0115 条单碱基方法
单碱基修饰测序是在 RNA 分子上逐位点判读修饰的路线：通过化学转化、酶学处理或抗体富集加特征读出，把修饰位点变成可读的测序信号，进而给出位点位置与修饰比例。
下面按修饰类型排列。每条方法都按同一套结构展开：服务优势、背景与检测原理、实验流程、生物信息分析与交付、研究应用、常见问题与参考文献。
02怎么选路线
先用一句话确定问题：要位点和比例，还是先在大样本里看整体丰度变化。前者走单碱基路线（本页），后者可以先用富集路线筛，再把候选区段放到单碱基路线上定位。
| 你的研究问题 | 建议起步路线 | 备注 |
|---|---|---|
| 需要某个位点的修饰比例 | 单碱基路线（本页各方法） | 位点级定量是这条线的主场 |
| 要先在多组样本里筛出变化 | RNA 修饰 RIP 测序 | 富集路线报区段富集，不解析到单个碱基 |
| 要看多种 RNA 分子的修饰水平 | RNA 修饰芯片 | 给修饰水平、不定位到单碱基 |
| 要一次读多种修饰 | 多修饰研究设计 | 取决于各方法的前处理是否兼容，需要按样本评估 |
抗体富集给出的是区段，单碱基路线给出的是位点与比例 —— 两者回答的不是同一个问题。Garcia-Campos M A. et al., Cell 2019 · DOI 10.1016/j.cell.2019.06.013
03服务范围与交付
每条方法都提供两种转录本范围，可以只做 mRNA，也可以把 mRNA 与长链非编码 RNA（lncRNA）放在同一次实验里分析。
交付内容（各方法的细节见对应页面）
- 原始测序数据（FASTQ），可直接提交 GEO/SRA 等公共数据库。
- 样本与测序质控报告，含比对文件与核心比对统计。
- 高置信度单碱基位点表（XLSX）：坐标、宿主基因与修饰比例。
- 转录本特征分布图与 motif 分析图（PDF/PNG）。
- 差异修饰分析表、功能富集报告与基因组浏览器轨道文件。
04常见问题
这 15 条方法该怎么挑？
先看你要读的修饰类型，再看研究问题要位点还是先要丰度。同一类修饰有多条路线时，通常按「无抗体化学法优先、抗体法用于弱修饰位点补检出」来配。
单碱基路线能给出修饰比例吗？
能。每条方法都把修饰与未修饰的读出差异换算成位点级比例。本站 CAM-seq、BACS-seq、m1A-Quant-seq 给出可跨样本比较的位点级化学计量读数。业界另有 GLORI2 类方法也能做化学计量，但依赖较强碱性脱氨条件；本站这三条分别采用近中性协同催化、双通道转化或工程化逆转录酶读通，反应条件更温和，也不引入抗体结合偏好。
同一次实验能不能同时看 mRNA 与 lncRNA？
可以。大多数方法都提供只做 mRNA、以及 mRNA 与 lncRNA 两种范围，两类转录本在同一次实验里一起分析。
需要先做富集初筛吗？
不是必须。如果研究问题本身就要位点与比例，直接走单碱基路线更省事；只有在样本量大、要先缩小候选范围时，先富集才划算。
结果能不能和别的组学放在一起看？
可以。交付的位点表带基因组坐标与宿主基因，便于与转录组、翻译组或芯片结果对齐；具体怎么组合可以按研究问题讨论。