01这项服务报告什么
我们把这条化学路线做成从样本到数据的完整流程：RNA 样本质检、亚硫酸氢盐处理与文库构建、上机测序、生物信息分析。每个位点都会注释到参考转录组，给出基因组坐标、宿主基因与所在功能区域。
服务提供三种可报告范围 —— mRNA、mRNA 与 lncRNA、以及 rRNA。rRNA 位点按参考 rRNA 坐标单独注释，可判读范围取决于 Ψ 在 rRNA 上的丰度与测序覆盖。
02服务优势
- 缺失特征读出：Ψ 抗亚硫酸氢盐脱氨，在每个 Ψ 位点留下单碱基缺失信号；未修饰位点正常读取，两者互为对照。
- 位点级定量：缺失比例换算成该位点的 Ψ 修饰比例，可以跨样本比较。
- 无抗体化学法：不依赖 Ψ 抗体，回避富集环节带来的交叉反应与序列偏好。
- 判读边界清晰：缺失信号与正常读出在同一份比对结果里分行呈现，便于逐位点人工核查。
- 注释完备：每个位点给出基因组坐标、宿主基因与功能区域归属。
可选转录本范围
mRNA｜mRNA 与 lncRNA｜rRNA03背景与检测原理
Ψ 与尿苷的碱基配对方式相同，常规测序读不出二者的差别；抗体类路线又停在片段层面，分辨率受片段长度限制。要在位点层面把 Ψ 与未修饰的尿苷分开，需要让修饰本身留下一个可辨识的信号。
亚硫酸氢盐处理提供了这个信号。Ψ 抗亚硫酸氢盐脱氨，逆转录通过该位点时产生一次单碱基缺失；未修饰位点正常读取、不产生缺失。缺失出现的位置即修饰位点，缺失比例即该位点的修饰比例，整条路线不使用抗体。同一流程也能覆盖长链非编码 RNA，让 mRNA 与 lncRNA 上的 Ψ 在同一次实验里并行分析。
04实验流程
从样本到单碱基 Ψ 数据共五步：
05生物信息分析与交付
比对完成后识别缺失特征，逐位点计算 Ψ 的修饰比例。下游分析给出 motif 偏好、metagene 分布、组间差异与功能富集，并配套基因组浏览器轨道文件。
交付内容
- Ψ mRNA 测序原始数据文件（FASTQ 格式），可直接提交 GEO/SRA 等公共数据库。
- 样本与测序质控报告，含排序建索引的 BAM 比对文件及核心比对统计。
- 高置信度单碱基 Ψ 位点注释表（XLSX），含基因组坐标、宿主基因与修饰比例。
- 单碱基 Ψ 转录本特征分布图（metagene）与 motif 一致性分析图（PDF/PNG）。
- 位点级 Ψ 差异分析表（XLSX），含组间倍数变化与显著性统计。
- Ψ 修饰基因的功能富集分析报告（HTML/PDF/PNG）。
- 基因组浏览器可视化文件（bigWig/bedGraph）与完整的项目分析报告。
06研究应用
- 正交验证：用缺失特征独立确认抗体富集类路线提示的 Ψ 位点。
- 翻译与稳定性：把位点级 Ψ 与翻译效率、转录本稳定性联系起来。
- 编码区与 UTR：比较 CDS 与 UTR 之间 Ψ 的分布差异。
- 疾病导向：在疾病与对照之间筛选差异修饰位点，作为后续验证的候选。
- 功能读数说明：翻译效率、转录本半衰期、蛋白或表型等功能读数由研究方或合作平台完成，不在本门户服务清单内。
07常见问题
Ψ 的缺失信号是怎么产生的？
亚硫酸氢盐处理下 Ψ 抗脱氨，逆转录酶通过该位点时漏读一个碱基，产物里就出现一次单碱基缺失。缺失的位置固定，因此可以被逐位点识别。
缺失比例怎么换算成位点的 Ψ 水平？
同一个位点上带缺失特征的 reads 与正常读取的 reads 之比，换算成该位点 Ψ 的修饰比例。这一步落在位点层面，不经过抗体富集。
为什么不用抗体反而更利于位点判读？
抗体路线先富集片段再测序，位点信息被片段长度摊薄，抗体自身的序列偏好也会进入结果。缺失特征来自碱基本身的化学行为，判定边界直接画在单碱基上。
Ψ 的结论和 MeRIP 类方法对不上怎么办？
两类方法的偏倚来源不同：前者是化学标记，后者是抗体富集。两条路线都支持的位点可以优先推进；只有一条路线提示的位点，需要结合覆盖深度与重复数据再判断。
Ψ 在编码区与 UTR 的分布能分别看吗？
可以。位点会注释到参考转录组并标明区域归属，CDS 与 UTR 之间的分布差异可以逐类比较。
08参考文献
- Dai Q, Zhang LS, Sun HL, et al. Quantitative sequencing using BID-seq uncovers abundant pseudouridines in mammalian mRNA at base resolution. Nature Biotechnology 2023;41(3):344-354. DOI 10.1038/s41587-022-01505-w
- Carlile TM, Rojas-Duran MF, Zinshteyn B, et al. Pseudouridine profiling reveals regulated mRNA pseudouridylation in yeast and human cells. Nature 2014;515(7525):143-146. DOI 10.1038/nature13802