解决方案

起点通常是两类问题之一。一类要问一个具体的核苷酸：它在哪、修饰比例多少。这类问题需要能逐碱基判读的路线。另一类要问一个模式或一个比较：哪些转录本变了、哪一组样本不同。这类问题更适合先用富集或芯片路线铺开，再对真正关心的目标做位点级确认。

按研究问题、按修饰类型、按样本类型，是进入这套体系的三条路径。下面几页分别对应常见的几类研究场景。

• 位点与比例：某个核苷酸上带修饰的转录本占比，这是可以跨条件比较的量，也是把修饰与具体功能对应起来的起点。
• 区段富集：修饰信号在转录本与区段上的分布，用于在大量样本或目标里圈出值得深究的范围。
• 修饰类型的覆盖面：先确认关注的修饰有没有逐碱基判读的路线，再决定结论能落在哪一层。
• 独立的总量核对：用不依赖富集与测序的途径确认核苷含量的变化，为位点级结论提供旁证。

按研究问题进入的具体方案：修饰图谱绘制、writer / eraser / reader 研究、标志物发现、应激与疾病模型、翻译调控。每条路径下面都写明对应哪条服务线，本节先给出三条服务线的分工。

修饰数据很少单独成立。下面这些平台的数据常与研究设计里的修饰结果一起看 —— 它们由研究方自有平台或合作平台提供，本站负责把修饰读到位点与比例，并与这些数据对齐。

• 转录本丰度：可联合 RNA-seq 或表达芯片 —— 修饰差异要放在表达变化的背景里读，否则丰度变化会被误当成修饰变化。
• 翻译效率：可联合 Ribo-seq；需要看周转时，半衰期由自有平台按转录抑制的时间序列测定。
• RNA-蛋白互作：可联合 eCLIP-seq 与 HyPro-MS，writer / eraser / reader 类问题常需要结合蛋白的互作或扰动数据。
• 修饰总量：可联合 LC-MS，用不依赖富集与测序的途径给位点级结论提供旁证。

先定问题再定路线。结论要落到核苷酸上，就从单碱基路线起步；结论落在转录本、通路或样本组之间，可以先用富集或芯片路线把范围铺开，再对候选做位点级确认。

对照要在样品上机之前确定。比较的两侧用同一套流程处理，差异才能归给处理本身，而不是归给流程差异。

把「先筛后确认」当成一个两步设计写在方案里，而不是等数据出来再补：筛选负责指出方向，确认负责把结论落到位点上。