA30; 300097_SNORA8; 300098_SNORA1; 300100_SNORA32; 300102_SNORA17; 300104_SNORA73; 300111_SNORA17; 300112_SNORA32; 300113_SNORA17; 300115_SNORA70; 300167_SNORA33; 300175_SNORA73; 300177_SNORA17; 300195_SNORA17; 300196_SNORA17; 300265_SNORA17; 300266_SNORA70; 300271_SNORA70; 300279_SNORA71; 300284_SNORA17; 300285_SNORA17; 300288_SNORA70; 300289_SNORA17; 300295_SNORA71; 300304_SNORA9; 300311_SNORA61; 300312_SNORA17; 300313_SNORA17; 300315_SNORA67; 300319_SNORA32; 300320_SNORA70; 300322_SNORA38; 300327_SNORA17; 300330_SNORA28; 300343_SNORA71; 300354_SNORA46; 300358_SNORA43; 300367_SNORA65; 300368_SNORA17; 300385_SNORA17; 300391_SNORA31; 300393_SNORA17; 300398_SNORA71; 300400_SNORA46; 300401_SNORA67; 300406_SNORA17; 300410_SNORA57; 300411_SNORA67; 300413_SNORA68; 300414_SNORA17; 300417_SNORA71; 300418_SNORA71; 300421_SNORA4; 300428_SNORA55; 300430_SNORA66; 300432_SNORA17; 300434_SNORA70; 300447_SNORA17; 300451_SNORA13; 300456_SNORA2; 300458_SNORA17; 300461_SNORA2; 300464_SNORA17; 300467_SNORA42; 300468_SNORA3; 300477_SNORA24; 300479_SNORA25; 300480_SNORA17; 300486_SNORA51; 300490_SNORA55; 300491_SNORA17;300496_SNORA17; 300498_SNORA44; 300500_SNORA24; 300501_SNORA44; 300512_SNORA17; 300515_SNORA17; 300526_SNORA79; 300533_SNORA71; 300534_SNORA61; 300535_SNORA7; 300548_SNORA17; 300550_SNORA74; 300555_SNORA63; 300564_SNORA73; 300586_SNORA73; 300590_SNORA17; 300591_SNORA17; 300595_SNORA70; 300608_SNORA17; 300610_SNORA16; 300622_SNORA70; 300623_SNORA2; 300624_SNORA38; 300626_SNORA7; 300629_SNORA55; 300632_SNORA17; 300635_SNORA73; 300637_SNORA17; 300643_SNORA63; 300668_SNORA42; 300670_SNORA51; 300673_SNORA70; 300675_SNORA20; 300693_SNORA24; 300694_SNORA62; 300697_SNORA17; 300703_SNORA71; 300704_SNORA26; 300707_SNORA61; 300718_SNORA17; 300720_SNORA38; 300724_SNORA44; 300730_SNORA17; 300731_SNORA70; 300738_SNORA5; 300740_SNORA73; 300741_SNORA36; 300742_SNORA63; 300743_SNORA7; 300745_SNORA70; 300747_SNORA40; 300757_SNORA70; 300758_SNORA32; 300763_SNORA13; 300764_SNORA23; 300765_SNORA24; 300766_SNORA17; 300768_SNORA52; 300769_SNORA54; 300775_SNORA49; 300777_SNORA22; 300779_SNORA27; 300781_SNORA33; 300785_SNORA41; 300787_SNORA26; 300788_SNORA75; 300793_SNORA61; 300798_SNORA17; 300800_SNORA19;300801_SNORA42; 300802_SNORA12; 300803_SNORA32; 300805_SNORA3; 300807_SNORA68; 300809_SNORA46; 300810_SNORA50; 300817_SNORA14; 300821_SNORA74; 300823_SNORA26; 300824_SNORA36; 300825_SNORA31; 300826_SNORA5; 300828_SNORA36; 300829_SNORA69; 300831_SNORA17; 300834_SNORA72; 300835_SNORA35; 300836_SNORA11; 300839_SNORA70; 300847_SNORA53; 300848_SNORA79; 300853_SNORA17; 300854_SNORA72; 300856_SNORA11; 300859_SNORA2; 300861_SNORA73; 300862_SNORA55; 300863_SNORA24; 300870_SNORA17; 300872_SNORA77; 300874_SNORA63; 300875_SNORA63; 300877_SNORA17; 300882_SNORA2; 300883_SNORA24; 300897_SNORA61; 300898_SNORA62; 300899_SNORA73; 300900_SNORA62; 300901_SNORA69; 300905_SNORA58; 300908_SNORA5; 300912_SNORA29; 300913_SNORA20; 300914_SNORA64; 300923_SNORA21; 300926_SNORA28; 300927_SNORA5; 300929_SNORA24; 300933_SNORA29; 300949_SNORA17; 300958_SNORA18; 300965_SNORA32; 300977_SNORA11; 300979_SNORA25; 300986_SNORA71

