01这些资料覆盖什么
一份技术手册针对一个平台或一类产品:它测什么、检测流程怎么组成、以及它被设计用来支撑什么样的研究。适合在方案还没定下来的阶段读,而不是在方法已经选定之后读。
修饰相关的资料分成两组。芯片类资料描述在一批已经定义好的转录本上定量修饰水平的平台,包括表观转录组与 small RNA 修饰两类;测序类资料描述把修饰位置落在单条转录本上的流程。
所有资料都是描述性的。某个具体服务接受的样品、流程细节与交付内容写在对应的服务页上,服务页独立于资料更新。
02可索取的资料
下表按平台列出目前可索取的手册。需要其中哪一份,用页面上的咨询入口说明平台名称与用途(方案在筹备、平台对比,或教学使用)即可。
| 资料 | 覆盖内容 |
|---|---|
| 表观转录组芯片 | 在编码与非编码转录本上定量修饰水平,并做到转录本异构体层面的区分。 |
| m6A 单碱基芯片 | 把 m6A 的位置与修饰比例一起读出,分辨率到单个核苷酸。 |
| small RNA 修饰芯片 | 在 miRNA、前体 miRNA 与 tRNA 来源片段上检测并定量修饰,每次项目针对一种修饰。 |
| tRNA 测序与 tRNA 修饰测序 | tRNA 的表达谱,以及 m1A、m3C 一类修饰的位点级定位。 |
| 修饰相关酶与蛋白的表达芯片 | 以芯片形式读取写入、识别与擦除因子的表达,覆盖表观转录组、tRNA 修饰与小 RNA 生成通路。 |
03索取时说明什么
- 说明平台名称。按上表中的写法指出需要哪一份,如果有多个候选,把正在比较的两个一起列出来。
- 说明用途。是在筹备方案、做平台对比,还是用作教学材料,用途不同,给出的配套说明也不同。
- 说明材料类型。如果已经确定要检测的 RNA 类型或研究体系,一并说明可以更快对到合适的资料。
- 需要的平台不在上表里也可以问。上表只列了与修饰检测直接相关的那几份,目录里还有更多芯片与表达谱格式,按名称提出即可。
手册讲的是一个平台测什么,服务页讲的是这条流程怎么跑。先把这两件事分开,选设计时才不会被手上的资料牵着走。Dai Q. et al., Nature Methods 2017 · DOI 10.1038/nmeth.4294
04常见问题
怎么拿到一份技术手册?
通过页面上的咨询入口说明平台名称即可,团队会确认哪一份可用以及怎样送达。印刷版在参加学术活动时也会分发,如果需要给本单位留一份,也可以通过咨询入口申请。
做修饰检测,先读哪一份?
如果目标是跨一大批转录本看修饰水平,先读表观转录组芯片那份;如果目标是 m6A 的位点,先读 m6A 单碱基芯片那份;关心的是 small RNA 上的修饰,则先读 small RNA 修饰芯片那份。
手册里会写具体的样品要求吗?
手册描述的是平台、流程与适合的设计;某个服务接受的样品类型、处理注意事项与交付内容写在对应的服务页上,两者不一致时以服务页为准。手册是给方案还没定下来的阶段使用的,所以它讲的是一个平台测什么。
手册能给实验室里的同事传阅吗?
可以,在本单位内部、用于非商业研究用途即可,保留原有的品牌与联系方式。需要更大范围分发时,先与我们沟通。保留联系方式也便于同事顺着手册找到对应的服务页。
上表里没有我关心的平台怎么办?
直接按名称提出即可。上表只列了与 RNA 修饰检测直接相关的那几份,目录覆盖的芯片与表达谱格式比这一页多,把平台名称和用途写清楚,就能对到合适的资料。