01这项服务报告什么
RNA二氢尿苷测序（CRACI-seq）是一条不依赖抗体的化学路线：转化试剂选择性修饰二氢尿苷（D），使该位点在逆转录时产生 T→C 特征信号，而未修饰位点正常读出，D 位点因此在单碱基分辨率上被定位并给出修饰水平。
服务覆盖从样本到数据的完整链条：RNA 样本质检、化学转化、文库构建、测序与生物信息分析。每个位点都会注释到参考转录组，交付里给出基因组坐标、宿主基因与所在的功能区域。
转录本范围可选：仅 mRNA，或 mRNA 与 lncRNA 在同一次实验中并行分析。
02服务优势
- 把不可读的修饰变成可读信号：D 本身缺少可辨别的配对特征，化学转化先把它改造出特征，测序才有得判。
- 位点级修饰水平：特征信号换算成每个 D 位点的修饰比例，而不是一段区间上的富集强度。
- 无抗体化学法：不依赖抗体，也就不引入富集偏倚与抗体交叉反应。
- 未修饰位点自带对照：没有 D 的位置正常读出，修饰与未修饰在同一份数据里互相区分。
- 注释完备：每个位点给出基因组坐标、宿主基因与功能区域归属，便于把修饰和转录本结构、功能放在一起读。
可选转录本范围
mRNA｜mRNA 与 lncRNA03背景与检测原理
二氢尿苷是尿苷被还原后的产物，在 tRNA 里参与维持折叠，在 mRNA 上则更多与转录本二级结构和稳定性联系在一起。它在常规测序读出的表现与尿苷几乎一样，所以不做化学改造就定位不到具体位置。
CRACI-seq 的解法是先改造再读：转化试剂选择性修饰 D 位点，逆转录经过这里时产生 T→C 特征信号，未被修饰的位置则照常读出。两种读出在同一份数据里形成对照，位点位置与修饰水平一并给出。
先让修饰变得可读，位置和水平才落得下来。Ju C W. et al., Nature Communications 2025 · DOI 10.1038/s41467-025-63918-w
04实验流程
从 RNA 样本到单碱基二氢尿苷数据，见下图。
05生物信息分析与交付
reads 比对到参考转录组后，检测转化特征，并在单碱基分辨率上换算每个位点的 D 修饰水平。分析内容覆盖 motif 特征、差异修饰、功能富集与基因组浏览器可视化。
交付内容
- 原始测序数据（FASTQ），可直接提交 GEO/SRA 等公共数据库。
- 质控报告，以及排序并建索引的 BAM 比对文件与核心比对统计。
- 高置信度单碱基二氢尿苷位点表（XLSX）：坐标、宿主基因与修饰水平。
- 转录本特征分布图与一致性 motif 分析图（PDF/PNG）。
- 差异修饰分析表（XLSX），含倍数变化与统计显著性。
- 修饰基因的功能富集报告（HTML/PDF/PNG）。
- 基因组浏览器轨道文件（bigWig/bedGraph）与完整的项目报告。
06研究应用
- 转录组范围定位：在 mRNA 上、必要时连同 lncRNA 一起，绘制二氢尿苷位点图谱。
- 结构与稳定性：把位点级的 D 水平与转录本二级结构、稳定性变化联系起来。
- 翻译调控：分析位点级 D 水平与翻译效率之间的关系。
- 疾病导向筛选：在病变与对照之间筛出差异修饰位点，作为候选标志物。
- 功能读数说明：翻译效率、转录本半衰期、蛋白或表型等功能读数由研究方或合作平台完成，不在本门户服务清单内。
07常见问题
二氢尿苷为什么需要专门的测序方法？
它在常规读出里的表现和尿苷几乎没有差别，不做化学改造就分不出哪个位置带修饰。CRACI-seq 先用转化把 D 变成可读特征，再逐位点判读。
位点级的修饰水平是怎么得到的？
转化后每一位点带上 T→C 特征，特征信号的比例对应该位点的 D 修饰水平；没有 D 的位置正常读出，构成同批数据的对照。
与抗体富集路线相比，差别在哪里？
抗体路线给的是区段富集，分辨率受片段限制，也带着抗体结合偏好。这条化学路线直接判读碱基层面的特征，给到位点与比例。
哪些转录本上会给出注释？
位点会注释到参考转录组，交付里包含基因组坐标、宿主基因与所在功能区域，可以把修饰和转录本结构、基因功能放在一起读。
一次实验能覆盖 lncRNA 吗？
可以。我们提供 mRNA、以及 mRNA 与 lncRNA 两种范围，两类转录本在同一次实验里一起分析。
08参考文献
- Ju C W, Li H, Jiang B, et al. Quantitative CRACI reveals transcriptome-wide distribution of RNA dihydrouridine at base resolution. Nature Communications 2025;16(1):8863. DOI 10.1038/s41467-025-63918-w