m1A RNA 修饰 RIP 测序（MeRIP-Seq）
用识别 N1-甲基腺苷的抗体把带修饰的片段富集下来再测序，报告 m1A 富集在哪些转录本、哪些区段，为后面的定位与功能研究圈出候选。
01这项服务报告什么
m1A 的甲基加在腺嘌呤的 N1 位，正处在碱基配对的位置上。这一枚甲基给抗 m1A 抗体提供了识别依据，富集路线由此把带修饰的片段从背景里分出来，再按区段比较数量差异。
转录本范围上，只做 mRNA 可以，把 mRNA 与长链非编码 RNA（lncRNA）放在同一次实验里分析也可以。
02服务优势
- 抗体直接识别甲基本身：信号集中到真正带修饰的片段上，不需要依赖碱基转化。
- 输入对照配套：同一份 RNA 留一份不富集，用来判断某些区段是不是真的被抬高。
- 先定范围：先用富集把范围收到具体转录本与区段，后续实验不必在整条转录组上铺开。
- 结论边界清楚：交付内容写明结果停在区段层面，不把富集强度折算成修饰含量。
- 与定位路线衔接：候选区段可以直接交给单碱基路线继续做。
可选转录本范围
mRNA｜mRNA 与 lncRNA03背景与检测原理
m1A 指腺嘌呤的 N1 位被甲基化。它在 mRNA、tRNA 与 rRNA 上都能检测到，位点分布与翻译起始区域关系密切，研究关注的焦点是它随生理条件发生的动态变化。
富集路线的做法是把含 m1A 的片段拉出来测序，按区段计算富集程度，并与输入对照相减。有一条化学性质需要纳入考虑：m1A 在碱性条件下会重排，转成 m6A，样本处理条件因此会影响判读。抗体自身也带结合偏好，富集倍数反映被捕获片段的多少，不折算成修饰比例。
04实验流程
完整流程见图 2：样本质检、片段化、抗体富集、文库构建、测序与分析。判读时把富集组与输入对照放在一起 —— 抗体路线给出的是相对信号，用于圈定候选区段。
05生物信息分析与交付
比对完成后，用富集组与输入对照的覆盖深度差计算每个区段的富集程度，输出富集区段表。分析内容覆盖区段在转录本上的位置分布（含与翻译起始区域的关系）、区段序列特征、组间差异富集与候选基因的功能富集。
交付内容
- m1A 抗体富集测序的原始读长文件（FASTQ），可直接提交 GEO/SRA 等公共数据库。
- 含 BAM 比对文件与比对统计的质控报告。
- 富集区段清单（XLSX）：坐标、所在转录本，以及与输入对照的富集比较。
- 区段在转录本上的分布图与序列特征图（PDF/PNG）。
- 处理组与对照组之间的差异富集表（XLSX）。
- 候选基因的功能富集报告（HTML/PDF/PNG）。
- bigWig/bedGraph 可视化文件与完整的项目分析报告。
06研究应用
- 动态变化观察：比较不同培养或处理条件下，同一批转录本的富集区段怎样迁移。
- 与去甲基化因子关联：把富集区段与 ALKBH 家族成员扰动后的表型放在一起看。
- 翻译层面的关联：结合翻译效率或核糖体图谱数据，观察富集区段与翻译表现的关系。
- 候选筛选：先用富集把范围缩到具体转录本与区段，再用m1A 单碱基测序在候选里求解位置。
- 与 m6A 结果并排：m1A 在碱性条件下会重排为 m6A，两套富集结果并排比较有助于判断信号来源。
07常见问题
甲基位于 N1 位，对抗体富集来说意味着什么？
腺嘌呤的 N1 位正处在碱基配对的位置上，甲基占据这里之后，修饰碱基与未修饰碱基在局部结构上不再相同。抗体识别的正是这枚甲基，富集因此可以把带修饰的片段优先分出来。
m1A 的信号会不会和 m6A 混在一起？
两者是不同位置的甲基化，抗体各自识别自己的对象。需要注意的是一条化学性质：m1A 在碱性条件下会重排成 m6A，样本处理条件不合适时会引入额外信号，判读时需要把这一点考虑进去。
既然只到区段层面，为什么还要先做富集这一步？
因为它便宜地回答了范围问题。先知道哪些转录本被修饰、大致在什么区段，后续的定位实验就能集中到少数候选上，不必在整条转录组上铺开。
比较处理前后的 m1A 变化，样本要怎样配对？
对照与处理样本尽量来自同一批细胞或同一批动物，并在同一批次里完成富集与测序。跨批次比较时用输入对照归一化并保留重复样本，否则抗体批间差异会混进组间差异里。
富集区段和已知的 m1A 位点对不上，怎么解释？
先检查区段的界定方式与参考转录本版本是否一致，再检查样本处理条件。抗体富集给出的是区段范围，边界与文献里逐个报出的位点本来就不会完全重合，对不上时用定位路线在同一批样本上复核更可靠。
08参考文献
- Dominissini D, Nachtergaele S, Moshitch-Moshkovitz S, et al. The dynamic N1-methyladenosine methylome in eukaryotic messenger RNA. Nature 2016;530(7591):441-446. DOI 10.1038/nature16998
- Li X, Xiong X, Wang K, et al. Transcriptome-wide mapping reveals reversible and dynamic N1-methyladenosine methylome. Nature Chemical Biology 2016;12(5):311-316. DOI 10.1038/nchembio.2040