m6A 单碱基修饰芯片
只盯 m6A 一类修饰，比较落在预先设定的探针位置上 —— 当候选位点已经有一张短名单、又要在很多样本上反复看时，比每次做全转录本定位更省事。
01这项服务报告什么
它和全转录本定位的分工很清楚：定位路线回答「位点在哪里、比例多少」，芯片回答「我关心的这几个位置，在几十上百个样本里怎么变」。后者的样本通量高、单样本成本低，适合把已知的候选位点长期盯住。
这一页不给位点级化学计量：探针信号是相对读数。要写清某个位点的修饰比例，需要在同一批 RNA 上走化学法单碱基路线。
02服务优势
- 只问一个问题：探针全部围绕 m6A，一轮读数不被其它修饰分散。
- 落在设定位置：比较发生在设计好的探针上，而不是整条转录本的平均值，结果更容易和已有位点数据对齐。
- 比全转录本定位轻：需要长期跟踪的短名单，用它比反复做定位测序划算。
- 不夸大定量能力：探针信号按相对变化解读，位点级修饰比例留给化学法路线。
- 下一步明确：探针上有变化的位点可以直接进入 CAM-seq，读出位点位置与修饰比例。
可选转录本范围
mRNA 与 lncRNA03背景与设定思路
很多 m6A 课题走到中后期会遇到一个很实际的取舍：候选位点已经从前期数据里挑出来了，但要在几十个样本、几个时间点上反复观察。每次都做全转录本定位，样本通量上不去；只做表达或翻译读数，又缺了修饰这一层。
探针式的读法填的就是这一段：把关注范围固定在设计好的探针上，一轮里跑完更多样本，先看哪些位置在分组之间真的动了，再把有变化的少数位点送去化学法做位点级定量。
04实验流程
从样本到探针层面的比较结果：
- RNA 样本质检：完整性与纯度是否满足要求。
- 按芯片要求制备检测样本（含标记步骤）。
- 与 m6A 探针芯片杂交。
- 扫描与信号提取，得到各探针位置的信号值。
- 质控、归一化与组间比较，输出候选位置清单。
05数据分析与交付
分析以探针为单位：先做信号质控与归一化，再比较组间差异，输出带信号值与变化倍数的位置清单，并标注探针对应的转录本与区域。
交付内容
- 芯片原始信号数据与扫描图像。
- 质控报告：信号分布、重复性统计与不合格样本标记。
- 探针信号表（XLSX）：位置、对应转录本与信号值。
- 差异分析表（XLSX），含倍数变化与统计显著性。
- 聚类热图与项目说明文档（含读数边界说明）。
06研究应用
- 短名单跟踪：对一组已知的 m6A 位置，在时间序列或处理梯度上持续观察。
- 候选确认：前期数据指向某些转录本或位点时，先用探针在更多样本上验证趋势是否一致。
- 定位前的取舍：在全转录本定位之前，先确定哪些位置值得投入化学法单碱基实验。
- 与表达、翻译数据并读：把探针信号变化与同一批样本的其它读数放在一起看。
07常见问题
芯片和 CAM-seq 是不是重复了？
不重复，颗粒度不同。芯片给探针位置的相对变化、样本通量高；CAM-seq 给位点位置与修饰比例、单样本信息更完整。常见做法是芯片先筛样本与位置，CAM-seq 再定比例。
能给出修饰比例吗？
不能。探针信号是相对读数；位点级修饰比例需要化学法单碱基路线的读出。
探针覆盖哪些位置？
探针是预先设计的；覆盖范围取决于芯片版本与你关注的目标，立项时可以按研究问题一起确认。
什么情况下不需要做芯片、直接做单碱基测序？
样本数不多、又需要位点与比例时，直接做单碱基测序更省事；芯片的价值主要体现在样本数多、候选位置已经收敛的场景。
结果能直接写进论文吗？
结果本身按探针层面的相对变化陈述是成立的；如果结论要落到具体位点的修饰比例，建议再走一次化学法单碱基确认。
08参考文献
- Wang P, Ye C, Zhao M, Jiang B, He C. Small-molecule-catalysed deamination enables transcriptome-wide profiling of N6-methyladenosine in RNA. Nature Chemistry 2025. DOI 10.1038/s41557-025-01801-3