m6Am RNA 修饰 RIP 测序（m6Am-Exo-Seq）
m6Am 位于 5′ 帽的第一位碱基上，紧邻帽结构。这条路线用酶学步骤把带这类帽的转录本富集出来再测序，报告哪些转录本带 m6Am 帽。
01这项服务报告什么
它归在 RIP 一组里，是因为路线同属「先富集、再测序」；具体到富集这一步，靠的是酶学处理而不是抗体免疫沉淀。结论落在「哪些转录本的帽子带 m6Am」这一层，不给出修饰比例。
服务提供两种转录本范围 —— 只做 mRNA，或把 mRNA 与长链非编码 RNA（lncRNA）放进同一次实验一起分析。
02服务优势
- 对准帽端修饰：针对 5′ 帽第一位碱基上的 m6Am，而不是转录本内部的腺苷甲基化。
- 酶学富集：用酶学步骤把带 m6Am 帽的转录本与其余转录本分开，不依赖抗体。
- 转录本层面的结论：结果回答「哪些转录本带 m6Am 帽」，适合先做范围筛选。
- 与内部 m6A 区分：帽邻接的 m6Am 与内部 m6A 是两类信号，这条路线专门看前者。
- 注释完备：富集到的转录本都会带上基因、转录本与帽端信息。
可选转录本范围
mRNA｜mRNA 与 lncRNA03背景与检测原理
m6Am 是 5′ 帽第一位腺苷上的甲基化，位置紧贴帽结构。它与转录本内部的 m6A 不是同一个信号：一个只出现在帽端，另一个分布在转录本内部，两者的读法也不一样。
m6Am-Exo-Seq 从帽端入手：用酶学步骤把带 m6Am 帽的转录本保留下来、其余的被消化掉，保留下来的部分进入建库测序。得到的结论是「哪些转录本带 m6Am 帽」这一层面的富集结果，而不是修饰比例。需要说明的是，这条路线不经过抗体免疫沉淀，之所以归在这一组，是因为路线同为先富集再测序。
04实验流程
从 RNA 样本到帽端富集图谱的流程见图 2。判读时留意两点：富集到的转录本表示它的帽子带 m6Am，不等于该转录本上所有腺苷都被甲基化；丰富度差异需要结合输入对照与重复样本一起看。
05生物信息分析与交付
reads 比对到参考转录本后，按转录本统计富集程度并与输入对照比较，得到带 m6Am 帽的转录本清单。分析内容覆盖转录本类型分布、帽端序列特征、组间差异富集与相关基因的功能富集。
交付内容
- m6Am 富集测序原始数据文件（FASTQ），格式可直接提交 GEO/SRA 等公共数据库。
- 样本与测序质控报告，含比对后的 BAM（已排序建索引）与核心比对统计。
- 带 m6Am 帽的转录本清单（XLSX），含基因、转录本与富集强度、输入对照比较结果。
- 富集转录本的分布图与帽端序列特征分析图（PDF/PNG）。
- 组间差异富集分析表（XLSX），含倍数变化与显著性统计。
- 富集转录本对应基因的功能富集分析报告（HTML/PDF/PNG）。
- 基因组浏览器可视化文件（bigWig/bedGraph）与完整的项目分析报告。
06研究应用
- 帽端修饰范围：列出哪些转录本的帽子带 m6Am，建立转录本层面的分布印象。
- 与内部 m6A 对照：把帽端结论与内部 m6A 的结果放在一起看，区分两类甲基化的作用对象。
- 处理与对照对比：比较不同条件下帽端修饰的变化，找出响应最明显的转录本。
- 功能关联：把富集转录本与翻译效率、转录本稳定性联系起来解读。
07常见问题
m6Am 与 m6A 有什么不同，为什么要单独做？
m6Am 位于 5′ 帽的第一位碱基，m6A 分布在转录本内部。两者的读法与作用对象都不同，内部修饰的结果不能替代帽端的结论。
这条路线用抗体吗？
不用。它靠酶学步骤把带 m6Am 帽的转录本与其余转录本分开，再对这些转录本测序。
富集到的转录本能说明什么？
说明它的帽子带 m6Am。它不说明该转录本上所有腺苷都被甲基化，也不给出修饰比例。
这条路线能给出位点级结果吗？
不能。它给出的是转录本层面的帽端富集结论，没有把修饰位置逐一列出来。
只做 mRNA 还是也做 lncRNA？
两种范围都可以：只做 mRNA，或把 mRNA 与 lncRNA 放进同一次实验一起分析。
08参考文献
- Sendinc E, Valle-Garcia D, Dhall A, et al. PCIF1 catalyzes m6Am mRNA methylation to regulate gene expression. Molecular Cell 2019;75(3):620-630. DOI 10.1016/j.molcel.2019.05.030
- Sun H, Li K, Zhang X, et al. m6Am-seq reveals the dynamic m6Am methylation in the human transcriptome. Nature Communications 2021;12. DOI 10.1038/s41467-021-25105-5