修饰检测 PCR 芯片

读修饰相关酶与蛋白的表达谱：写入、识别、擦除这三类因子的转录本，在一次实时定量 PCR 运行里一起看到。

01这类芯片测什么

修饰检测 PCR 芯片报告的是一组修饰相关基因的表达：每一个测定孔测一个修饰基因的转录本，整块芯片给出的是表达谱，而不是任何一条 RNA 的修饰水平。

三款芯片分别对着三个方向：mRNA 表观转录组修饰的酶与蛋白、tRNA 修饰的酶与蛋白、以及小 RNA 生成通路的相关蛋白。它们适合放在研究的前段——先看哪些写入、识别或擦除因子在条件之间动了，再决定要不要往下做修饰检测。

芯片按常规实时定量 PCR 板式提供，每个测定孔都是一对经过验证的引物。规格与版本通过咨询入口确认。

芯片	覆盖范围
NuRNA™ Human Epitranscriptomics PCR 芯片覆盖经实验验证或预测参与 mRNA 表观转录组修饰的酶与蛋白，写入、识别与擦除三类都包括在内。
NuRNA™ tRNA Modification Enzymes PCR 芯片覆盖 tRNA 修饰相关的酶与蛋白，基因清单由研究文献与公开数据库整理而成。
NuRNA™ Small RNA Biogenesis-Related Proteins PCR 芯片覆盖小 RNA 生成通路的酶与蛋白，横跨 miRNA、piRNA、siRNA、snoRNA、snRNA、tRNA 与 tRNA 来源片段等多类小 RNA。

每个测定孔都对应一条转录本，因此比较的是样本之间的表达差异。芯片自带反应内对照与标准化参考，样本间的比较建立在一块受控的板上，而不是建立在单个反应上。基因清单的组成来自研究文献与公开数据库，因此清单跟着已发表的修饰因子集合走。

需要说清楚的是边界：这些芯片回答的是调控层面的问题——哪个写入、识别或擦除因子动了。它们不报告任何一条转录本上带多少修饰，那个数字来自修饰检测服务。

当两者连用时，顺序通常是固定的：芯片先给出一个方向性的假设，修饰检测再去检验它。反过来做也可以，但需要另一次芯片运行来补上酶那一侧的读数。

修饰相关的酶、识别蛋白与擦除酶，其表达本身就可以被当作一组可测的变量；把这一组与修饰水平分开测，结论才不会互相借力。Mauer J. et al., Nature 2016 · DOI 10.1038/nature21022

芯片按下列组合做验证，产品页上推荐的是同一套搭配：

三款芯片分别覆盖哪一类 RNA？

tRNA 修饰酶芯片覆盖 tRNA 修饰相关的酶与蛋白；表观转录组芯片覆盖 mRNA 修饰机制，写入、识别与擦除都包括；小 RNA 生成相关蛋白芯片覆盖 miRNA、piRNA、siRNA、snoRNA、snRNA、tRNA 与 tRNA 来源片段等多类小 RNA 的生成通路。

芯片能给出修饰水平吗？

不能。每个测定孔测的是一个修饰基因的转录本，读数是表达而不是修饰。修饰水平由修饰检测服务测量。这个区分很重要：芯片能显示某个写入或擦除因子在条件之间动了，但说不了某条转录本上有多少修饰。

芯片适用的人源版本之外还有别的选择吗？

本页列出的是人源芯片。其他选择与板式规格按具体条目说明，如果研究用的不是人源材料，建议先确认清单再决定。每款芯片的基因清单来自研究文献与公开数据库。

芯片上带哪些对照？

每块芯片都配备反应内对照、阳性 PCR 对照、基因组 DNA 对照与标准化参考。对照与测定孔放在同一块板上，所以样本之间的比较建立在一块受控的板上。芯片上的每个测定孔都经过组织与细胞系的验证。

芯片结果和修饰检测结果对不上怎么办？

先看两者测的是不是同一件事。芯片读的是酶的表达，修饰检测读的是修饰落在哪里；酶表达变化而修饰水平不变，或者反过来，都是可能出现的情况，此时把两组数据分开陈述，再讨论可能的原因。