m6A RNA单碱基测序（CAM-seq）
羰基有机催化剂与硼酸协同，在温和的近中性条件下只把未修饰腺苷脱氨为肌苷，m6A 保留下来 —— 位点在哪里、修饰有多少，从同一份 A→G 信号里一起读出来。
01这项服务报告什么
我们把这条化学路线组织成完整流程：RNA 样本质检、CAM 化学转化、文库构建、上机测序与生物信息分析。转化与逆转录条件都针对背景信号做过优化，弱修饰位点同样进入判读范围。
服务提供三种可报告范围 —— mRNA、mRNA 与 lncRNA、以及 rRNA。rRNA 位点按参考 rRNA 坐标单独注释，可判读范围取决于 m6A 在 rRNA 上的丰度与测序覆盖。
02服务优势
- 单碱基分辨率：每个 m6A 位点由它自己的 A→G 特征锁定，不靠片段区间去推断位置。
- 位点级定量（可跨样本比较的修饰比例）：同一位点的 A/G 比值直接给出修饰比例，可以跨样本横向比较。
- 温和的近中性条件：可逆的 kethoxal 保护基替鸟嘌呤挡下副反应，转录本在整个处理过程中保持完整。
- 不依赖抗体：省去免疫沉淀环节，判读不被抗体的结合偏好牵引，经典 motif 以外的位点也不会被系统性漏掉。
- 低背景读出：转化与逆转录条件经过优化，背景信号被压低，弱修饰位点仍可判读。
可选转录本范围
mRNA｜mRNA 与 lncRNA｜rRNA03背景与检测原理
抗体富集类方法把 m6A 分析停在片段层面：分辨率受片段长度限制，抗体自身的结合偏好还会渗进结果里。早期做碱基级定量的化学脱氨路线又依赖强酸性条件，RNA 在反应过程中被降解，很难稳定地拿到位点级定量。
CAM-seq 用协同催化绕开这一对矛盾。羰基有机催化剂与路易斯酸（硼酸）配合，在温和近中性的条件下仅作用于未修饰腺苷；可逆的 kethoxal 保护基在反应期间屏蔽鸟嘌呤；再配合优化过的逆转录条件，把背景信号压到低水平。三个环节叠起来，m6A 的定量才真正落在单碱基分辨率上。
04实验流程
从样本到单碱基 m6A 数据共五步：
05生物信息分析与交付
reads 比对到参考基因组后，识别 A→G 转化特征，并在单核苷酸分辨率上定量每个位点的 m6A 修饰比例。分析内容覆盖 motif 特征（GAC、AAC 以及非经典 motif）、metagene 分布、差异甲基化、功能富集与基因组浏览器可视化。
交付内容
- 原始 m6A mRNA 测序数据文件（FASTQ），格式可直接提交 GEO/SRA 等公共数据库。
- 样本质控与测序质控报告，含排序并建索引的 BAM 比对文件与核心比对统计。
- 高置信度单碱基 m6A 位点表（XLSX），含基因组坐标、宿主基因与修饰比例。
- 单碱基 m6A 转录本特征分布图与一致性 motif 分析图（PDF/PNG）。
- 单碱基分辨率差异 m6A 甲基化分析表（XLSX），含倍数变化与显著性统计。
- m6A 修饰基因的功能富集分析报告（HTML/PDF/PNG）。
- 基因组浏览器可视化文件（bigWig/bedGraph）与完整的项目分析报告。
06研究应用
- 位点级图谱：在 mRNA 上、必要时连同 lncRNA 一起，绘制带修饰比例的 m6A 位点图谱。
- 修饰比例比较：比较同一批样本在处理前后、疾病与对照之间，同一位点上 m6A 比例的变化。
- 机制关联：把位点级的 m6A 与 mRNA 稳定性、翻译效率、剪接结果放在一起解读。
- 范围可扩展：mRNA 与 lncRNA 两类转录本可以在一次实验里并行分析，不必拆成两个项目。
- 功能读数说明：翻译效率、转录本半衰期、蛋白或表型等功能读数由研究方或合作平台完成，不在本门户服务清单内。
07常见问题
CAM-seq 是怎么做到单碱基分辨率的？
未修饰腺苷被选择性脱氨为肌苷，逆转录时读作 G；m6A 不被转化，仍读作 A。这个 A→G 特征锁定每一个位点，同时给出该位点的修饰比例。
修饰比例是怎么算出来的？
转化完成后，同一位点上带 G 特征的 reads 与带 A 特征的 reads 之比，就是该位点 m6A 的修饰比例。比值是位点级的，可以直接跨样本比较。
和抗体富集方法相比，区别在哪里？
抗体法先富集片段再测序，分辨率受片段长度限制，信号里也带着抗体的序列偏好。CAM-seq 转化的是碱基本身，不经过抗体，也不会把经典 motif 以外的位点系统性漏掉。
mRNA、lncRNA 与 rRNA 的位点能不能一起比较？
要分开注释再比较。mRNA 与 lncRNA 可以在同一次实验里并行分析，rRNA 位点按参考 rRNA 坐标单独报告。rRNA 能保留多少位点，取决于 m6A 的丰度与测序覆盖。
对 RNA 样本来源有什么要求？
接受从细胞、组织、血液等来源提取的总 RNA，也接受培养细胞沉淀与冷冻组织样本；如果对制备方式是否合适拿不准，可以在开始前与技术支持确认。
08参考文献
- Wang P, Ye C, Zhao M, Jiang B, He C. Small-molecule-catalysed deamination enables transcriptome-wide profiling of N6-methyladenosine in RNA. Nature Chemistry 2025. DOI 10.1038/s41557-025-01801-3
- Garcia-Campos MA, Edelheit S, Toth U, et al. Deciphering the “m6A code” via antibody-independent quantitative profiling. Cell 2019;178:731–747. DOI 10.1016/j.cell.2019.06.013