Other snoRNAs(15)
300032_SNORND104; 300099_snoZ40;300317_snoZ30; 300640_snosnR60_Z15; 300755_snoZ195; 300792_snoU6-53; 300816_snoMBII-202; 300822_snoU6-53; 300857_snoU83B; 300871_snoU2-30; 300884_snoU2-30; 300938_snoZ17; 300947_snR38-2; 300948_snR38-3

snoRNA PCR芯片实验流程

1.RNA抽提与质量检测
       进行RNA常规抽提，使用NanoDrop ND-1000检测RNA浓度和纯度，使用琼脂糖凝胶电泳检测RNA纯度和完整性。详细的样品QC结果见服务报告。
2.cDNA合成
       每样本取1.5 μg RNA，使用rtStar™ First-Strand Synthesis Kit (Cat# AS-FS-001, Arraystar) 试剂盒合成cDNA第一链。详细步骤参照Arraystar产品操作手册。
3.Real-time PCR扩增
       将cDNA与 Arraystar SYBR Green qPCR Master Mix (Cat# AS-MR-005-5, Arraystar)混合，加入至384孔板中，在ABI 7900 PCR仪上进行Real-time PCR扩增。
4.熔解曲线分析与原始数据导出

PCR扩增完成后，进行熔解曲线分析，使用PCR仪自带软件导出原始数据。出具Raw Data文件夹，包含原始Ct值、PCR扩增曲线图和熔解曲线图。

snoRNA PCR芯片数据分析流程
1.PCR芯片数据质控
       质控参数：Ct(Blank)>35; Ct(GDC)>35; Ct(RNA Spike-in)<25; Ct (PPC) <25. 符合上述条件的样本进入下一步分析。
2.数据校正与△Ct值计算
       板间校正：使用Ct(PPC)对不同PCR板进行板间校正。
       内参校正与△Ct值计算：挑选优质内参，使用内参均值计算△Ct值。
3.差异倍数计算 (2^(-△△Ct))
       使用 △△Ct 方法计算不同样品组之间的表达差异倍数。
4.P值计算
       对样本组进行t检验，计算P值。
5.其他常规数据分析
       散点图分析；火山图分析；TOP20表达上调和下调snoRNA柱形图分析
6.提供服务报告与数据分析结果
       a.Arraystar服务报告（包括RNA样本QC和详细实验数据分析步骤）
       b.Excel芯片结果汇总表（包括snoRNA列表，数据分析结果和各类图表）
       c.Raw Data文件夹 (包含原始数据、扩增曲线图和熔解曲线图)

Arraystar snoRNA PCR芯片服务部分结果展示
1.差异表达snoRNA列表（默认筛选参数：差异倍数>2；P<0.05，客户可指定筛选参数值）

2.散点图 (黑色斜线代表差异倍数为1，红色斜线代表差异倍数为2)

3.火山图（黑色垂线代表差异倍数为1；粉色垂线代表上调或下调倍数为2；蓝色水平线代表P值为0.05）

4.TOP20表达上调snoRNA柱状图

5.TOP20表达下调snoRNA柱状图

nrStar™ ncRNA系列PCR芯片

免费热线:800-820-5058

400-886-5058