small RNA 修饰芯片
比较范围留在 small RNA 里：miRNA、pre-miRNA、tRNA 与 tRF&tiRNA 上的修饰水平，一轮读出——每次项目测一种修饰，得到的是水平差异，不是位点。
01这项服务报告什么
small RNA 修饰芯片在 small RNA 范围内检测某一类修饰的水平，覆盖 miRNA、pre-miRNA、tRNA 与 tRF&tiRNA，报告样本或分组之间的修饰水平差异。
两件事要先说清：每次项目只测一种修饰（可选的修饰范围见下表），以及结果不定位到单碱基 —— 它给的是「哪一类 small RNA 的修饰水平动了」，而不是「位点在第几个碱基」。
读出方式是直接对 RNA 做末端标记定量，不经过逆转录与 PCR 扩增，因此不受这两步的序列偏好影响，低丰度的 small RNA 也能拿到信号。
02服务优势
- 范围对准 small RNA：面板按 small RNA 设计，不是把 mRNA 芯片缩小来用。
- 不经过扩增：直接末端标记定量，绕开逆转录与 PCR 带来的序列偏好。
- 低丰度友好：small RNA 本身量少，这套读出对低丰度目标仍然灵敏。
- 分组之间可比较：处理、分期或队列可以在同一面板上并排比较。
- 边界写清楚：交付明确标注每次只测一种修饰、结果不含单碱基位置。
| 可选修饰范围（每次项目测一种） | 覆盖的 RNA 分子 |
|---|---|
| o8G / m7G / m6A / m1A / Ψ / m5C | miRNA、pre-miRNA、tRNA、tRF&tiRNA |
03背景与设定思路
small RNA 的修饰研究有一个现实约束：分子很短、丰度差别大，常用的扩增型流程容易在这两类目标上留下偏倚。芯片这条路线的取法是不扩增 —— 直接对 RNA 末端做标记并定量，读数因此更贴近样本里的原始比例。
它的定位是筛选与比较：先在 small RNA 范围内看某类修饰的水平在分组之间是否变化，把值得深入的分子挑出来。要落到具体位点，需要换成能读出位点的路线。
small RNA 上的修饰信号可以按水平读出来 —— 但要不要读到位点，是另一个问题。Widespread 8-oxoguanine modifications of miRNA seeds · Nature Cell Biology 2023 · DOI 10.1038/s41556-023-01209-6
04实验流程
从样本到修饰水平比较结果：
- RNA 样本质检：确认 small RNA 部分是否满足检测要求。
- 按所选修饰类型进行末端标记。
- 与对应面板杂交。
- 扫描与信号提取，得到各目标分子的信号值。
- 质控、归一化与组间比较，输出差异分子清单。
05数据分析与交付
分析以分子为单位：先做信号质控与归一化，再比较组间差异，输出带信号值与变化倍数的分子清单，并标注分子类别。
交付内容
- 芯片原始信号数据与扫描图像。
- 质控报告：信号分布、重复性统计与不合格样本标记。
- 修饰水平结果表（XLSX）：分子、类别与信号值。
- 差异分析表（XLSX），含倍数变化与统计显著性。
- 聚类热图与分布图（PDF/PNG），以及结果说明文档。
06研究应用
- small RNA 修饰重塑：看某类修饰的水平是否随处理或疾病状态改变。
- 长度类别研究：把比较保持在 miRNA 尺度及相关分子上，不与 mRNA 的结论混在一起。
- 分批取舍：先从一批 small RNA 里挑出值得做分子级或位点级实验的对象。
- 与其它读数并读：把修饰水平变化与表达、加工成熟度等读数放在一起看趋势。
07常见问题
一次能测几类修饰？
每次项目测一种。可选的修饰范围是 o8G、m7G、m6A、m1A、Ψ 与 m5C，按研究问题选一类。
能给出位点吗？
不能。它给的是修饰水平与组间差异，不含单碱基位置信息。
为什么不走测序？
small RNA 分子短、丰度差别大，扩增型流程容易留下偏倚。这条路线不经过逆转录与 PCR 扩增，读数更接近样本里的原始比例。
覆盖哪些分子？
miRNA、pre-miRNA、tRNA 与 tRF&tiRNA 都在面板范围内；具体分子清单取决于所选面板。
结果能和 mRNA 的修饰结论放一起比较吗？
建议分开陈述。两者的检测对象、读数单位与背景都不同，直接横向比较容易得出不成立的结论。
08参考文献
- Widespread 8-oxoguanine modifications of miRNA seeds differentially regulate redox-dependent cancer development. Nature Cell Biology 2023. DOI 10.1038/s41556-023-01209-6