01这条线报什么
RNA 修饰芯片是用末端标记定量一类的读出方式：每个项目选测一种修饰类型，在面板覆盖的范围内一次读出多种 RNA 分子的修饰水平。它给出的是修饰水平：某类修饰在样本里高了还是低了。
它不定位到单碱基，也不解析到具体位点。所以它适合用来筛：把样本量大的队列先过一遍，找出修饰水平有明显差异的分子与修饰类型，再把候选交给单碱基路线确认位置与比例。
芯片的读出不受逆转录与 PCR 扩增偏倚影响，低丰度分子也能拿到信号，这是它在队列筛选里比测序路线更省事的地方。
03与单碱基路线怎么配合
两条线的分工很清楚：
| 阶段 | 走哪条线 | 拿到什么 |
|---|---|---|
| 先批量筛 | RNA 修饰芯片（本页） | 哪些分子、哪类修饰在样本间有差异 |
| 再定位与定量 | 单碱基修饰测序 | 具体位点位置与修饰比例 |
芯片负责在队列里找出差异，单碱基路线负责把差异落到位点上 —— 顺序对了，样本成本才省得下来。Garcia-Campos M A. et al., Cell 2019 · DOI 10.1016/j.cell.2019.06.013
04服务范围与交付
芯片每次覆盖的范围与可测的修饰类型，见各芯片页面的说明；部分路线一次只测一类修饰，需要按研究问题选择。
通用交付内容
- 芯片原始信号数据与扫描图像文件。
- 质控报告：信号强度分布、重复性统计与不合格样本标记。
- 修饰水平结果表（XLSX）：分子、修饰类型与信号值。
- 差异修饰分析表（XLSX），含倍数变化与统计显著性。
- 聚类热图、火山图与分布图（PDF/PNG）。
05常见问题
芯片能给出具体位点吗？
不能。芯片给的是修饰水平，不定位到单碱基。要位点位置与修饰比例，需要把候选样本交给单碱基路线。
一次能测几类修饰？
取决于芯片路线：面板覆盖的修饰范围不同，但每个项目通常选测一种修饰类型。具体覆盖范围见对应芯片页面。
为什么芯片适合大样本？
它的读出不依赖逆转录与 PCR 扩增，低丰度分子也能拿到信号，在队列规模上比逐样本测序更省事。
芯片和测序的结论会打架吗？
两者的读数单位不同：芯片给水平、测序给位点与比例。同一个样本上方向一致是正常的，不一致时通常是候选分子的选择问题，而不是方法冲突。
筛选之后一定要做单碱基验证吗？
看研究问题。如果结论只需要「哪类修饰变了」，芯片就够了；如果要写清「哪一个位点、改了多少」，就需要单碱基路线。