m7G RNA 修饰 RIP 测序（MeRIP-Seq）
抗体把带 m7G 的片段一起拉下来 —— 帽子上的和转录本内部的都在里面。这条路线给的是「哪些转录本带修饰」的范围，不区分两类位置。
01这项服务报告什么
m7G MeRIP-Seq 用识别 7-甲基鸟苷的抗体捕获带修饰的 RNA 片段后测序，报告 m7G 富集在哪些转录本与区段，结果落在区段层面。
这一点需要先说清：抗体不区分帽子结构与转录本内部的 m7G，两类位置会一起被拉下来。要把它们分开看，需要另走针对内部位点的化学路线。
服务支持两种转录本范围：只做 mRNA，或把 mRNA 与长链非编码 RNA（lncRNA）并入同一次实验一起分析。
02服务优势
- 不做化学转化：路线不引入剧烈处理，转录本保持完整。
- 先分开再读：修饰比例低的样本，富集抬高目标片段占比，信号更容易显现。
- 输入对照配套：未富集的那一份同时测序，用来把真正的富集与丰度差异区分开。
- 边界写在交付里：明确说明这条路线不区分帽子与内部位点，避免结果被过度解读。
- 与内部位点路线衔接：需要区分两类位置、或要位点级比例时，交给针对内部 m7G 的单碱基路线。
可选转录本范围
mRNA｜mRNA 与 lncRNA03背景与检测原理
m7G 是鸟嘌呤第七位氮上带甲基的修饰。它在真核 mRNA 上有两类位置：转录本 5′ 端的帽子结构，以及转录本内部的位点。两类位置的生物学含义不同，而抗体识别的是修饰本身、不是它在转录本上的位置。
MeRIP-Seq 因此只能给出「带修饰的片段在哪里」：片段化后抗体捕获含 m7G 的片段，洗掉未修饰部分，富集与输入对照分别测序，比较覆盖深度找出被抬高的区段。帽子和内部位点的片段会一起进入富集池，这条路线不做区分。
内部 m7G 的转录组图谱需要能把帽子排除在外的路线 —— 这是这条抗体的边界所在。Zhang L S. et al., Molecular Cell 2019 · DOI 10.1016/j.molcel.2019.03.036
04实验流程
从 RNA 样本到区段富集图谱，见下图。
05生物信息分析与交付
分析把两组文库分别比对，比较覆盖深度后识别富集区段，再给出区段注释与差异富集。统计以区段为单位，交付里同时写明帽子与内部位点未作区分。
交付内容
- 免疫沉淀与输入对照两套文库的原始测序数据（FASTQ）。
- 质控报告与比对文件（BAM），含核心比对统计。
- 富集区段表（XLSX）：区段坐标、宿主基因与富集倍数。
- 富集图谱与转录本分布图（PDF/PNG）。
- 差异富集分析表（XLSX），含倍数变化与统计显著性。
- 富集基因的功能富集报告（HTML/PDF/PNG）。
- 基因组浏览器轨道文件（bigWig/bedGraph）与项目报告。
06研究应用
- 整体分布比较：比较不同处理或疾病状态下，哪些转录本的 m7G 富集分布发生变化（帽子与内部合并观察）。
- 候选对象筛选：为后续需要区分位置的研究提供候选转录本清单。
- 与翻译数据对齐：把富集变化与同一批样本的翻译效率变化放在一起看趋势。
- 方法交叉验证：与化学法路线互为对照，确认哪些信号在两条路线上都出现。
07常见问题
这条路线能把帽子上的 m7G 和内部的 m7G 分开吗？
不能。抗体识别的是修饰本身，两类位置的片段会一起被捕获。要分开看，需要走能排除帽子的化学法路线。
那这份结果还能用来做什么？
用来比较转录本层面的整体分布：哪些转录本在条件变化时富集程度改变了，以及哪些对象值得用位置分辨的路线进一步确认。
富集倍数能不能当作修饰含量？
不建议。它受抗体亲和力、片段长度和转录本丰度共同影响，适合看相对变化，不适合换算成比例。
为什么必须有输入对照？
输入对照给出背景水平。没有它，高丰度转录本很容易被误读成「有修饰富集」。
结果能不能和单碱基路线一起用？
可以。富集结果圈出候选转录本，单碱基路线负责给出内部位点的位置与比例，两条路线合起来更完整。
08参考文献
- Zhang L S, Liu C, Ma H, et al. Transcriptome-wide mapping of internal N7-methylguanosine methylome in mammalian mRNA. Molecular Cell 2019;74(6):1304–1316. DOI 10.1016/j.molcel.2019.03.036