01这项服务报告什么
GlycoRNA 测序把带糖基信号的 RNA 富集出来并测序,报告这些分子的身份、序列特征与大小分布 —— 它回答的是「哪个分子」,而不只是「有没有信号」。
芯片给出的是面板上的相对信号,落不到具体分子;测序补上这一段:把信号对应的 RNA 读出来,研究者才能把它接回已知的转录本或小 RNA 类别上。
两条线通常配合使用:芯片在宽候选里筛出值得看的样本与分子,测序在筛出来的材料上给出身份与大小。
02服务优势
- 从信号走到身份:把糖基信号对应到具体的 RNA 分子,而不是停在「这个样本有信号」。
- 带上大小信息:除序列之外还给出大小分布,便于判断信号来自哪一类 RNA。
- 与芯片样本一致:同一批样本从筛选走到测序,条件一致,结论可以直接对照。
- 读出的是糖基化分子:检测跟着糖走,不依赖碱基转化。
- 交付可继续使用:序列与统计表按常见格式整理,便于比对已知数据库或做后续分析。
| 服务名称 | 样本类型 |
|---|---|
| GlycoRNA 测序 —— 总 RNA | 从细胞 / 组织 / 血液提取的总 RNA |
03背景与适用场景
带糖基修饰的 RNA 在样本里的占比通常不高,直接测序很难把它从背景里分出来。测序路线因此先富集带糖基的分子,再对富集产物建库测序 —— 把问题从「样本里有什么」收窄成「被糖基标记的那些是什么」。
当研究问题需要落到具体分子(哪一条转录本、哪一类小 RNA、大小落在哪个区间)时,这条路线是必要的;只需要判断趋势时,芯片或整体检测往往就够了。
小 RNA 可以被 N-糖基修饰并展示在细胞表面 —— 分子身份要读出来,得先把它富集出来。Flynn R A. et al., Cell 2021 · DOI 10.1016/j.cell.2021.04.023
04实验流程
从样本到带身份信息的糖基化 RNA 列表:
- RNA 样本质检,确认完整性与纯度。
- 富集带糖基修饰的 RNA 分子。
- 对富集产物建库。
- 上机测序,获得序列信息。
- 生信分析:比对、注释与大小分布统计。
05数据分析与交付
分析把测序得到的序列比对到参考序列与已知 RNA 类别上,给出候选分子的注释、丰度与大小分布,并支持组间比较。
交付内容
- 原始测序数据(FASTQ)。
- 质控报告与比对统计。
- 鉴定的糖基化 RNA 列表(XLSX):序列、注释、丰度与大小。
- 大小分布图与丰度分布图(PDF/PNG)。
- 组间差异分析表(XLSX)与分析报告。
06研究应用
- 分子鉴定:确认带糖基信号的分子究竟是哪一条 RNA。
- 类别归属:看糖基化分子主要落在哪一类 RNA 上及其大小区间。
- 组间比较:比较不同条件下糖基化分子的组成变化。
- 与芯片衔接:把面板筛选的结果落到具体分子,形成可继续追踪的对象清单。
07常见问题
测序能给出糖基的结构吗?
不能。它给出的是带糖基的 RNA 分子身份与大小;糖本身的结构信息需要专门的化学分析手段。
和 GlycoRNA 芯片有什么区别?
芯片给面板上的相对信号,用于筛选;测序给分子身份与大小,用于落到具体对象。两者常在同一样本上先后使用。
需要多少样本才能做?
取决于研究要比较几组。样本与分组方式先对齐,再判断这条路线是否必要 —— 只判断趋势时,芯片或整体检测更省事。
结果能直接对接公共数据库吗?
交付的序列表与注释文件按常见格式整理,便于与已知数据库比对或提交存档。
如果我不确定该做芯片还是测序?
把研究问题说清楚即可:要「哪些样本有差异」先做芯片,要「差异来自哪个分子」再做测序。我们会按问题给建议。
08参考文献
- Flynn R A, Pedram K, Malaker S A, et al. Small RNAs are modified with N-glycans and displayed on the surface of living cells. Cell 2021;184(12):3109–3124. DOI 10.1016/j.cell.2021.04.023